En France, la fonction préfectorale a remplacé celle occupée sous l’Ancien régime par les intendants, des agents de l’absolutisme royal qui ont réalisé l’unification administrative du pays au prix de la réduction des libertés provinciales et municipales (les « privilèges »), ce qui les avait rendu très impopulaires, ce qui n’a pas empêché leurs successeurs d’achever le boulot sous l’empire et plusieurs républiques. Sous la pression de l’opinion publique, Louis XVI leur avait retiré la plupart de leurs pouvoirs pour les donner aux assemblées provinciales instituées entre 1778 et 1787. En 1789, les cahiers de doléances ont réclamé leur disparition qui a été décidéepar l’Assemblée nationale le 22 décembre 1789.

Or, sur beaucoup d’aspects, les préfets ont rapidement retrouvé le pouvoir absolu des Intendants royaux. Après l’expérience révolutionnaire d’une certaine autonomie des collectivités locales, organisées sur la base de l’élection et de la collégialité, le Premier consul a mis au pas les autorités locales par la loi du 28 pluviôse an VIII : dans le département, « le préfet sera chargé seul de l’administration ». Nommé par le Premier Consul, intermédiaire obligé entre l’assemblée départementale et l’État, le préfet était l’organe exécutif unique du département. Il contrôlait et animait le conseil général, dont il présidait les réunions avec voix prépondérante. Il désignait les maires et les adjoints des communes de moins de 5 000 habitants et proposait au Premier Consul, (plus tard à l’Empereur), la nomination des autres.

Dans le Mémorial de Sainte-Hélène, Napoléon a qualifié les préfets « d’empereurs au petit pied » traduisant l’étendue de leur pouvoir, accentuée par la stabilité du corps préfectoral sous le Consulat et l’Empire (28 préfets sont restés plus de dix ans en poste).

Cet héritage fait qu’aujourd’hui encore, un Maire a une « double casquette » et doit concilier la représentativité de ses électeurs avec la soumission aux ordres du Préfet. Ce n’est pas le moindre paradoxe de notre structure administrative.