Premièrement, les deux exemples que tu as relevés (le manichéisme et la charité), me semblent particulièrement mal choisis : le premier mène à l’intégrisme, et le second une négation de la solidarité. Ce sont deux valeurs d’exclusion (même la charité, si, si.). Les perdre nous fera pas de mal. Bon, peut-être que tu as pris ces deux valeurs « comme ça », et que tu sois tombé sur des trucs que j’aime pas par simple manque de chance...

Mais de manière plus générale, tes propos me semblent contradictoires. Tu déplores d’un coté l’immobilisme du christianisme pour après angoisser sur la perte de ses repères propres. Mais si veux que l’Eglise évolue à l’image de la société qu’elle est censée influencée, elle n’est porteuse d’aucun message. N’est pas le vent, mais la girouette. Et perdre la girouette ne fait pas disparaitre le vent pour autant.

Prenons un exemple concret : le droit de vote des femmes. Quelle est la position historique de l’Eglise chrétienne dessus ? Aujourd’hui, aucun curé ou pasteur ne tenterait publiquement de revenir dessus, mais qu’en était-il il y a a peine 70 ans ? Et 70 ans, ce n’est pas beaucoup par rapport aux 2000 dont tu parles (ton estimation me semble surévaluée, mais passons, c’est pas mon propos).
Pour moi, l’Eglise n’est pas génératrice d’un message (quel qu’il soit). Au mieux, elle n’en est que l’archiviste, ou le porte-drapeau. Mais à l’instar de la girouette qui ne fait pas le vent, ce n’est pas le porte drapeau qui fait l’armée.

Et le propos de ton article sonne à mes oreilles comme :
« c’est terrible, le drapeau est au sol parce qu’il n’y a plus personne pour le porter. Que va devenir l’armée ? ».
Mais s’il n’y a plus personne pour porter le drapeau, c’est que :
-soit l’armée a disparu, donc personne pour pleurer le drapeau
-soit l’armée s’est trouvée un autre drapeau, donc inutile de pleurer sur l’ancien...

PS : wikipedia me dit que le manichéisme était une religion qui a été combattue par le christianisme. Comme quoi ton exemple n’est finalement pas si peu judicieux. Mais était-ce dans ce sens que tu l’entendais ?