Le Covid-19 évolue-t-il vers une épidémie de niveau 1 ? Esquisse d’un scénario réaliste et optimiste
Prologue. Trois scénarii pour le Covid-19 saison 2, vite exposés
1) Le retour de la vague. C’est le scénario utilisé par le conseil scientifique. L’épidémie est identique à celle de mars, de niveau 2, sauf que la vague est étalée dans le temps à cause des mesures sanitaires utilisées depuis deux mois. Les scientifiques de l’Institut Pasteur auraient projeté une estimation de 9000 réanimations à la mi-novembre. C’est ce chiffre qui a été donné par Emmanuel Macron, ce qui correspond à 2000 lits de plus, comparé au pic d’avril 2020.
2) La nouvelle vague. Ce scénario repose sur l’hypothèse d’une atténuation virale et d’une extension massive de l’immunité. Je dois bien être le seul à travailler sur ce scénario qui projette 5000 réanimations à la mi-novembre, avec un plateau et une décroissance ralentie hélas par le confinement.
3) Le tsunami. Ce scénario n’est pas prévu car il repose sur une hypothèse assez peu plausible, celle d’un modèle infectiologique à double détente. Autrement dit, une seconde infection cause des pathologies aggravées. Les données épidémiologiques de la première vague ne confirment pas cette hypothèse qui conduirait à une épidémie de niveau 3. Cette possibilité est aussi celle de l’hyper vague dix fois plus puissante, causant 400 000 morts comme l’a envisagé Macron
1) Introduction
Quelle est cette seconde vague ? Lorsqu’un ouragan se précise, les météorologues annoncent un phénomène d’intensité 5 puis, lorsque la photo satellite évolue, l’ouragan est parfois rétrogradé en catégorie 1 ou 2. Début mars les épidémiologistes avaient vu une pandémie de niveau 3 ou 4, (400 000 décès selon un scientifique britannique) ; d’autres une épidémie de niveau 1. Elle a été de grande ampleur mais avec un niveau 2, (voir §3) avec une intensité atténuée par les mesures sanitaires qui, si elles n’avaient pas été prises, n’auraient sans doute pas changé le niveau mais juste doublé le nombre de décès et saturer encore plus le système de soins. La reprise qui arrive sera-t-elle une réplique de la vague de mars en plus étalée ou bien faut-il rétrograder l’épidémie en niveau 1 ? Des éléments de réponse ici. Le cours de l’épidémie ressemble à celui d’une grippe, situé au niveau 1 en létalité mais avec une sévérité plus élevée. Ce scénario n’est que l’un des trois scénarii possibles mais c’est celui que je privilégie.
1) La réplique de mars. En ce cas, l’épidémie sera de niveau 2, avec une estimation de 30 000 décès et une saturation comparable des hôpitaux
2) L’épidémie atténuée. Cette éventualité repose sur deux paramètres, l’atténuation virale et l’immunité collective. Ces deux paramètres sont des « classiques » de l’épidémiologie et la virologie. C’est cette thèse que je privilégie et qui sera argumentée.
3) Le scénario du tsunami. En ce cas, l’épidémie sera bien au-dessus de la première vague. Le niveau PSI sera entre 2 et 3.
Une précision sur la méthode. Je ne fais pas de l’anticipation avec une boule de cristal mais une étude scientifique dans les règles de l’art. Ce n’est pas l’atténuation et l’immunisation qui permettent de prédire l’évolution de l’épidémie. C’est l’inverse. Ce sont les chiffres virologiques et cliniques qui indiquent au moins une chose, l’atténuation, et rendent plausible la production d’une immunité collective.
2) Pourquoi un retour du Covid-19 ?
