Par manque de temps, je me permet de commenter uniquement votre préface. Votre sujet de recherche me parle un peu, l’épistémologie ayant toujours trouvé une place pour s’épanouir durant mes études universitaires de mathématique, physique et philosophie, conclués par un doctorat et une activité de recherche en neurosciences / sciences cognitives.

Je me retrouve donc assez dans vos propos notament sur l’idée d’une lecture kantienne des sciences de la nature aussi bien en biologie qu’en physique. La profondeur de cette lecture s’inscrit en effet en opposition avec un certain matérialisme et pragmatisme de la science contemporaine tenue en laisse par le progres technique, et s’en est trouvé du coup tres largement négligé.

Une lecture transcendantale des phenomenes naturels requiert l’étude (1) en amont du « comment l’homme connait et comprend » -le pole subjectif- et (2) en aval du « comment ses connaissances traduisent l’existence de certains invariants dans la nature » -le pole objectif-. Sur ce second pole, la physique quantique et/ou la physique non-lineaire reflete l’impossibilité de trouver des invariants satisfaisant pour notre esprit et invalide donc le materialisme. Mais, vous semblez négligé le versant subjectif ou cognitif de la question qui l’invalide d’autant plus. Je vous invite a lire a ce sujet certains travaux (non exhaustifs) qui sont de mon point de vue incoutournable :

- Le courant de la phénomenologie (Husserl, Merleau-Ponty) et ses liens avec les sciences cognitives théorisés entre autres par Pr Jean Petitot :

http://www.crea.polytechnique.fr/JeanPetitot/home.html

- La theorie de l’autopoiese et de l’énaction du vivant développée en grande partie par Dr Francisco Varela. Il y construit une épistémologie respectueuse d’une interrelation et interdépendance entre l’etre vivant (et connaissant) et le monde (connu) et qui permet de penser une alternative au materialisme ou representationnalisme (forme de materialisme cognitiviste) :

http://en.wikipedia.org/wiki/Francisco_Varela

- Enfin, et pas des moindres, il y a la philosophie orientale et notamment bouddhiste qui, en contrepoint avec le mode de pensée rationaliste et matérialiste de l’occident, considere comme fondamentale la circularité qui unit l’homme au monde des phenomenes, sans primat a l’un des deux. C’est l’une des interpretations de la voie moyenne et du concept de vacuité.

Une « nouvelle science, metaphysique de la nature », que vous appellez, doit aussi s’appuyer sur ce type de travaux qui cherche a « comprendre, rationaliser, exprimer comment l’homme comprend, rationalise, exprime le monde qu’il percoit ». Cette pirouette permettra peut etre de lever pleinement le voile sur « le monde du proces » pour probablement ne dévoiler qu’un monde de silence dénué de toute conceptualisation. 

Je prendrai le temps de vous lire plus completement prochainement..

Amicalement,