Texte intéressant. Quelques remarques :

« C’est pourtant ce que font les adeptes du scientisme, opinion philosophique qui affirme que la science nous fait connaître la totalité des choses qui existent et que cette connaissance suffit à satisfaire toutes les aspirations humaines. »

Si j’en crois Wikipedia, le scientisme (dont Auguste Comte est un des pères), est toute autre chose :

« Le scientisme est une vision du monde apparue au XIXe siècle selon laquelle la science expérimentale a priorité pour interpréter le monde sur les formes plus anciennes de référence : révélation religieuse, tradition, coutume et idées reçues. Le scientisme veut, selon la formule d’Ernest Renan (1823-1892), « organiser scientifiquement l’humanité »1. Il s’agit donc d’une confiance (le terme de foi ne s’applique pas dans le domaine expérimental) dans l’application des principes et méthodes de la science expérimentale dans tous les domaines. »

Derrière il y a aussi l’idée qu’on parviendra (dans le futur, pas dans le présent) à expliquer de plus en plus de choses avec la méthode scientifique (dont la définition est compliquée, comme vous le soulignez).

Ainsi, vous écrivez :

« Une théorie scientifique ne peut évidemment pas ignorer ni l’un ni l’autre des aspects. »

Le scientisme n’a pas pour vocation d’ignorer les phènomènes à plus long terme comme celui que vous décrivez concernant l’eau potable.
A la place de scientisme, n’auriez vous dû pas utiliser plutôt « application aveugle et partiale de la science, maximisation des profits en se réfugiant derrière ce qui n’est en fait qu’une application partiale de la science » ?

« d’innombrables commissions peuplées de personnes inaptes à comprendre leurs travaux »

C’est inévitable, du fait de la spécialisation toujours plus grande. Auguste Comte en parlait déjà au début du 19ième siècle.
Un texte fondateur pour ma pensée :

http://web.archive.org/web/20041206050924/http://moire4.u-strasbg.fr/JHideas.htm

Les personnes dans les commissions sont généralement des « managers », ou avec vocation à le devenir. Ils ne peuvent avoir les connaissances de tous les « obscure workers ».

« En effet, si vous ne révolutionnez pas l’ensemble de la Science, si vous n’apportez pas une solution à tous les problèmes de la terre, si vous n’avez pas compris tous les mystères de la création, si en d’autres mots vous n’êtes pas le Newton de votre temps, un « génie » universellement reconnu ou qui mériterait de l’être … votre travail ne vaut rien ! »

J’ai travaillé dans la Recherche (le Big Science System), et je n’ai pas ressenti cela. Pour moi, tout ce qu’ils veulent, c’est que les chercheurs publient (peu importe si c’est incompréhensible, ou quasi-inutile, ou mal reviewé, le principal étant l’impact factor). Ensuite il y a les budgets en baisse : alors on demande aux chercheurs d’aller chercher les crédit eux-mêmes.
A mon avis, on devrait au contraire laisser du temps libre (e.g. 50%) aux chercheurs pour faire ce qu’ils veulent, en incitant à faire de l’épistémologie pour se replonger dans les fondamentaux et se poser des questions de fond.