Le gouvernement israélien (qui n’en a plus pour bien longtemps) a manifesté son dépit. Le quotidien Haaretz (édition anglaise en ligne) écrivait dimanche sous le titre "Nous avons laissé les bateaux arriver à Gaza pour coincer la mauvaise presse" :
Une source politique autorisée à Jérusalem a dit : « Ce sont des provocateurs professionnels, et nous n’avons pas voulu les aider. Plutôt que d’obséder toute la presse internationale avec cela, les bateaux n’ont presque pas eu de couverture médiatique, simplement parce qu’il n’y a pas eu de confrontation. »
Haaretz a appris que le gouvernement israélien a tenté de dialoguer avec les organisateurs avant leur départ. Après que ceux-ci aient répondu que leur but était d’apporter à Gaza du matériel médical, le ministre des affaires étrangères leur a envoyé une lettre en leur proposant d’aider au transfert de l’aide humanitaire si les bateaux ne partaient pas.
Des discussions auront lieu dans les jours qui viennent pour savoir s’il faut arrêter les bateaux pour une inspection quand ils quitteront Gaza. Les officiels israéliens sont inquiets de l’aide qu’ils pourraient donner à des Palestiniens recherchés pour s’échapper. « Ils ont la réputation de protéger les terroristes et d’agir comme boucliers humains » a dit cette même source politique.