Bien intéressant, le papier de Zimmer dans le NY Times.
Merci de nous le faire partager.
Mais, dans le fond, que dit-il qui ne soit pas présent dans le vécu quotidien de tout chercheur, particulièrement généticien, raisonnablement cortexé ?

Le fait qu’on ait trouvé des gènes dont les altérations sont très clairement responsables de maladies génétique n’est pas remis en cause. Le fait qu’on ne sache pas grand-chose et que, ainsi que l’écrivait le physicien Charles Nordman en 1919 : « la science est comme une clairière dans la forêt de l’inconnu. Plus elle élargit cette clairière plus elle nous met en rapport avec l’inconnu », ne fait que nous amener à percevoir tout ce qui nous reste à découvrir.

En ce qui concerne le livre d’André Pichot (Histoire de la notion de gène), je souscris à l’analyse qu’en a faite Antoine Danchin pour "la Recherche", lorsqu’il écrit qu’il " propose une histoire qui tient plutôt du réquisitoire et où le jugement de valeur sans fondement tient lieu d’examen rigoureux des faits".
La notion de gène a été effectivement établie avant qu’Avery, McLeod et McCarthy démontrent en 1941 (eh oui, j’aime bien les vieilles histoires qui nous rappellent que nos connaissances d’aujourd’hui ne datent pas d’hier) que l’ADN était "le" support physique de l’hérédité. On a appris depuis qu’il n’était pas le seul support de l’Hérédité, avec un grand "H". Peu importe. Qu’il existe une hérédité épigénétique, celle qui prend en compte la transmission des conditions d’expression des gènes, n’évacue pas l’hérédité génétique qui s’occupe de la transmission des gènes dans un environnement donné. Danchin le dit bien mieux que moi en parlant du "concept de programme sans lequel le jeu de l’hérédité est incompréhensible : ce qui est transmis de façon génétique est non l’organisme lui-même (c’était la théorie de la préformation), mais un ensemble de règles de construction. Ces règles déploient leurs effets concrètement dans un environnement donné ; et ces effets changent lorsque l’environnement change, c’est là tout l’intérêt d’un programme. C’est ainsi qu’en déplaçant un gène on peut faire développer une patte à la place d’une antenne chez la mouche drosophile !".

Ayant participé avec 49 autres collègues, il y a quelques années, à une enquête dont le thème était "pour vous, qu’est-ce qu’un gène", je me souviens avoir surtout insisté sur ce qu’il n’était pas. En fait, plus on en sait sur la transmission de l’information génétique et sur la structure des génomes (et des épigénomes), plus on est tenté, s’il faut le définir, à revenir à une notion purement génétique, et donc purement formelle du gène : il s’agit d’un fragment d’information génétique qui détermine un caractère héréditaire. Dans ce cas, peu importent les épissages multiples, par exemple.

"Selon S. Prohaska, la plupart de ses confrères reviennent sur une définition devenue un peu trop classique et qui par paresse intellectuelle, a été conservée. Celle du gène défini comme une unité de séquence d’ADN censé coder pour une protéine ..." : ceci est faux. Ou alors Madame Prohaska choisit bien mal ses collègues. Aucun des miens ne parle en ces termes. L’hyper simplification "un gène = une protéine" est abandonnée depuis fort longtemps. Pour moi qui ai vu, au début de ma carrière en 1977 arriver la notion de gènes en morceau, on parle d’épissage, je peux témoigner que s’il s’est agi d’une véritable révolution, les scientifiques, les vrais, ont d’emblée intégré le nouveau concept : c’était facile car il y avait des preuves scientifiques Un certain nombre de choses que vous présentez, ou que vous avez présenté dans un récent article, ne répondent pas à ce critère. Il est donc normal que les scientifiques y soient réticents.

La notion de gènes s’inscrirait de fait dans ce que vous appelez le "paradigme atomiste moderne hérité du 19ème siècle" si, justement, elle n’avait pas évolué, si elle n’avait pas débouché sur la génomique fonctionnelle, les réseaux de gènes, la régulation épigénétique, la plasticité du génome, et les premières approches de la complexité du vivant. Il faut bien commencer par le plus simple. C’est, d’ailleurs la vraie grande idée du moine Gregor Mendel, idée qu’il a eu dans un contexte scientifique où les "chercheurs" pensaient que pour comprendre l’hérédité dans sa complexité, il fallait comparer les individus les plus dissemblables possible. Lui a proposé de comparer les plus semblables, dont on pouvait espérer qu’ils ne diffèrent que par un –ou un petit nombre de caractères. Sans cela, pas de loi de l’hérédité abordable en 1860.

Qu’appelez-vous le "schisme entre phénotype et génotype, un schisme qui date de 1910 et qui n’a pas été solutionné" ? Personnellement, je l’ignore. Je peux admettre un lien complexe, et même, dans certains cas, une inconnue, mais un schisme, je ne vois pas …
 
Je veux bien admettre que, pour certains, les mélodies des Beach Boys aient vieillies (moi, j’aime bien aujourd’hui encore !). Mais ce que nous a appris l’opéron lactose, et même, plus ancien encore, le phénomène de diauxie qui fit le sujet de la thèse de Jacques Monod en 1941 est toujours actuel, même si personne ne considère quoi que ce soit comme "définitif".

