En 2003, Jacques Valentin écrivait :
"Notons aussi que l’AFSSAPS contrairement à ses obligations d’information des professionnels et des usagers n’a mis en ligne sur son site Internet qu’une petite partie des avis de la commission de la transparence ! Et encore faut-il aller « à la pêche » car ils sont dispersés et sans lien avec la section sur le SMR ! On croit rêver ! Sans doute une pudeur légitime, même chez ces grands cyniques, devant l’incroyable médiocrité du travail fourni. Car effectivement, les avis que j’ai pu consulter souffrent tous de la même abscence de justification, sont parsemés de pétition de principe et d’arguments d’autorité, et devrait donc être annulés de la même façon par le CE s’ils sont attaqués !« 
http://gestionsante.free.fr/jurisprudenceduce.htm

D’autre part :

Dans leur ouvrage »Santé mensonges et propagande", Thierry Souccar et Isabelle Robard ont dénoncé les conflits d’intérêts déclarés des membres de l’AFFSAPS. Sur 675 personnes siégeant dans cette organisation, près de 415 personnes (donc 62.4%) déclarent avoir des intérêts dans l’industrie pharmaceutique, cosmétique ou autre.

Les auteurs mettent en garde quant à la nécessaire indépendance de cet organisme en ce qui concerne la santé publique, qui se retrouve pilotée par les intérêts commerciaux, au lieu d’être pilotée par l’intérêt général.

http://fr.wikipedia.org/wiki/Agence_fran%C3%A7aise

Didier Torny, chargé de recherche à l’INRA-TSV : Je partage une grande partie des constats qui viennent d’être faits. La conception de la norme et son application ont largement évolué sous influence européenne. Les acteurs privés sont incités à mettre en œuvre eux-mêmes les tests, ce qui pose une question fondamentale : que deviennent alors les procédures de vigilance, d’alerte et de surveillance, qui relèvent normalement du domaine public ? Comment le « faire » et le « faire faire » s’articulent-ils ? Et le public, qui manque de personnels et de compétences, peut-il contrôler les activités du privé ?

http://www.strategie.gouv.fr/revue/article.php3?id_article=255

Et voilà que l’AFSSAPS nous fait cadeau d’une autre AMM conditionnelle, honteusement donnée à un somnifère dont trois essais cliniques sur cinq ont été non concluants, dont le bénéfice théorique est très modeste et celui clinique probablement inexistant, dont les interactions médicamenteuses sont potentiellement très nombreuses mais non étudiées (vive la sécurité !), dont les effets secondaires déjà connus ne sont pas anodins et qui, de surcroît, n’est à utiliser qu’entre 55 et 65 ans
http://pharmacritique.20minutes-blogs.fr/