De la région ou du département, qu’il faille supprimer un échelon et redimentionner l’autre, à terme, ceci ne fait guère de doute.
Toutefois, aussi intéressante que soit l’analyse politique, elle ne va pas à mon sens au fond des choses. Si l’exécutif national est si réticent à "tailler dans le vif" c’est avant tout que le système actuel ne fonctionne pas trop mal.
Le mettre à plat d’un coup implique de bousculler également la gouvernace d’un nombre incroyable de structures annexes. Il y a fort à parier que les "couts du désordre" seront supérieurs aux économies attendues.
J’ajouterais un autre aspect, c’est la "visibilité démocratique" du conseiller général, sur les territoires ruraux notament, est le lien principal entre l’Etat et le citoyen. L’un des seul élus au suffrage direct. Plus proche que le député, avec plus de relations que le maire, c’est l’un des ciments de notre république.

Plus que des jugements à l’emporte pièce (taillons ci, coupons ça ...) Il convient sans doute de réfléchir à une nouvelle cohérence du territoire en accord avec le mode de vie de nos concitoyens. C’etait le principe fondateur de Napoléon (une journée à cheval ...) il n’a jamais été actualisé depuis 200 ans. 
En trois lignes je vous en propose une prospective basée sur nos habitudes de consommation médicale (mais on pourrait prendre d’autre sujet ça fonctionne aussi).

1 - Echelon "local" (Commune au communauté de commune suivant les cas) : Là ou se trouve mon médecin généraliste

2 - Echelon "pays" (com d’agglo - Pays) : Là ou se trouve mes spécialistes

3 - Echelon "infranational" (région ou méta-région) : Là ou se trouve le plateau technique pour réaliser des opérations lourdes (chirurgie de la main, cardologie à coeur ouvert, traitements de pointe contre le cancer ...)

Un redécoupage n’a de sens que s’il tient compte des nouvelles habitudes de vie de nos citoyens. C’est un travail de long terme, qui doit être fait dans le temps et sans rupture.... Tout le contraire de l’agitation et de l’affichage politique ... rien de valable ne se fera donc avant longtemp.