Claude Allègre a été critiqué pour ses prises de position publiques relatives aux questions environnementales. Celles-ci ont pour problématique d’ensemble de poser la question de l’origine du réchauffement climatique. Un exemple en est donné par ses déclarations sur le réchauffement climatique du 21 septembre 2006 dans la chronique hebdomadaire qu’il tient dans le magazine L’Express qui ont fait naître une polémique. Il y écrit que la cause de la modification climatique contemporaine reste incertaine et n’est pas forcément due à l’activité humaine. Il stigmatise simultanément « l’écologie de l’impuissance protestataire [qui] est devenue un business très lucratif pour quelques-uns ! »[29]. Il précise, dans une seconde chronique du 5 octobre 2006, que selon lui, au sein des changements climatiques, la hausse globale des températures n’est pas le phénomène essentiel, en comparaison avec les impacts plus graves liés à l’augmentation de la fréquence des phénomènes extrêmes[30].

Au sein des controverses sur le réchauffement climatique, la position qu’il défend est minoritaire, en particulier chez des climatologues, et les prises de position de Claude Allègre ont suscité de très vives réactions, notamment de la part de scientifiques réputés[31]. La grande majorité des experts du GIEC considère que le réchauffement climatique est causé majoritairement par les activités humaines. En réaction aux prises de positions d’Allègre, certains défenseurs du GIEC ont ainsi critiqué explicitement ses arguments[32]. Le biologiste Pierre-Henri Gouyon parle de « négationnisme écologique » de la part d’Allègre[33]. Pierre Joliot-Curie, biologiste, affirme pour sa part : « la défense de thèses apparemment révolutionnaires est une manière trop facile de conforter sa popularité. L’attitude de Claude Allègre vis-à-vis du changement climatique me paraît de ce point de vue inadmissible »[33]. D’autres scientifiques soutiennent, parfois partiellement, Claude Allègre. Ainsi, lors d’une séance de l’Académie des sciences en mars 2007 ses arguments ont été défendus par ses collègues géophysiciens de l’IPGP Jean-Louis Le Mouël et Vincent Courtillot, membres de l’Académie des sciences. Ces derniers ont été vivement critiqués par deux autres académiciens des sciences, spécialistes du climat, Hervé Le Treut et Édouard Bard (professeur au Collège de France)[34],[35].

Par ailleurs....

En devenant Président du BRGM en 1992, Claude Allègre hérite de fonctions économiques du fait de l’existence de mines gérées par ce bureau.

En 1994, bien que ses pouvoirs soient limités il laisse échoir, avec son directeur général, Jean-Pierre Hugon, le droit de préemption de la France sur les 24,7% d’actifs possédés par le BRGM dans la mine péruvienne de Yanacocha (les plus grandes réserves d’or d’Amérique du Sud). Une polémique est née en parallèle à ces pertes, révélant que Claude Allègre se serait servi de ses fonctions économiques notamment pour se faire payer par le BRGM un train de vie élevé [6]. Sa piètre défense dans ce dossier aurait valu à Claude Allègre de perdre sa fonction en 1997.