Les années passent, et pour l’ancien condamné à mort, en 1967, arrive l’heure de la prescription de ses condamnations. Il reste cependant, et ceci pour la vie, sous le coup d’une interdiction de séjour dans la région de Lyon et de la confiscation de tous ses biens. Durant des années, Touvier va consacrer son énergie, et ses relations ecclésiastiques pour obtenir sa grâce auprès du Président de la République avec la volonté de recueillir sa part d’héritage, ce que les peines accessoires lui interdisent.

L’élément clé de cette opération sera Monseigneur Charles Duquaire, ancien secrétaire du diocèse de Lyon, et proche collaborateur du cardinal Jean-Marie Villot. La rencontre a lieu en 1957, par l’intermédiaire de l’abbé Duben. Ému par l’histoire de la famille[réf. nécessaire], il va faire de la grâce de Paul Touvier la grande affaire de sa vie (avec lui le père Blaise Arminjon, provincial des jésuites qui entretient avec Paul Touvier une correspondance suivie, et dom André Poisson, supérieur de la Grande Chartreuse). Une partie du lobby catholique, qui soutient Paul Touvier, parviendra à obtenir une grâce du président Georges Pompidou le 23 novembre 1971.

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Avec l’accord du juge Jean-Pierre Getti, le colonel Recordon placera sous écoutes téléphoniques les principaux dirigeants des Chevaliers de Notre-Dame, y ajoutant Gérard Lafond, devenu en décembre 1985 supérieur, puis père abbé de Wisques, dans le Pas-de-Calais, et qui, depuis cette date, ne joue plus aucun rôle actif au sein de l’Ordre qu’il a fondé, ainsi que Jean-Pierre Lefebvre, ancien de la division Charlemagne devenu par la suite un chrétien fervent, visiteur de prison et président de l’Association N-D. de la Merci à Paris. Suite à l’article du « Canard enchaîné », et au trouble provoqué par cette affaire parmi les chevaliers de Notre-Dame, les gendarmes engrangent assez d’informations pour passer à l’action.

Le 22 mai 1989, l’abbaye de Wisques est investie, mais ils n’y découvrent aucune trace de Touvier, puis le domicile de Jean-Pierre Lefebvre. En suivant la piste de l’argent versé par la Fraternité N-D. de la Merci, les gendarmes remontent à Geneviève Penou, qui fut la secrétaire de l’abbé Duben (qui maria l’ancien milicien). Geneviève Penou est responsable de « l’aumônerie de l’éducation spécialisée », un organisme rattaché à la conférence des évêques et logé par le Secours catholique. Les enquêteurs se rendent au monastère traditionaliste de Saint-Michel-en-Brenne, où une partie des bagages de Touvier se trouve encore. Il est finalement arrêté le 24 mai 1989 au Prieuré Saint-Joseph, à Nice[2]. Les deux derniers lieux sont très liés au mouvement intégriste, conservateur, et traditionaliste de Mgr Marcel Lefebvre : la fraternité sacerdotale Saint-Pie-X. Ceci permet de défendre à tort la thèse d’un soutien des seuls catholiques ultra et catholiques intégristes à la cause de Paul Touvier.