"La conception mutationnelle du gène, héritée du temps des chromosomes et des loci, est abandonnée (Pichot, p. 146)" : décidément, sacré Pichot ! Je ne sais pas de quoi il parle, pardon, de quoi vous parlez. Un principe de démarche scientifique est d’intégrer ce qui a été à la recherche de ce qui sera.Ainsi l’aventure du génome est loin d’être terminée, et je ne peux pas être d’accord avec vous pour placer l’apogée de la génétique la fin des années 1990 : elle se poursuit, et le plus intéressant est encore à venir. En fait, je crois qu’un de vos problèmes est de croire les âneries débitées par certains VRP de la vulgarisation scientifique qui essaient de nous faire croire qu’on sait tout avant que ce soit vrai. Je me souviens, dans une vie antérieure au cours de laquelle j’étais génomiste et cartographe du génome humain, on a essayé de nous faire croire que la carte du génome était connue parce qu’un article (français, d’ailleurs) en avait fait une compilation. On en aurait ri si les bailleurs de fonds de ladite recherche ne s’étaient pas servi de cette approximation scientifique pour supprimer tout financement à la cartographie du génome. Eh bien, à cette époque, si l’on avait dû se fier aux cartes existantes, on n’aurait jamais trouvé son chemin dans ce damné génome. Ainsi, les scientifiques ne sont pas les derniers à souffrir du non-respect du temps nécessaire à établir des résultats scientifiquement valables et fiables. Certes, je sais que je vais passer pour un généticien de papa, mais sans doute en suis-je un. Dommage que Sarkozy menace de me maintenir en activité jusqu’à 70 ans !

Arrivons-en maintenant à ces questions sémantiques qui concernent l’ensemble des séquences d’ADN dont on ne sait pas ENCORE à quoi elles servent. On a parlé d’ADN égoïste, d’ADN poubelle (junk DNA), peu importe, une fois encore ! Il s’agit là d’arguties dont le ridicule déclencherait l’hilarité s’il ne prêtait pas le dos à toutes les critiques, dont la vôtre, qui me paraissent fort peu fondées. En fait, la pensée de David Haussler, membre du consortium ENCODE, a été en partie trahie par les citations que le NYT a sorties de leur contexte, et plus encore par la traduction que vous en faites. En bon scientifique, Haussler parle de ce qu’il connaît Ce qu’il connaît, c’est l’évolution des génomes et surtout la conservation de séquences ente espèces. Non bloqué par le soi-disant dogme selon lequel seuls les gènes, tels qu’il étaient identifiés, étaient importants, et donc conservés au cours de l’évolution, il a, avec d’autre, étudié la conservation de séquences non-géniques. Il a eu la grande surprise ("It absolutely knocked me off my chair", dit David Haussler) de trouver des régions de très grande homologie dans l’ADN dit poubelle. Son raisonnement est, à partir de cette observation, de dire que ces morceaux d’ADN dont on ne sait à quoi ils servent, sont soumis à une très forte pression de sélection ET QUE, par conséquent, quelle qu’en soit la fonction, elle est clairement très importante. Il en tire la conclusion que les scientifiques doivent revoir leurs idées sur l’ADN poubelle. Il ajoute (traduction personnelle) : "Je pense que d’autres morceaux d’ADN poubelle se révéleront ne pas être "poubelle". Je crois que ce n’est que la partie émergée de l’iceberg, et que nous allons assister à de nombreuses autres découvertes du même ordre". Ainsi, très clairement, Haussler se place dans la mouvance de la génomique fonctionnelle moderne, celle qui pense qu’on est loin d’avoir élucidé le génome, et que le temps serait venu de passer à autre chose.

Je dois avouer que la subtilité heuristique de Carl Zimmer m’avait échappé. Il cite juste Tom Gingeras qui revient sur la seule définition - puisqu’il en faut une - du gène qui soit aujourd’hui admissible, et que j’indiquais en tête de ce commentaire. Celle-ci avait été donnée, il y a maintenant plusieurs années dans un journal de langue française (je dois avouer que j’ai oublié s’il s’agissait de la Recherche ou des cahiers spéciaux de Pour la Science), après enquête auprès de 50 généticiens français.
Le même thème avait été abordé en 2006 par Helen Pearson, dans la revue Nature ("What is a gene ?").

"C’est dire si les Américains sont au top" : encore une affirmation dont on aimerait connaître le fondement. Même si la puissance bulldozeresque des Américains en bioinformatique des génomes est avérée, il n’est, par contre, pas certain qu’elle les mène aussi loin que vous pouvez le penser. Cette discipline reste ouverte, et essentiellement ouverte à l’imagination et à la créativité, deux chose dont la pénurie de moyens de la recherche française n’a pas encore réussi à nous priver totalement. De grandes surprises nous attendent encore dans l’étude des génomes, et bienheureux celui qui peut dire aujourd’hui d’où elles viendront.

Enfin, un point sur lequel je peux être totalement d’accord avec vous : C’est fascinant !!!