Article intéressant mais qui gagnerait à être plus lisible... Assez d’accord sur l’aspect des publications grand public. En revanche, certaines des idées mises en avant ailleurs dans ce papier sont très discutables. Quelque exemples :

"Les espèces sont le fruit d’un long processus de transformation. C’est ce qu’on appelle l’Evolutionnisme..." C’est plutôt ce que l’on appelle l’évolution.

"Elle dit que les causes de la transformation des espèces se comprennent comme une lutte du vivant dans un environnement drastique qui ne laisse subsister que les espèces ayant déjoué les écueils de la sélection naturelle et donc triomphé de cette lutte pour l’existence." Vous avez une vision très "guerrière" de l’évolution, et des pressions environnementales. Celles-ci sont certes réelles, et fortes effectivement dans certains cas, en particulier lors des crises d’extinction. Le reste de l’évolution se ferait par petites touches, au travers de phénomènes d’adaptation, souvent très lents, conduisant à la spéciation. 

"La théorie de Darwin est donc composée de ces deux volets dont la visée heuristique (guide théorique pour simplifier) est sans contestation". Le terme heuristique a beaucoup de significations, et cette phrase obscure aurait gagné à être explicitée. Voulez vous dire que les "règles " de l’évolution proposées par Darwin avaient une vocation théorique évidente ?

"Mais rien ne laisse supposer que tout ait été élucidé et que la lutte pour la survie puisse nommer la cause efficiente et que la sélection naturelle représente une cause à la foi matérielle et finale." Vous ne trouverez pas un spécialiste de l’évolution sérieux qui vous dira que tout a été élucidé. Quant à la lutte pour la survie, ou plutôt pour une meilleure vie via "l’adaptation", sa contribution reste majeure. Enfin, aucun scientifique sérieux ne parlera de cause finale en regard des processu de sélection naturelle. En ce faisant, vous quittez d’une certaine façon le domaine de la science, dont les visées sont de répondre à la question du "comment" pour entrer dans le domaine de la spéculation, voire du "mystique" autour de la question du "pourquoi". 

En relation avec ce qui précède, et sur le livre de Behe, celui - ci est très controversé. J’avoue ne pas me reconnaitre du tout dans certaines de ses affirmations. La complexité irréductible qu’il défend (théorie qui dit que certains systèmes biologiques sont beaucoup trop compliqués pour résulter de processus de sélection / adaptation / évolution ) ne repose sur aucun argument expérimental factuel ! On peut démontrer sur des systèmes plus simples que le système immunitaire certes, que chaque étape évolutive ayant conduit à l’apparition de ce système a pu apporter un avantage sélectif, ou - et c’est une des erreurs de Behe - ne pas constituer un desavantage sélectif. On aborde là le concept de mutation neutre, donc non contre seléctionnée par l’environnement, et génératrice de diversité. En fait, ce que fait Behe, c’est de montrer du doigt certaines des lacunes de l’évolution (et il y en a !), donc certains domaines où l’on ne peut prouver sa validité, pour suggérer en conséquence que l’ensemble cette théorie est infondée. Cela ne tient pas la route !