’’ « modélisation » de la protéine spike’’
Voilà effectivement encore un intéressant chapitre à investiguer (l’internet nous donne accès à l’arbre de la connaissance universelle  )
Aucune protéine n’est visualisable finement en microscopie (grossièrement en Microscopie électronique en transmissions (*)). Elles sont caractérisées par leur composition en ’’acides aminés’’. La représentation de la structure spatiale est ensuite modélisée en fonction de la composition en acides aminés, basé sur un profil issu de l’imagerie, en fonction de règles (biochimie), de similitudes avec d’autres protéines, et de simulations. La forme est un des facteurs qui détermine leur action, et permet de déceler d’éventuels points d’attaque par des médicaments.

séquençage protéine en acides aminés (sur la protéine elle-même et/ou sur son encodage ADN/ARN).

principe de modélisation structure protéine

application protéines du covid

Alors vous avez raison, ça se base sur les données cumulées au fil du temps depuis les années 50, en chimie (structure des molécules), en bio (effets de la protéine selon la structure), avec le renforcement des outils d’observation et calcul. Concernant la protéine spike du SARS Cov2, il y a déjà une base de connaissances issues de coronavirus antérieurs, ce qui a accéléré l’opération.

Bon, on jette tout à la benne ? aucune protéine n’existe et toutes ne sont qu’une vue de l’esprit. Ou alors, pour les autres ok, mais pas celle-là.

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(*) A propos des ’’images’’ du coronavirus, on trouve effectivement surtout des reproductions artistiques en quelque sorte. Celles issus des microscopes électroniques sont floues, mais les procédés de traitement de l’image sont les mêmes qu’en photographie : résolution des flous, interpolations, reconnaissance de zones, colorisation etc. Et il peut y avoir compilation à partir de nombreux clichés sous divers angles de vue, permettant des détails par exemple sur les ’’fameux’’ spicules https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1908898117 (sur cette image c’est un autre coronavirus que celui du covid, voir l’animation sur la prise en compte du profil dans la modélisation de la structure).