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La composition de l’alimentation de l’enfant et de l’adolescent influe fortement sur celle du microbiote. Ainsi, le microbiote fécal d’enfants africains ruraux ayant une alimentation plus riche en fibres et produits végétaux présente moins de Firmicutes et un taux plus élevé de Bacteroidetes (Prevotella et Xylanibacter surtout) alors que les enfants italiens ayant une alimentation plus sucrée et carnée ont un microbiote plus riche en Enterobacteriaceae (Shigella et Escherichia surtout [28]). Le microbiote semble dans les deux cas s’être adapté à l’alimentation de l’hôte.
Dès la diversification alimentaire, les espèces appartenant aux phyla Bacteroidetes et Firmicutes surpassent en nombre les populations bactériennes de départ. Enfin chez les personnes âgées, l’écosystème intestinal permet plus d’aérobiose. De ce fait, on y trouve une proportion plus importante de protéobactéries, dont l’espèce Escherichia coli. En parallèle, la population de bifidobactéries décline et leur diversité s’affaiblit. Les changements de composition du microbiote peuvent être dus à une altération partielle du tractus intestinal et peuvent être à l’origine de la malnutrition des personnes âgées[29].
Plus généralement, ce sont les pratiques culturelles, les styles de vie, les modes alimentaires à l’échelle locale voire mondiale qui entreraient en jeu dans l’interaction entre le microbiote et la santé[30]."
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