Théorie alternative : un virus et deux « épidémies » - La circulation du SARS-CoV-2 produira une immunité collective
Les données actuelles de l’épidémie en France, combinées à quelques hypothèses scientifiques, penchent en faveur d’un changement de stratégie. L’immunité collective devient une option plausible pour ne pas dire crédible. Pour le dire autrement, une nouvelle doctrine émerge, celle de la thèse « un virus deux épidémies ». Elle est plausible sur le plan scientifique.
1) Relation dose et maladie. Pour faire simple, le suivi de l’épidémie montre une circulation accrue du virus alors que dans le même temps, le nombre des admissions et surtout des réanimations reste stable depuis deux mois. 7% de lits occupés à l’échelle de la France. Un taux qui peut varier sensiblement selon les départements ou les régions. En date du 19 août, il a été évalué à 2.2 en Nouvelle Aquitaine, 16 en Ile-de-France et 0.4 en Normandie (chiffres officiels donnés par Santé Publique France). Dire que les jeunes sont plus contaminés n’explique pas tout. Une nouvelle piste scientifique vient d’être livrée, celle d’un impact de la dose reçue sur l’affection en résultant. Une dose minime induirait une affection peu symptomatique alors qu’une dose élevée serait en partie responsable du Covid-19 dans sa forme avancée ou sévère. C’est cette hypothèse que j’ai explicitée dans un article appuyé par des revues spécialisées, paru le 20 août 2020. En rédigeant cet article, je ne savais pas que des confrères scientifiques avaient envisagé cette possibilité. Par une étrange coïncidence, l’infectiologue californienne Monica Gandhi (Professor of Medicine, Division of HIV, Infectious Diseases and Global Medicine, University of California, San Francisco) a publié le 19 août une tribune dans laquelle elle fait aussi état d’une relation entre la dose reçue et la gravité de la maladie.
« La gravité de la maladie que vous allez développer suite à une infection virale a beaucoup à voir avec la quantité de virus (l’« inoculum viral », ou dose virale) à laquelle vous aurez été exposé initialement. Si la dose lors de l’exposition est très élevée, la réponse immunitaire peut être dépassée. Entre le fait que le virus s’empare d’un grand nombre de cellules et les efforts considérables déployés par le système immunitaire pour contenir l’infection, l’organisme subit alors de nombreux dommages, ce qui peut avoir pour conséquence que la personne infectée tombe très malade. En revanche, si la dose initiale du virus est faible, le système immunitaire est capable de contenir le virus en employant des mesures moins drastiques. Dans ce cas, la personne présente moins de symptômes, voire aucun. » (Traduit sur le site français de The Conversation le 23 août)
Monica Gandhi et moi-même avons cité la revue de Barry Rouse et Sharvan Scherawat publié en 2010 dans Nature, dans lequel la relation entre dose infectieuse et maladie a été explicitée. En revanche, je ne suivrai pas Monica Gandhi sur le port du masque. Cette recommandation ne vaut que pour les endroits clos, avec une forte promiscuité et bien évidemment pour le personnel de santé. Pour le reste, le port du masque n’a rien d’une nécessité, et ne pas le porter dans les lieux ouverts pourrait même avoir un intérêt pour en finir plus rapidement avec cette épidémie. Tout homme qui se respecte ne peut pas se faire à l’idée de porter un masque toute la journée pour une durée indéterminée, trois mois, six, un an, deux ? Vous imaginez ? Il faut reprendre le contrôle de nos vies comme nous y incline Jean-François Toussaint dans une tribune publiée récemment. La stratégie visant à stopper la propagation du virus est complètement inadaptée, d’autant plus que cette circulation est impossible à arrêter, sauf en organisant un doux suicide collectif ce qui est déjà un peu le cas avec les mesures prises actuellement. Plus on laisse filer le virus et les contaminations immunisantes, plus rapidement on éloigne le spectre de épidémie. Il ne faut pas surveiller les cas de contamination mais les malades en leur recommandant expressément de s’isoler et en leur accordant les soins qu’ils sont en droit d’attendre. Je me propose de vous expliquer cette alternative visant à générer une immunité collective. En me basant sur des arguments scientifiques. Dans un premier temps, intéressons-nous au mécanisme de défense que l’organisme met en mouvement lorsqu’il est au contact de virions.
