Papon est inculpé en 1983 de crimes contre l’humanité. Mais ce n’est qu’en octobre 1997 que débute le procès, après dix-sept années de batailles juridiques. Papon (ancien préfet et ancien ministre) est accusé d’avoir fait déporter, entre juillet 1942 et mai 1944, près de 1600 juifs de Bordeaux vers Drancy. Le procureur général requiert une peine de vingt ans de réclusion criminelle, alors que la réclusion criminelle à perpétuité, réclamée par les parties civiles. Maurice Papon est condamné à une peine de dix ans de réclusion criminelle, d’interdiction des droits civiques, civils et de famille pour complicité de crimes contre l’humanité

Mis en liberté au début de son procès, Maurice Papon s’enfuit en Suisse en octobre 1999 à la veille de l’examen de son pourvoi en cassation.  Arrêté au bout de quarante-huit heures dans un hôtel helvétique, et aussitôt expulsé et est finalement emprisonné à la prison de Fresnes, puis à celle de la Santé, dont il sort le 18 septembre 2002, après trois années de détention, sur la base d’un avis médical concluant à l’incompatibilité de son état de santé avec la détention le décrivant comme «  impotent et grabataire » alors que l’ancien prisonnier quitta à pied la prison de la Santé. Il est alors assigné à résidence dans sa maison familiale de Gretz-Armainvilliers en Seine-et-Marne, ou il organise sa faillite personnelle afin d’échapper aux 4.5 millions de francs de dommage et intérêt .

il y meurt le 17 février 2007 à l’âge de quatre-vingt-seize ans. L’avocat de Maurice Papon, Francis Vuillemin, a déclaré que son client serait enterré avec la légion d’honneur, affirmant dans un communiqué : « Je veillerai personnellement à ce que l’accompagne dans son tombeau la croix de Commandeur de la Légion d’honneur que Charles de Gaulle lui a remise de ses propres mains, pour l’éternité. » Finalement le défunt a été enterré avec sa légion d’honneur, les autorités ayant décidé de ne pas intervenir pour la retirer, à l’image de la déclaration de Michèle Alliot-Marie : « La République a fait ce qu’elle devait faire, il y a eu procès, il y a eu décision de justice, à la suite de la décision de justice la République a décidé de retirer la croix de commandeur de la légion d’honneur à Maurice Papon, il n’est plus commandeur de la légion d’honneur, c’est tout. Ensuite ouvrir les cercueils, c’est quelque chose qui me déplaît ».

La justice a toujours eut de la compassion pour les fonctionnaires de la république. On ne mélange pas les torchons et les serviettes