Intéressant maintenant concernant ces 2 questions :
Quel est le mécanisme exact produisant la spéciation et plus généralement, la transformation des espèces ?
et
La reproduction sexuée est la plus répandue, [...] alors que la parthénogenèse [...] est l’exception [...] pourquoi ce mode de reproduction n’est pas courant, car il est plus efficace que la reproduction sexuée

Pour la première question : c’est la sélection naturelle tout simplement.

Pour la seconde, la question parait plus vaste et complexe mais, AMHA, je pense que le mieux est d’appliquer le principe du rasoir d’ockham.
La reproduction asexuée à un sens dans le cadre d’organismes simples ayant un cycle de vie rapide.
Par organisme simple, je ne parle pas forcément de la complexité du code génétique mais de celle de l’organisme (un organisme de vertébré est bien plus complexe que celui d’une amibe, il comprend énormément d’organes et même de cellules ayant tous des fonctions différentes). Par reproduction rapide, j’entends le temps entre le début de la phase de reproduction et l’apparition d’un second organisme autonome (20 minute pour une bactérie, environ 2h pour une amibe).
J’exclue les organisme multicellulaire pratiquant la parthénogenèse car il s’agit d’une modification de la reproduction sexuée : un gamète (issu du mécanisme de la reproduction sexuée se développe sans l’apport d’un second gamète)
Les animaux simples à reproduction rapide peuvent se permettre de rater une reproduction car le cycle est rapide et peu couteux en énergie. Imaginons qu’une modification génétique survienne : soit le mutant n’est pas viable, problème réglé on se reproduit à nouveau (si j’ose dire). Soit le mutant est « meilleur » (au sens mieux adaptés) que l’original, il va se reproduire à son tour, se développer et pourquoi pas évincer « l’original » mais au final ce n’est que bénéfice pour l’espèce.
Dans le cas d’organisme plus complexes, rater une reproduction est problématique car la dépense d’énergie est beaucoup plus importante. La stabilisation énergétique elle est nécessaire car l’organisme est plus complexe.
Si une amibe à quelques organites en plus ou en moins que ça voisine, cela n’a pas grande importance (en tout cas tant que cette organite n’est pas absente en tout cas). Si un embryon d’animal supérieur oublie de développer un coeur ou les vaisseaux sanguins, cela sera beaucoup plus problématique.
On pourrais aussi ajouter que les espèces complexes ne peuvent pas se permettre de « bonds » dans l’évolution. Si un organisme simple, utilisant la reproduction asexuée, subit d’importantes mutations lors de la phase de reproduction une nouvelle espèce viable peut apparaitre (même s’il y a peu de probabilité). Si un organisme complexe subit la même chose, et même si le nouveau né est viable, il sera le seul de son espèce et donc ne pourra se reproduire.
Donc une stabilité génétique (relativement importante) est nécessaire à l’évolution des organismes complexes). L’un est conséquence de l’autre.
On peut alors se poser la question de l’oeuf et de la poule...