Dans la zone Sud-Ouest, dirigée par Ta Mok, la consommation de porc pour les Chams musulmans devient obligatoire31 et leur est imposée deux fois par mois, alors même que l’ensemble du pays souffre de la famine. Les Corans sont brûlés, des dignitaires musulmans exécutés et les mosquées reconverties ou rasées ; le dialecte, les coutumes, les costumes traditionnels chams sont interdits. Des populations chams se révoltent à plusieurs reprises, et subissent des représailles sanglantes. À partir de 1978, les Khmers rouges se mettent à massacrer systématiquement des communautés chams, même en l’absence de rébellion. Ben Kiernan évalue la mortalité des Chams à 50 %, et Marek Sliwinski à 40,6 %32.

Concernant le bouddhisme (theravāda), religion majoritaire au Cambodge, les Khmers rouges font preuve d’une ambivalence certaine, du moins au tout début de leur régime. La rébellion khmère rouge a bénéficié, durant la guerre civile, du ralliement de certains membres du clergé bouddhiste et la propagande du mouvement en fait état. Néanmoins, dès la réunion du 20 mai 1975 qui suit la chute de Phnom Penh, Pol Pot prévoit la sécularisation forcée de tous les bonzes et leur mise au travail dans les rizières33. La hiérarchie du clergé bouddhiste cambodgien, accusée de « féodalisme » ou de liens avec le régime de Lon Nol, est rapidement victime de purges et plusieurs vénérables sont exécutés. Les moines sont évacués de leurs monastères et mis au travail forcé avec le reste de la population urbaine. De nombreux temples sont victimes de vandalisme, bien que davantage de lieux de culte que prévu semblent avoir survécu au régime Khmer rouge34. Les moines bouddhistes sont forcés de se défroquer, ceux qui refusent étant systématiquement éliminés22. Toutefois, d’après Gerhard J. Bellinger, finalement, ce serait l’intégralité de la population des nonnes et moines bouddhistes cambodgiens qui aurait été exterminée 35.