Au cours de la SCENAR-thérapie, il est impossible de prédire la réaction de l’organisme du patient. Elle dépend de nombreux facteurs (degré de mauvaise coordination du travail de ses mécanismes d’autorégulation, engorgement des voies d’information, présence dans l’organisme d’autres processus pathologiques « qui sommeillent »...). Le processus pathologique doit passer les différentes étapes de son cycle de développement, « boucler la boucle », mais si le début du traitement a lieu avant une crise ou lorsque la maladie est déjà chronique, une «  aggravation », c’est-à-dire un redoublement des plaintes, peut survenir. Une compréhension active et une aide du patient sont alors nécessaires pour passer avec lui cette étape le plus vite possible et avec le moins de douleurs. Il est important d’attirer son attention sur le fait que le redoublement des plaintes (et l’apparition de nouvelles) est lié à l’amélioration de la fonction (c’est généralement ce que l’on observe avec la SCENAR-thérapie) et cet indicateur est pour nous important. Les plaintes ne sont que le dialogue entre l’organisme et nous, le moyen par lequel l’organisme nous communique où et comment il attend notre aide et c’est en ce sens qu’elles nous sont précieuses. Lors du « dialogue », elles changeront de façon dynamique et disparaîtront à la fin du traitement.

Le patient doit être prêt à ce que lors du changement dans le travail des mécanismes d’autorégulation, d’autres processus pathologiques qui sommeillaient dans son organisme depuis des années se réveillent. Au fur et à mesure que les réactions adaptatives s’améliorent et que le travail des mécanismes d’adaptation s’optimise, des progrès positifs seront observés. Une petite action complémentaire du SCENAR orientée vers un but précis est suffisante (parfois inutile) pour que le malade soit débarrassé à jamais d’une autre maladie qui le faisait souffrir depuis des années (on traite un mal, on en guérit un autre...).