2) L’immunité innée entre en jeu, le rôle déterminant des cellules dendritiques. Il est couramment admis que l’immunité fonctionne selon deux modes, le premier étant défini comme inné (ou naïve) et le second comme adaptatif (ou acquis), jouant alors sur la mémoire d’une infection passée. On dit que le patient est immunisé après avoir été infecté, ou alors immunisé de manière artificielle après avoir été vacciné. Lorsque l’organisme entre en contact avec un nouveau virus, c’est l’immunité innée qui le « prend en charge ». Et plus particulièrement l’immunité antivirale, bien plus complexe que l’immunité contre les bactéries et les parasites. Pour savoir si un virus est présent, il faut que les virions aient pu pénétrer dans la cellule pour se « démasquer » en se répliquant, laissant apparaître son ARN et ses NSP, protéines non structurales. La première ligne de défense capable de détecter la présence du virus est composée de cellules dendritiques. Elles sont de deux types (Weber, 2010). Les myéloïdes (mDCs) sont issues de précurseurs produits par la moelle et formant également les macrophages et monocytes. Les plasmacytoïdes (pDCs) sont de la même lignée que les cellules adaptatives B et T. Les cellules dendritiques circulent dans les fluides et sont également présentes dans les muqueuses. La détection du virus se fait par des récepteurs Toll de type 3 ou 7, qui sont sensibles aux molécules virales et notamment l’ARN double brin qui intervient dans la phase réplicative des coronavirus, qu’il s’agisse du H-CoV-229E devenu courant ou du SARS-CoV-2. Une fois la détection effectuée, les cellules dendritiques produisent de l’interféron de type I ou III. Les mécanismes en cascade sont activés. Le système inné des cellules dendritiques est puissamment connecté au système adaptatif des cellules T, qui produit l’interféron de type II (gamma). Il est maintenant établi que les patients ayant contracté le Covid-19 ont développé une immunité médiatisée par l’interféron gamma et les cellules T. Mieux encore, ce type d’immunité pourrait être durable. Elle a été retrouvée chez des patients affectés il y a 17 ans par le SARS-CoV-1 (Le Bert, 2020). Ce type d’immunité est plus durable que celle produites par les anticorps.
Si la quantité de dose contagieuse détermine le cours de l’infection, c’est parce qu’une dose élevée produit une contagion étendue, avec un nombre important de virions dont la dynamique de réplication produit une saturation du système immunitaire inné qui se trouve débordé, car ce système a lui aussi une dynamique. L’activation des quelques dizaines, voire plus, de gènes impliqués dans la réponse et la communication (interleukine) prend aussi du temps. C’est une course contre la montre qui se joue entre les virions et les cellules de défenses de l’hôte. Le plus souvent, les défenses immunitaires jouent leur rôle et pourraient même produire une sorte de vaccination naturelle. En revanche, lorsque les virions sont suffisamment nombreux, ils montent en charge plus rapidement que la réponse innée et c’est la réaction en chaine inflammatoire qui se propage alors que les virions pénètrent dans les voies inférieures et finissent par occuper les alvéoles, induisant alors la pneumonie covidienne.
3) Si la thèse d’une double épidémie est exacte, alors la stratégie de l’immunité collective est jouable. Car une immunité ne passe pas forcément par une affection avancée du patient. Rappelons qu’en 1881, Pasteur énonça le principe de la vaccination : (inoculer) « des virus affaiblis ayant le caractère de ne jamais tuer, de donner une maladie bénigne qui préserve de la maladie mortelle ». C’est ce que fit son prédécesseur Jenner en vaccinant contre la variole à l’aide de pus prélevé sur des malades vers 1800. D’ailleurs, la vaccination contre cette pathologie fut réalisée au XXe siècle en utilisant un virus atténué. Pourquoi ne pas admettre qu’une toute petite charge virale de SARS-CoV-2 pourrait infecter les patients en produisant une réaction asymptomatique ou une affection bégnine jouant le rôle d’une vaccination ? C’est sans doute ce qui se passe actuellement et qui explique le nombre restreint de réanimations rapporté à l’estimation de la circulation virale.
