Bonjour,

J’ai intercalé mes réponses en gras dans votre texte pour faciliter la lecture.

Tout d’abord, avant de vous faire part de mes critiques, je tiens à dire que je considère les êtres vivants comme des « systèmes auto-organisés », radicalement différents des objets inanimés et des machines, car dotés d’une activité autonome.

Ceci est faut. Les être vivants ne sont pas autonomes. Ils dépendent de leur environnement. Le vivant ne peut pas se concevoir sans l’environnement.

J’essaie de penser cela dans un cadre strictement matérialiste et déterministe, sans faire intervenir aucune puissance surnaturelle, « force vitale », ou autre phénomène dont les modalités seraient inconnaissable (y compris la providence laïque du hasard des mutations et de la sélection naturelle) ou improbables (programme génétique).

C’est une position de principe a priori, donc fausse. Niez-vous l’existence de processus probabilistes à l’œuvre dans la nature ?

1) Aristote et l’ordre de la nature.

Votre critique du programme génétique et des théories de l’auto-organisation se fonde donc sur une critique de la vision aristotélicienne du monde, que selon vous ces différentes théories reconduisent plus ou moins explicitement.

Si votre critique des conceptions aristotéliciennes est juste, je suis très sceptique quant votre manière de les voir partout encore à l’œuvre, et surtout d’y ramener, à l’aide d’amalgames et de contresens parfois assez grossiers (il faut bien le dire), les théories de l’auto-organisation. J’ai l’impression que vous commettez là une erreur de raisonnement assez considérable.

Aristote n’était pas un abruti mystique :

Loin de moi de penser une chose pareille !! Si c’était le cas je n’aurais pas passer autant de temps à le lire et à essayer de le comprendre. D’une manière générale, je ne méprise pas les gens qui ne pensent pas comme moi.

il a observé l’existence d’un ordre dans la nature et il en a donné une interprétation en termes d’essence, de finalité, etc. Ce n’est pas parce que cette interprétation est erronée, que cet ordre n’existe pas et ce n’est pas parce que l’on observe un ordre dans la nature que l’on est obligé de l’interpréter comme Aristote.

Là je suis d’accord mais la question posée est d’expliquer d’où vient cet ordre si il n’est pas interprétable en termes d’essence et de finalité ?

Vous semblez commettre ici la même erreur de raisonnement que Darwin il y a 150 ans :

« Si les biologistes d’aujourd’hui ne peuvent concevoir l’idée d’un ordre naturel dans l’évolution des espèces et vantent la contingence en ce domaine comme remède à la finalité, c’est parce que Darwin, en réaction à ses idées de jeunesse, a faussement imaginé qu’un tel ordre ressortissait obligatoirement à la théologie naturelle prônée par un clergyman du XVIIIe siècle (William Paley, que Darwin étudia assidûment à Cambridge). Les chimistes peuvent se réjouir de ce que Mendeléev (1834-1907) n’ai jamais lu Paley, et les cristallographes de ce qu’apparemment René-Just Haüy (1742-1822) n’en ait jamais entendu parler (bien qu’il fut prêtre lui-même et son contemporain), sinon ni la classification périodique des éléments chimiques, ni les systèmes de symétrie des cristaux n’auraient vu le jour. »

André Pichot, Histoire de la notion de vie, éd. Gallimard TEL, 1993, p. 837-838.

Excusez-moi de vous le dire mais là vous prenez une très mauvaise pente. Plutôt que de répéter les anathèmes de Pichot je vous conseille de lire (ou de relire attentivement ) Darwin. Son livre majeur, « L’origine des espèces », vaut mieux que les résumés caricaturaux qui en sont donnés par ses détracteurs. Il est beaucoup plus compliqué et nuancé et source d’un questionnement fécond.  
Je voudrais que vous m’expliquiez concrètement le rapport entre le mécanisme de sélection naturelle qu’il décrit, fondé sur le principe de divergence, et la théologie de Paley. Désolé mais je n’ai toujours pas compris cela !! 

Il y a donc un ordre dans la nature

Oui mais la question est d’expliquer d’où vient cet ordre. Est-ce qu’il est donné a priori comme dans une conception essentialiste (Aristotélicienne) ou bien est-ce qu’il provient de mécanismes intrinsèquement probabilistes comme le suggèrent la physique statistique et le darwinisme. Je soutiens ce dernier point de vue.

et ce n’est pas seulement une invention subjective, mais une réalité objective.

La question de l’objectivité de l’ordre dépend de l’échelle à laquelle on se place. Ce qu’explique Schrödinger (et que je reprends à mon compte) est que l’ordre qui est décrit par des lois déterministes à l’échelle macroscopique (à notre niveau d’observation) est en fait le produit de la loi des grands nombres. Au niveau microscopique (des molécules et atomes) règne le hasard brownien et quantique. Est-ce que vous niez les lois de la physique ?

Il est vrai que lorsque l’on ne veut pas admettre la spécificité de certains corps au prétexte fallacieux que cette spécificité ne peut être définie dans l’absolu et de manière univoque, comme vous le faites, ont ne peut plus discerner aucune espèce d’ordre ni d’organisation dans la nature ni chez les êtres vivants. Mais il s’agit la encore d’une grossière erreur de raisonnement : la spécificité ne se définit pas dans l’absolu (comme Dieu seul pourrait le faire, s’il existait), mais bien relativement aux autres corps.

C’est exactement ce que je fais. Mais moi je tire les conséquences de cette relativité : Il existe des combinatoires immenses de possibilités d’interactions entre molécules biologiques, ceci implique que ces interactions sont probabilistes (chapitres 4 et 6). Le caractère probabiliste de l’expression des gènes, par exemple, n’est pas une spéculation. C’est aujourd’hui un fait expérimental démontré et il serait bon qu’on (je vous laisse définir le on) en tire les conclusions qui s’imposent.

La spécificité des êtres vivants se définit par rapport aux objets inanimés et aux machines, par exemple.

 Là je vous renvoie à ma réponse à votre question précédente.

Cordialement,

JJK