Alors, de base, dans n’importe quelle population (à plus forte raison tout les individus d’une même espèce sur la planète) les individus sont différents entre eux : il y en a des gros, des petits, des vifs, des costauds, des agressifs, des mous et ainsi de suite. Comme chez les humains en somme.
Là, je ne vous apprends rien.

Au niveau génétique, ça veut dire qu’il y a de nombreux allèles différents (quinze, trente, voir encore plus) par gène au niveau de la population (chaque individu n’ayant que deux allèles, bien entendu)

En domestiquant un petit groupe d’individus, les humains ne les font pas tous se reproduire : par contre, ils choisissent ceux qui les intéressent le plus : un cheval plus fort, un mouton avec plus de laine. Mais au passage, cela donc diminuer le nombre d’allèle dans leur population domestique. Et en même temps, si à la génération 0, un caractère quelconque avait par exemple, une moyenne de 10 sur la population, il se peut qu’à la génération suivante, sous l’effet de la sélection, elle soit passé à 12.

Répété sur plusieurs générations, les plus populations domestiques sont en général petites donc on va avoir perte d’allèles en plus de l’ orientation vers certaines qualité, on va s’éloigner de plus en plus de la population sauvage : c’est la sélection artificielle.

Après, la sélection naturelle peut continuer, dans la mesure où l’environnement exerce toujours une contrainte, surtout si l’animal est emmené dans une région du monde dont il n’est pas originaire (laissez un poney Shetland et un cheval arabe en extérieur toute l’année en Scandinavie ou les deux même en Arabie Saoudite, les paris sur la survie seront vite pris).

ces deux caractéristiques suffisent pour les races rustiques qui supportent bien des conditions assez dure, mais l’homme peut rajouter son grain de sel en séparer des groupes selon le travail qu’il veut faire à l’animal : chien de garde, chien d’arrêt...

Ensuite il y a la recherche d’un type esthétique, ce qui a commencé beaucoup plus tard et donne des choses très élaborées : car petit rappel : la race est une construction artificielle dont seul les humains fixes les limites.
Exemple : génétiquement parlant, la différence entre un chat siamois et un sacré de Birmanie est peu élevée. Mais aux concours il n’est question d’intervertir les deux. (ou alors, préparez vous à avoir beaucoup d’ennemis parmi les félinofiles).
Sachant tout de même que pour être accepter comme nouvelle race par un standard comme le LOOF pour les chats, la population animale doit avoir un patrimoine assez stabilisé pour établir un standard : tout le jeu des éleveurs va consister à s’approcher le plus possible de l’animal parfait qui définit le type mais qui n’existe pas. La fantaisie n’est pas la bienvenue...

Après, il y a aussi les anomalies génétiques pas forcément profitables à la nature mais que l’homme entretien : le xoloss, le chien nu d’amérique du Sud était sacré pour les mayas, mais était obligatoirement hétérozygote : en effet, le gène qui donne sa peau sans poil joue un rôle dans le développement des os : c’est à dire qu’être homozygote donne des malformations osseuses si grave que les chiots touchés sont morts nés/ne survivent pas.
Pareil pour certaines anomalies chez les chats, mais là je n’ai plus la liste des races en tête... Dans certains cas la recherche du type idéal confine à la maltraitance animale : les king charles, des chiens de compagnies avaient le museau tellement écrasé chez certains spécimens qu’ils n’arrivaient plus à respirer par le nez ! il a fallu revoir les standards pour encourager la reproduction des chiens moins atteinds.

Dans le fond, ce que fait l’homme pour les races n’est pas très différent de ce que fait la nature, si ce n’est que dans un cas il le fait pour son profit, dans l’autre c’est selon la survie que ça se joue...