Le chrétien Abul Faradj, évêque d’Alep en 1286, rapporte que, lorsque les Arabes s’emparèrent d’Alexandrie (22 décembre 642), la bibliothèque fut livrée aux flammes par l’ordre de leur chef Amrou ibn al-Asi. Celui-ci ayant consulté le calife Omar Ier (v. 581-644) sur ce qu’on devait faire de tous ces livres, en reçut la réponse suivante : « S’ils sont conformes au Coran, ils sont inutiles, s’ils sont contraires au Coran, ils sont pernicieux : donc il faut les détruire ». En conséquence, conclut Abul Faradj, Amrou ibn al-Asi fit distribuer les manuscrits dans les bains d’Alexandrie qu’ils chauffèrent durant six mois. 
La plupart des historiens émettent des doutes sur la réalité de cette ultime destruction. Pourtant des auteurs musulmans en ont également parlé (mais pas avant le XIIIe siècle) : 
- Abd al-Latif, qui écrit au Caire au mois de ramadân 600 de l’Hégire (septembre/octobre 1203), mentionne, au sujet d’Alexandrie, « la bibliothèque que brûla Amrou ibn al-Asi avec la permission de Oumar » (Silvestre de Sacy, Relation de l’Egypte par Abd-Allatif », p. 183).
- Ibn al Kifti, dans son livre écrit après 1227 (Ibn al Qifti’s Ta’rih al-Hukama, von Dr Julius Lippert, Leipzig 1903, in-8, p. 8 de l’introduction), rapporte que Yahyâ an Nahawi (Jean le Grammairien) décrivit à Amrou, le général arabe conquérant de l’Egypte, les trésors littéraires contenus dans la bibliothèque d’Alexandrie, et que celui-ci en fut émerveillé : « Il m’est impossible, dit-il, de donner aucun ordre à ce sujet, avant d’avoir l’autorisation du chef des Croyants Oumar ibn al Hattâb. Il écrivit donc à Oumar, lui rapportant le récit fait par Yahyâ et lui demanda ses instructions à ce sujet. La réponse qui lui parvint de Oumar était ainsi conçue : « Pour les livres dont tu nous as parlé, s’il y trouve quelque chose qui soit conforme au livre de Dieu (le Coran), le Livre de Dieu nous permet de nous en passer : s’il y trouve quelque chose qui lui soit contraire, ils sont sans utilité ; procède donc à leur destruction. » Amrou les répartit entre les bains d’Alexandrie et les fit brûler dans les chauffoirs. On m’a dit le nombre des bains qui existaient à cette époque, mais je l’ai oublié. On dit qu’ils en furent chauffés pendant six mois. Ecoutez cette aventure et admirez » (p. 355-356) 
- Ibn Khaldoûn (1332-1401), lui, situe l’autodafé en Mésopotamie : « Que sont devenues les sciences des Perses dont les écrits, à l’époque de la conquête, furent anéantis par ordre d’Omar ? Où sont les sciences des Chaldéens, des Assyriens, des habitants de Babylone ? ... Où sont les sciences qui, plus anciennement, ont régné chez les Coptes ? Il est une seule nation, celle des Grecs, dont nous possédons exclusivement les productions scientifiques, et cela grâce aux soins que prit El-Mamoun de faire traduire ces ouvrages (…) Les Musulmans, lors de la conquête de la Perse, trouvèrent dans ce pays, une quantité innombrable de livres et de recueils scientifiques et (leur général) Saad ibn Abi Oueccas demanda par écrit au khalife Omar ibn al-Khattab s’il lui serait permis de les distribuer aux vrais croyants avec le reste du butin. Omar lui répondit en ces termes : « Jette-les à l’eau ; s’ils renferment ce qui peut guider vers la vérité, nous tenons de Dieu ce « qui nous y guide encore mieux » ; s’ils renferment des tromperies, nous en serons débarrassés, grâce à Dieu ! ». En conséquence de cet ordre, on jeta les livres à l’eau et dans le feu, et dès lors les sciences des Perses disparurent » (Prolégomènes, 3e partie, Ed. Quatremère, trad. de Slane, pages 89-90-125).