1) entre -100 et 300, c’est un laps de temps très long, dans lequel il y a entre autre la révolte des juifs et la destruction du Temple à Jérusalem par Titus qui a pu amener un certain nombre de communautés à cacher leurs documents les plus important pour les préserver des destructions. Pour les manuscrit de Qmran, c’est le cas entre autre.

Pour les 2 et 3, vous prenez le cas de ces textes et le présentez comme exceptionnel. Mais c’est aussi le cas de 80% de la littérature romaine classique. On a des copies antiques et on a conservé jusqu’à aujourd’hui d’autres textes qui parlent des textes aujourd’hui perdus, dont certains sont retrouvés par hasard par l’archéologie. Ce n’est pas franchement quelque chose de très inhabituel. On pourrait citer des centaines de titres d’auteurs romaines dont on sait juste aujourd’hui qu’ils ont été écrit.

L’énorme anachronisme que vous faites en fait, c’est de parler de l’Eglise comme d’une institution moderne, capable de donner des ordres, de faire appliquer des condamnations, de censurer, ce qui n’est absolument vrai jusqu’à la réforme grégorienne au XIe.

Au IVe siècle, il n’y a pas d’inquisition, pas d’encadrement strict des communautés. Chacun fait un peu ce qu’il veut dans son coin. C’est l’histoire de toutes les hérésies antiques : la thèse est condamnée à un concile, les évêques condamnés rentrent chez eux et font le contraire de ce qu’il leur a été prescrit et personne ne peut rien y faire.
Je ne pense pas que l’on puisse trouver une seule hérésie qui ait été éradiquée pendant l’Antiquité.
C’est bien joli de dire que l’« Eglise » a censuré les textes et les a détruit. Mais comment aurait-elle fait cela concrètement ?

Pour vous cela est « facile » évidemment.
Facile ? Alors qu’on a des communautés au fin fond des déserts d’Egypte et du moyen-orient, que la diffusion du christianisme se fait entre autre dans les marches de l’empire, Palestine romaine, Perse, Arménie, péninsule arabique, Egypte.
Au concile de Nicée et surtout avant, l’Eglise n’a surtout aucun bras armé : les légions romaines ne font pas ce genre de travail...
C’est quelque chose qui est complètement impossible. L’« Eglise » a à peine réussi à stopper la propagation des hérésies ou du moins à la limiter à certaines provinces (la moitié de ce qui allait devenir l’empire byzantin quand même), alors anéantir et sans laisser aucune trace une divergence religieuse...

Sur le fait que le Vatican ait eu les parchemins pendant 50 ans, je n’ai pas vraiment d’infos dessus donc je ne dirais rien. Il me semble en revanche que c’est des manuscrits de Qmran dont vous parlez là et dans lesquels il n’y a pas d’évangile, juste des fragments de la Torah. Pour les manuscrits de Nag Hammadi, qui sont ceux parmi lesquels on a retrouvé l’évangile de Judas, de Marie et divers apocryphes, ils ne sont pas passés par le Vatican.

Cela n’est absolument pas choquant que l’on puisse se demander si effectivement l’Eglise ait pu trafiquer certaines choses. L’Histoire c’est une science, pas une croyance. Mais ce n’est pas pour ça non plus que l’on peut dire tout et n’importe quoi.
Et si on peut reprocher l’obsession Da vinci code (qui historiquement ne vaut rien, et ça je ne pense pas que l’on trouve des historiens sérieux qui disent le contraire), l’obsession inquisition ne vaut guère mieux. Limiter l’Eglise à l’inquisition, c’est comme retenir des 200 ans de la République en France uniquement la Terreur. Surtout que ce qu’on dit de l’inquisition est souvent plus que fantasmé.