Le couverture 1 dose entre 2001 et 2006 à 24 mois était vraissembablement plus faible que ce que vous indiquez :
http://www.invs.sante.fr/Dossiers-thematiques/Maladies-infectieuses/Maladies-a-prevention-vaccinale/Rougeole/Couverture-vaccinale-rougeoleuses
Et quand bien même, peu importe les chiffres exacts, si vous ne pouvez pas aller au delà du cherry picking, ca ne vous sera pas d’une grande utilité.

Quand on regarde un graphe d’incidence comme celui des USA que je vous avais indiqué, on observe un comportement d’ensemble évident : l’incidence diminue avec la couverture vaccinale. Par contre si on zoome pour chercher les cerises qui semblent les plus juteuses au yeux de certains, on peut observer des choses contre-intuitives, comme des épidémies alors que la couverture vaccinale est en augmentation. Les épidémies se produisent quand le groupe des personnes non immunisées atteint une certaine taille. Ce groupe peut grandir même lorsque la couverture vaccinale augmente d’une année sur l’autre, en conséquence de ce qui s’est produit les années précédentes (des non immunisés qui n’ont pas encore eu la rougeole parce que la taille du groupe était trop faible à l’époque). Quand la couverture vaccinale à deux doses à environ 95 % est maintenue au cours du temps, la taille du groupe n’atteint plus la taille critique d’épidémie (parce que les naissances sont alors compensées par les décès...).

Pour les encéphalites, vous recopiez mot pour mot l’argumentaire fallacieux de la LNPLV. En 1982, l’INVS estime qu’il s’est produit 400 000 cas (pour à peu près 1000 notifications, indiquant que se baser sur des notifications françaises de l’époque pour établir ou utiliser des taux de complication est un exercice risqué...). 
http://www.invs.sante.fr/publications/rougeole/page2.html.
Le chiffre de 1 encpéhalite pour 1000 rougeole a vraissembablement été établi à partir de données de meilleur qualité que les notifications françaises.

Pour les comparaison vaccinés vs vaccinés, ce serait amusant que les américains y procèdent en comparant avec les résultats des allemands :http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3057555/