Qu’en est-il des mutations du coronavirus SARS-CoV-2 ?

1) Comment on analyse le virus. Le SARS-CoV-2 appartient à la famille des bêtacoronavirus. Il cause le Covid-19, pathologie bien connue et décrite comme plusieurs types d’affections des voies respiratoires. C’est un virus à ARN comme celui de la grippe, avec comme particularité une longueur plutôt élevée, quelque 30 000 bases, ce qui équivaut à 20 pages écrites dans un livre standard, mais avec quatre lettres seulement, A (adénine), U (uracile) C (cytosine), G (guanine). Sa séquence a été déterminée à la fin du mois de décembre par les virologues chinois. Sa particularité est d’entrer dans les cellules hôtes en se fixant au récepteur membranaire ACE2 qui est aussi un enzyme de conversion de l’angiotensine.

Le séquençage de l’ARN viral utilise une méthode très sophistiquée mais à portée de main pour les laboratoires de virologie. Le principe consiste à isoler l’ARN puis à le transcrire en ADN complémentaire avec une réserve transcriptase. Cet ADNc utilise les mêmes lettres, excepté U (uracile) qui est remplacé par T (thymine). C’est cet ADNc qui permet d’analyser l’ARN lorsqu’il est introduit dans des séquenceurs devenus d’usage courant. Il faut juste augmenter la quantité d’ADNc en le multipliant grâce à la technique PCR (polymerase chain reaction). Et c’est par cette méthode que l’on peut savoir si un patient est infecté ou pas par le virus du Covid-19. Les quelque cent mille personnes détectées viropositives l’ont été en utilisant ce test qui par ailleurs permet d’obtenir la séquence complète du virus ?

2) Comment le virus mute. Le séquençage du virus permet de voir si le texte génétique est toujours le même ou bien si le texte a changé, ne serait-ce que d’une lettre. C’est important car une seule lettre change le codon formé de trois lettres et qui correspond à un acide aminé une fois le gène traduit en protéine. Mais il existe aussi des lettres dont le changement n’altère pas la traduction en acide aminé. Par exemple un changement au niveau de la troisième lettre dans les quatre mots (codons) qui codent pour l’acide aminé « leucine » : CUU, CUT, CUG et CUC. Quelle que soit la mutation dans la dernière lettre, le système de traduction lira « leucine ». Seules les mutations produisant un changement d’acide aminé ont un impact sur le devenir d’un virus dans les cellules hôtes et s’il y a lieu, impactent la virulence dans un sens ou un autre, avec la possibilité de cumuler les mutations.

Le séquençage permet de voir exactement quelle est la position de la mutation, sur quel gène elle se produit et si elle se traduit par un changement d’acide aminé sur la protéine issue de ce gène. Les données fournies par les laboratoires du monde entier sont centralisées et permettent de connaître les mutations avec à la clé un arbre généalogique des différents virus rencontrés (lire les diagrammes fournis par nextstarin.org). Les mutations sont répertoriées avec précision. Un virus analysée en Italie est ainsi décrit : mutation de nucléotide : A187G, A6956C et pour les mutations d’acides aminés, Orf1a : I2231L. L’interprétation de ces hiéroglyphes est simple. Deux mutations de la séquence génétique sont détectées. La 187^ème lettre Adénine est remplacée par Guanine, la 6956^ème lettre Adénine est remplacée par Cytosine. La première mutation n’a pas d’incidence sur les acides aminés, en revanche, la seconde mutation produit une substitution de l’acide aminé placé en position 2231 et précisément, c’est une isoleucine, I qui est remplacée par une leucine, L. La protéine codée par le gène muté change de structure. Cette substitution concerne la séquence Orf1 qui code pour l’ARN polymérase ARN dépendante. Lorsque le virus entre dans la cellule, il se réplique grâce à cette polymérase. Une mutation sur le gène de la polymérase affecte uniquement la réplication (rendue plus ou moins efficace) mais pas les autres étapes et notamment l’entrée du virus dans la cellule. La plupart des quelques 20 mutations répertoriées concernent les séquences Orf codant pour la polymérase, ce qui n’a rien d’étonnant puisque ces séquences représentent deux tiers du génome viral.

