Oui, je sais comment marche la PCR (enfin, si c’est à moi que vous vous adressez).
Et apparemment, vous, vous ne connaissez que le mode de fonctionnement général. C’est très insuffisant. Vous n’avez pas conscience des problèmes de mise en oeuvre de la PCR.
En premier, il y a des problèmes de variabilité reconnue des résultats pour les PCR de type quantitative (par les fabricants eux-mêmes, selon les kits, un même échantillon peut voir sa charge virale varier entre 5000 et 1 million, si je me souviens bien).
Dans le cas du VIH, il y a également des contradictions entre les résultats de tests d’anticorps et les résultats de PCR. La PCR donne des faux positifs. On a des tests d’anticorps (ELISA et WB) négatifs, mais une charge virale positive. A vous de choisir quel type de test il faut sacrifier (je vous donne la réponse : les deux).
Ensuite, il ne semble pas qu’il y ait de documents prouvant la spécificité des amorces. Or, si les amorces ne sont pas absolument spécifiques et peuvent se lier à des bouts d’ADN qui ne leur correspondent pas, on peut obtenir un peu tout et n’importe quoi.
Puis, il y a le problème de la spécificité des morceaux d’ADN auxquels correspondent les amorces. Est-ce que le morceau d’ADN amplifié ne se retrouve pas également dans d’autres ADN ? Dans ce cas, la PCR va amplifier des ADN qu’elle ne devrait pas amplifier. Si on additionne à ça le problème précédent, les risques d’amplification non spécifique augmentent à vue d’oeil.
Sans compter, bien sur, dans le cas des virus, le problème de l’isolement du virus qu’on veut étudier. S’il n’a pas été isolé correctement, on ne sait pas si ce qu’on étudie est du virus ou plutôt un ADN cellulaire.