Il y aurait en réalité deux épidémies ; (i) la première véhiculée principalement par des charges élevées, des patients fortement contaminants, transmissible dans les espaces clos à forte promiscuité, comme on en trouve dans les favélas brésiliennes et dans toutes les zones à populations pauvres, ou alors les rassemblements en espace fermé, les regroupements en lieu clos. Il a même été suggéré qu’avec le confinement, les gens restés chez eux ont plus été malades que ceux qui sont allés travailler. Cette transmission semble liée à la promiscuité conjuguée à la présence de malades dans les lieux à forte densité humaine. (ii) Une seconde épidémie serait véhiculée principalement par des patients affectés de formes bégnines ou asymptomatiques. Cette seconde épidémie se présente comme une sorte de vaccination et ne produit pas le Covid, contrairement à l’épidémie du premier type. Nous avons donc une superposition de deux épidémies qui se développent indépendamment tout en interférant à un degré que nous ne connaissons pas. Cette hypothèse ; un virus et deux épidémies, est tout à fait plausible, consistante avec les chiffres actuels et pouvant être appuyée par des investigations scientifique en virologie et immunologie. La charge virale joue un rôle important mais d’autres facteurs sont envisageables. Si tel est le cas, la stratégie change complètement. Il ne faut pas forcément lutter contre la circulation du virus mais plutôt contenir la propagation de la maladie en isolant les malades. Ce qui nécessite la mobilisation de la médecine de ville, bien plus que les opérations menées sous la responsabilité des ARS. Autrement dit, agir comme pendant l’épisode du SRAS de 2003 en isolant les malades sans utiliser de tests. Le virus peut alors circuler et l’immunité se développera progressivement, notamment chez les jeunes.
Du point de vue pragmatique, cette nouvelle théorie indique que le port du masque en extérieur n’est plus nécessaire et qu’il doit être laissé à la discrétion de chaque citoyen décidant ou pas de le porter pour des raisons qui lui appartiennent. Le masque ne devrait plus être obligatoire dans les lieux clos à faible promiscuité et le port du masque devrait être laissé à la discrétion de chaque responsable de la boutique ou de la surface dont il a la direction. Le masque ne devrait plus être obligatoire en entreprise et laissé à l’appréciation de chaque situation. Il n’y a que les transports publics pour lesquels on peut accepter que le masque soit obligatoire. Tester ne sert à rien pour contenir l’épidémie. Il faut stopper la propagation de la maladie et non pas la circulation du virus. Les experts du gouvernement font fausse route. Les tests ont une utilité sanitaire réduite, si l’on admet que des patients porteurs d’affection respiratoire puissent avoir un résultat rapide, qu’ils pourraient du reste obtenir en allant chez le médecin du coin puis le laboratoire de proximité habilité à faire les tests. Les tests ont néanmoins un intérêt scientifique car ils indiquent la prévalence du virus, désignée aussi comme incidence (à ne pas confondre avec le taux) à travers le pourcentage de PCR positives qui, malgré le biais important, indique une tendance. Le taux d’incidence est un paramètre trompeur car il ne reflète pas la circulation du virus et dépend du nombre de test. Il peut donc varier du simple au quadruple si on multiplie par quatre le nombre de tests dans une ville. Ce taux d’incidence est un chiffre inventé par les bureaucrates des ARS et n’a aucune valeur sur le plan épidémiologique. En revanche, il est utilisé à des fins politiques. Il est temps de revenir à la vie réelle, de retrouver le goût de vivre et de se fréquenter, comme nous y incite le professeur Jean-François Toussaint.
4) L’immunité collective est accessible d’ici un an, ou même moins, en tablant sur une positivité entre 2 % et 4%. Le calcul se base sur un renouvellement des contaminés toutes les quinzaines, ce qui donne une positivité cumulée de 4 à 8 % par mois. De plus, la thèse de l’épidémie immunisante ne rend plus nécessaire la vaccination qui se ferait alors spontanément. D’ici deux ans, le virus ne serait nettement moins agressif, produisant un nombre restreints de malades, ce qui resterait néanmoins un problème de santé publique au même titre que la grippe qui ne l’oublions pas, peut tuer, générer des pneumonies et laisser parfois des séquelles, rarement mais sûrement, lorsque les patients passent en réanimation.
Nous allons savoir d’ici une quinzaine si le nombre des réanimations et des décès augmente après l’infléchissement de la courbe de prévalence, le taux de positivité étant alors passé de 1.5 à plus de 3%. Si la courbe des réanimations ne monte que de 10 à 20 % alors nous sommes sur la bonne voie. Depuis plus d’un mois, le nombre de réanimations est inférieur à 400, seuil récemment franchi le 25 août avec 410. Aucune donnée pour le 26 en raison d’une panne informatique. Nous verrons bien s’il dépasse de beaucoup les 500 vers le 10 septembre. See you soon, wait and see.
Références
Monica Gandhi
Bernard Dugué
https://www.agoravox.fr/tribune-libre/article/la-these-des-deux-types-de-226527
Le Bert et al. ; SARS-CoV-2-specific T cell immunity in cases of COVID-19 and SARS, and uninfected controls. Nature, 2020. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2550-z
Weber F, Antiviral Innate Immunity : Introduction, Reference Module in Life Sciences, 2020
https://dx.doi.org/10.1016%2FB978-0-12-809633-8.21290-9
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