Adrian,
Il est évident que la constitution d’un pays ne peut être parfaite et intangible, elle ne saurait être « inscrite dans le marbre » comme un texte sacré sans jamais être modifiée. Mais il faut pour cela respecter les procédures légales qui doivent le permettre.
Or, les partisans du coup d’état semblent considérer qu’en vertu des articles que vous citez, il est « constitutionnel » de faire enlever le chef d’état à son domicile au petit matin par les forces armées et le séquestrer, puis de l’exiler de force ainsi que ses collaborateurs, de décréter la suspension des droits constitutionnels de toute la population, l’interdiction de tous les médias qui ne sont pas favorables au coup d’état, l’organisation de manifestations de soutien au nouveau pouvoir et la répression des manifestations favorables à l’ancien.
Il me semble que cette interprétation de la constitution par les tenants du nouveau régime est, pour le moins, sujette à caution.

On peut trouver dans la constitution hondurienne, écrite en 1982, des articles qui sont, dans leur application, plutôt contradictoires avec ceux que vous citez :

Dans l’article 2, il est dit : "La suplantación de la Soberanía Popular y la usurpación de los poderes constituidos se tipifican como delitos de Traición a la Patria.« 
Larticle 45 rajoute que : “Se declara punible todo acto por el cual se prohíba o limite la participación del ciudadano en la vida política del país”.
Dans l’article 3, il est dit que : »nadie debe obediencia a un gobierno usurpador ni a quienes asuman funciones o empleos públicos por la fuerza de las armas« .

Ces articles ne me semblent pas compatibles avec la manière dont les golpistes ont agit, en l’occurrence.

Comme je le précisait dans mon billet, le référendum organisé le 28 juin était non-contraignant, or cette pratique est protégée par l’article 5 de la loi de participation citoyenne de 2006 qui stipule qu’il est posible de réaliser des consultations populaires non-contraignantes à propos d’une gestion ou une proposition politique.
Le décret 3-2006 approuvé par le congrès lui-même invoque »la Constitución de la República establece que la soberanía corresponde al pueblo del cual emanan los Poderes del Estado” et considère que :"la evolución y la dinámica del comportamiento social […] debe ser modernizada para no limitar el ejercicio de los derechos constitucionales”,
L’article 5 établit que “la iniciativa ciudadana es un mecanismo de participación mediante el cual el ciudadano podrá presentar las solicitudes e iniciativas siguientes : Solicitar que los titulares de órganos o dependencias públicas de cualquiera de los poderes del Estado, que convoque a la ciudadanía en general […] para que emitan opiniones y formulen propuestas de solución a problemas colectivos que les afecten. Los resultados no serán vinculantes pero sí elementos de juicio para el ejercicio de las funciones del convocante”.

C’est-à-dire qu’à aucun moment il n’a été proposé de référendum pour modifier la constitution. Si une consultation populaire est non-contraignante, alors elle ne constitue en aucune manière un processus de réforme de la constitution.