Pour sortir de la peur des « variants » qui circule dans les esprits, largement amplifiée par les autorités et les médias , en novembre dernier une équipe de chercheurs recensait dans la revue Nature Communications l’existence de 12 706 mutations pour le Sars-CoV-2. Selon leur analyse, aucune d’elles ne semblait associée à une transmissibilité virale accrue. Et donc les variants britannique, sud-africain, brésilien, breton,... juste une petite poignée parmi parmi des milliers d’autres.

Open Access – Published : 25 November 2020
No evidence for increased transmissibility from recurrent mutations in SARS-CoV-2 Lucy van Dorp, Damien Richard, Cedric C. S. Tan, Liam P. Shaw, Mislav Acman & François Balloux
Abstract
(trad) : Le COVID-19 est causé par le coronavirus SARS-CoV-2, qui a sauté dans la population humaine à la fin de 2019 à partir d’un réservoir animal actuellement non caractérisé. En raison de cette association récente avec les humains, le SRAS-CoV-2 n’est peut-être pas encore totalement adapté à son hôte humain. Cela a conduit à des spéculations selon lesquelles le SRAS-CoV-2 pourrait évoluer vers une transmissibilité plus élevée. Les mutations les plus plausibles sous sélection naturelle putative sont celles qui sont apparues de manière répétée et indépendante (homoplasies). Ici, nous testons formellement si les homoplasies observées dans le SRAS-CoV-2 à ce jour sont significativement associées à une transmission virale accrue. Pour ce faire, nous développons un indice phylogénétique permettant de quantifier le nombre relatif de descendants dans les clades sœurs avec et sans allèle spécifique. Nous appliquons cet index à un ensemble organisé de mutations récurrentes identifiées dans un ensemble de données de 46 723 génomes du SRAS-CoV-2 isolés de patients dans le monde entier. Nous n’identifions pas une seule mutation récurrente dans cet ensemble associée de manière convaincante à une transmission virale accrue. Au lieu de cela, les mutations récurrentes actuellement en circulation semblent être neutres dans l’évolution et principalement induites par le système immunitaire humain via l’édition d’ARN, plutôt que d’être des signatures d’adaptation. À ce stade, nous ne trouvons aucune preuve de lignées significativement plus transmissibles de SRAS-CoV-2 en raison de mutations récurrentes.

https://www.nature.com/articles/s41467-020-19818-2