Il se produit aussi des modifications dans les autres gènes codant pour les protéines E (enveloppe) N (nucléocapside, assemblage) et S (spike, clé pour entrer dans la cellule). Les mutations sur le gène S ont également été répertoriées. Notamment sur des prélèvements effectués dans la province du Hubei dont la capitale est Wuhan. Au moins quatre mutations sur le gène S ont été identifiées entre janvier et mi-février. On en trouve aussi une détectée aux Etats-Unis. Aucun élément ne permet de relier un degré de virulence à tel type de mutation, il faudrait pour cela disposer de données cliniques extrêmement précises. La thèse des deux souches L et S publiée par des virologues chinois et récemment diffusée dans les médias ne me semble pas très solide ; je ne suis pas le seul à partager cet avis.

3) Faut-il redouter les mutations ? Les mutations répertoriées découlent du fait que la séquence mutée est viable, que le virus se réplique, qu’il se communique d’une personne à une autre. Si l’on admet que le virus est un texte qui se transmet par l’imprimerie génétique, alors les virus identifiés ont réussi à se transmettre en parasitant les imprimeries génétiques des cellules hôtes. C’est le principe du darwinisme sémantique, concept que j’ai inventé dans mon livre sur les émergences et les communications. Il est possible que des centaines de mutations se soient produites sans que nous n’en sachions rien parce que les virus mutés n’ont pas pu se transmettre d’un hôte à un autre. Les mutations observées ont été sélectionnées non pas par le virus mais par les hôtes du virus. Le mécanisme est différent de la sélection naturelle des espèces mais il y ressemble sur un point. Celui du temps, du kronos, du temps qui accompagne le jeu de la vie, avec les gagnants et les perdants. Il n'y a aucune raison de penser que les virus nous veulent du mal et sont des agents du diable. Ils sont peut-être utiles mais nous ne le savons pas. 

Il n’y a aucune raison de penser qu’un virus puisse muter, se propager et exterminer des millions de gens. Cette possibilité existe, dans les tiroirs des scientifiques qui font de la prospective et ont un intérêt à imaginer le pire, peut-être en pensant bien faire, pour anticiper, pour prévenir, pour lutter contre une menace terrible. La crise du Covid-19 montre à l’inverse que nous ne savons même pas lutter contre une menace restreinte. Si une mutation menaçante se produit, nous le saurons avec les constats cliniques avant d’analyser quelle est la mutation génétique.

Les données sur les mutations du SRAS-CoV-2 n’ont pas grand intérêt pour gérer cette crise. En revanche, ces données ont un intérêt scientifique incontestable pour comprendre le jeu des virus, des gènes et de la vie. Il est plausible que les mutations finissent par produire des souches de moins en moins virulentes. Il est intéressant d’étudier pourquoi une partie des scientifiques pensent au pire des scénarii. Le reste est assez convenu. Dès que des autorités scientifiques énoncent des soi-disant vérités, les populations se rangent à l’autorité, comme dans l’expérience de Milgram. Cette fois, il n’est pas certain que les Cassandre de la pandémie aient le dernier mot ni les bavards médiatiques qui propagent le mythe de la pandémie dévastatrice. Par ailleurs, cette question des mutations dévoile un manque de connaissance des spécialistes en virologie. Il est plausible que la virulence s’atténue au fil des mutations, parce que les cellules hôtes disposent de « mécanismes sémantiques » que la science ignore actuellement mais qu’elle pourrait bien découvrir pendant la décennie 2020. La biosémantique est une discipline nouvelle. J’y ai contribué modestement dans mon livre sur les émergences. S’il y a une résolution accessible de cette énigme, les scientifiques la trouveront.