@ Fergus,
Il ne faut pas confondre l’Union Européenne (son Conseil et son Secrétariat Général du Conseil, où se réunissent les Etats Membres) et le Conseil de l’Europe, à Stasbourg, qui n’est pas une institution de l’UE.
Cette dernière traite essentiellement de droitsd e l’homme, n’a pas la plénitude des portefeuilles de l’UE en terme de domaines de compétence normative, et surtout, le Conseil de l’Europe est géographiquement plus étendu que l’EU, et méme l’Europe géographique.
Le Conseil de l’Europe comporte 48 états membres, tels que la Turquie, la Géorgie, la Bosnie, le Monténégroetc...
C’est out autre chose.

Qant à votre question sur l’évolution du rapport du triangle institutionnel ( Le Conseil, qui représente les Etats Membres, la Commission, qui est censée représenter l’intéret communautaire général et a le quasi monopole du droit d’initiative textuel, et le PE, qui vote) suite au nouveau Traité , c’est un sujet complexe et rébarbatif pour les non-initiés.

Je dirais simplement et pour faire court que le grand gagnat du Traité de Lisbonne c’est le PE : jusqu’ici, il n’était co-législateur (c’est à dire ayant le pouvoir d’amender les textes) que dans les domaines du Ier pilier (économie, concurrence, transport, santé, etc).
Pour des sujets dits « sensibles »( Justice, Police, coopération militaire) il n’était que consulté, et si il s’opposait à un texte, il passait quand méme, le Conseil (sonc les Etats et les gouvernements) ayant le dernier mot.
A présent, il doit accepter, à la virgule près, les textes adoptés par les Etats. C’est en théorie bon pour la démocration. En fait, ce sera désastreux en terme de lenteur et de conciliabules liés à ce qu’on appelle la « co-décision ». il y aura des « navettes » incessantes entre PE et Conseil, qui vont encore ralentir un processus décisionnel réputé lent.

L’autre vainqueur, c’est la Commission. Elle n’avait jusqu’ici le monopole des initiatives textuelles (que le Conseil débattait et amendait) que pour les matières ressortissant du Ier pilier. Ce pouvoir est étendu au IIIeme pilioer (police/ justice), les EM ne conservant le droit d’initiative que s’ils sont 7 à proposer un texte commun.
Le perdant, c’est le Conseil, celui qui représente les Etats, leur gouvernements, leurs décideurs politiques.
Ils voient leur pouvoir amoindri.