Il était prévisible que le coronavirus de 2019 ne disparaîtrait pas. Le HCoV-219E circule depuis des décennies. Il était aussi prévisible que le virus allait contaminer les gens et en affecter une partie. Si le virus avait circulé librement, la première vague aurait été plus puissante mais elle aurait immunisé une plus grande partie de la population. La question de l’immunité va devenir centrale ces prochains mois. Le virus s’est calmé pendant l’été et s’est refait une « belle santé » en octobre au détriment de la nôtre. Un effet saisonnier constitue une première explication. Deux chutes de température se sont produites fin septembre et début octobre. La courbe de la positivité et des réanimations a sensiblement épousé ces variations avec un décalage de deux semaines. Il s’est même produit une très légère décélération avant la brusque augmentation
En conclusion, le retour de l’épidémie s’explique par deux facteurs. Si elle revient c’est parce qu’elle s’est arrêtée ou du moins, a été considérablement ralentie par le confinement, puis est devenue une sorte d’endémie à bas bruit à la faveur de circonstances saisonnières. Cette endémie n’est pas liée aux mesures sanitaires mais au « caprices » du virus. Si en juin le virus était resté aussi contagieux et impactant, avant la fin de l’été les hôpitaux auraient été en tension. L’épidémie est revenue à la faveur d’un changement de saison, ce qui est en somme un classique de l’épidémiologie. Les rhumes causés par les rhinovirus et les coronavirus sont en effet saisonniers. Ils émergent et disparaissent comme ils sont arrivés.
3) Y a-t-il une seconde vague épidémique ?
Pour une grippe, le seuil épidémique est de 179 cas pour 100 000 habitants, enregistrés par le réseau Sentinelle sur une semaine. C’est une incidence réelle, bien que les cas enregistrés ne signifient pas qu’ils soient tous liés au virus grippal. On parle de syndromes grippaux. Le suivi du Covid par les tests n’a aucune signification. On mesure une épidémie au nombre de malades et non pas au décompte des contaminés. Pour preuve, 75% des porteurs du virus grippal sont asymptomatiques et n’entrent pas dans les statistiques épidémiques classiques. En semaine 43, SPF a enregistré quelque 12500 nouvelles hospitalisations pour Covid. L’incidence des cas aggravés est donc de 20 pour 100 000 et pour les cas critiques, l’incidence est de 3, avec 1800 nouvelles réanimations. Ces deux chiffres indiquent la sévérité de l’épidémie (quelque 20 % des hospitalisés entrent en réanimation). Une épidémie de rhume n’a aucun sens épidémiologique. Combien de Covid-19 avancé (mild) peut-on estimer ? Les résultats cliniques indiquent que 8 affectés sur 10 ont des symptômes assez importants, nécessitant le maintien à domicile sans aller en lit d’hôpital. Ce stade a été défini comme mild par les Chinois, puis repris dans les rapports rédigés en anglais. Mild signifie en réalité « normal » ou alors « standard ». Le stade du rhume est qualifié de light, signifiant bénin, avec aucun signe de pneumonie observé par tomographie. Le chiffrage de l’épidémie au sens clinique ne devrait pas prendre en compte les affections bénignes. Si l’on estime à un sur cinq le ratio entre les stades « avancés-mild » et les stades aggravés, l’incidence épidémiologique du Covid était autour de 100 en S43. Le seuil épidémique d’une grippe sera franchi. Si l’on prend en compte les covirhumes, alors bien évidemment les chiffres épidémiques d’une grippe et du Covid se rejoignent. D’ailleurs, en estimant la totalité des malades (des bénins au critiques), nous pouvons penser que le seuil épidémique a été franchi vers la fin septembre.
