"D’une part, ils investissent la fameuse Commission Européenne (autrement dit, ils choisissent de mettre à la tête de la Commission Européenne Delors, Santer ou Barroso)« 

C’est un peu court de présenter les choses ainsi.
Il est quand même important de savoir que le candidat à la présidence de la commission européenne est proposé par le conseil européen.
Leur seule obligation est de faire une proposition conforme aux résultats de l’élection du parlement européen. Obligation qui laisse quand même une grande place à l’interprétation.
La candidature n’est donc pas libre ni de l’initiative des parlementaires européens nouvellement élus, les parlementaires n’ont qu’un pouvoir de censure en réalité.

Les commissaires européens quand à eux sont proposés par le conseil européen, et choisis par le président de la commission parmi ces propositions.
Là encore les parlementaires n’ont qu’un pouvoir de censure.

 », et d’autre part, ils codécident des lois européennes, en partenariat avec le Conseil de l’Union Européenne, ce dernier étant composé de représentants nationaux (qui changent selon le sujet traité). « 

Le terme de codécision est quand même assez en décalage avec la place et le pouvoir réel des parlementaires.
La commission continue d’avoir l’exclusivité de l’initiative législative.
Et le conseil de l’union européenne, auparavant appelé conseil des ministres européens, détient non seulement le dernier mot dans cette fameuse »co-décision" à l’instar de notre parlement où l’assemblée nationale a le dernier mot sur le sénat. De plus, certains domaines de décision sont l’exclusivité du conseil, les parlementaires européens n’ont au mieux qu’un droit de donner un avis, au pire son exclus tout simplement de ces décisions. Et évidemment ces domaines de décision sont parmi les plus importants.
Les gouvernements restent donc maîtres à 100% du processus législatif européen.

Si l’élection des députés européens reste un enjeu, il est évidemment très ténu par rapport à l’enjeu que peuvent représenter les élections présidentielles ou législatives.

« respecter le principe de séparation des pouvoirs. »

Pas vraiment. En réalité les institutions européennes ont un but absolument contraire. Elles permettent aux gouvernements de cumuler le pouvoir exécutif et législatif, bref de concentrer les pouvoirs.