La construction du néologisme à partir du suffixe « phobie » est critiquée car elle associe la notion d’idéologie et son corollaire démocratique : le débat, à un concept de maladie mentale. Anne-Marie Le Pourhiet a analysé la tendance de certains à « qualifier de « phobie » (homophobie, lesbophobie, handiphobie, islamophobie, judéophobie, mélanophobie, etc.) toute expression d’une opinion contraire à leurs prétentions ou revendications. […] on comprend bien qu’il s’agit de traiter le dissident en malade dont l’accompagnement psychiatrique devrait sans doute être recommandé en parallèle à la répression pénale ».

Flemming Rose, rédacteur en chef du journal Jyllands-Posten qui a publié les caricatures de Mahomet déclare : « Comme c’est astucieux qu’ayant créé le mot “islamophobie”, les pays musulmans puissent ainsi insinuer que critiquer l’islam - distincte de toute discrimination à l’encontre des personnes musulmanes - est une maladie, un fantasme malsain qui nécessite d’être soigné médicalement ». Ainsi, la répression de l’expression d’opinion en la qualifiant de maladie mentale est une méthode qui a été employée par l’Union soviétique à l’époque de Brejnev pour réprimer la dissidence et enfermer arbitrairement des opposants.

Caroline Fourest soutient que le mot homophobie (et par extension lesbophobie, xénophobie, handiphobie ou mélanophobie) n’a rien à voir avec le terme islamophobie (et donc par extension judéophobie) car le premier stigmatise une phobie envers des individus pour ce qu’ils n’ont pas choisi, ce qui constitue un racisme, et le dernier confond la haine de l’islam (et non des musulmans) avec le choix qu’il représente. L’hostilité envers une croyance, une religion, une idéologie relève des appréciations personnelles et de la simple liberté d’expression. Sa position est donc la même que celle du HCI citée plus haut.

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