4) Photographie de l’épidémie
La première vague fut épicentrique, avec un méga foyer à Mulhouse et un autre en Ile de France. Elle a atteint d’autres régions alors que des territoires étendus ont été pratiquement préservés. Cette seconde phase est polycentrique. Elle a commencé plus tôt à Marseille puis progressivement, a émergé dans la plupart des départements avec des intensités différentes. Paris et d’autres métropoles ont été fortement impactées, Lyon, puis Saint-Etienne, Lille, Toulouse. Un détail de modeste importance ; le ratio réanimés vs. hospitalisés est passé de 23% à 15% à l’échelle nationale, sans doute à cause d’une meilleure stratégie pharmacologique (stéroïdes, anticoagulants). Un autre détail, mais de grande importance, l’estimation de la cinétique ; je compare la durée pour passer de quelque 1500 à 3000 réanimations (avec un pic de 7000 en avril). Il est de 7 jours pendant la première vague. Il est de 17 jours pendant la seconde phase. La cinétique est beaucoup moins rapide (les mesures sanitaires l’expliquent mais en partie). Ce qui n’a pas empêché les autorités de décréter un confinement lorsque la barre des 3000 fut franchie. La configuration polycentrique, avec les décalages de une à trois semaines entre région, combinée à la cinétique locale ou nationale, permet de comparer la seconde phase du Covid-19 à celle d’une grippe saisonnière étalée sur 8 à 12 semaines. Les données cinétiques s’expliquent parce que le coronavirus est plus rapide dans la contagion mais qu’il est ralenti par les mesures sanitaires exceptionnelles mises en place. S’il s’avère que la cinétique du Covid en phase automnale suit celle d’une grippe, alors il est à prévoir un pic ou plateau d’ici quinze jours à un mois selon les régions et ensuite, une descente sur une période de quatre à huit semaines modulée en fonction des mesures sanitaires.
Grippe oui, mais laquelle ? Une note des réseaux Sentinelles indique les chiffres des épidémies grippales entre 1985 et 2013. Le nombre maximal de cas est de 4.6 millions. Le pic atteint en moyenne un taux d’incidence de 800. L’épidémie dure entre 4 et 12 semaines avec une moyenne de 9 semaines. Le temps que le virus circule et ne trouve plus de « clients » tout en s’atténuant. De plus, pour une épidémie de grippe, les porteurs asymptomatiques sont largement majoritaires (voir annexe 2).
5) Quelle est la sévérité pour les deux phases du Covid-19 ?
Le CDC basé à Atlanta a développé une échelle de sévérité pandémique comprenant 5 niveaux fixés à partir de la létalité, le PSI (pandemic severity index). Cette classification a été remplacée en 2014 par le PSAF dont le calcul est plus compliqué, avec un indice de transmissibilité et un indice de sévérité clinique (pour info, sur l’échelle PSAF de la sévérité, les grippes saisonnières se situent entre 1 et 3, y compris celle de 1968. Il n’y a que la grippe de 1957 qui atteint le 4 et celle de 1918 évaluée à 7). Je vais me baser sur le PSI.
1 < 0.1 % grippe saisonnière, pandémie H1N1 de 2009
2 0.1 – 0.5 grippe asiatique 1957, grippe Hong Kong 1968
3 0.5 – 1.0
4 1.0 – 2.0
5 > 2 grippe espagnole
Le CDC a projeté le nombre de décès pour l’année 2006, avec une population américaine de quelque 300 millions d’habitants. En divisant par 5 on calcule la projection pour la France
1 < 18 000
2 18 000 – 90 000
3 90 000 – 180 000
4 180 000 – 360 000
5 > 360 000
Depuis 1970, toutes les grippes saisonnières se sont soldées par une sévérité de niveau 1. En revanche, la première vague du Covid-19 se situe incontestablement au niveau 2. Elle est même de même niveau que les grippes de 1957 et 1968. S’il n’y avait pas eu de confinement ni de mesures barrières, nous en serions à 60 000, pas au niveau 3 mais plus haut que 57 et 68. Cette estimation vaut pour les autres pays (sur le PSAF, le Covid-19 se situerait sans doute au niveau 4, équivalent à la grippe asiatique de 57)
Et maintenant, la seconde phase est engagée. D’après le scénario (2) que je propose, elle devrait se situer en dessous du second niveau, autrement dit sous les 18 000 décès. Rappelons qu’une épidémie de grippe se solde par 12 000 à 15 000 décès les mauvaises années.
6) La létalité et l’immunité
Le virus ne cesse de circuler. Il produit deux formes d’affections, A pour avancée et B pour bénigne, avec également une forme immunisante chez les asymptomatiques. Des études récentes ont montré un pourcentage d’asymptomatiques autour de 80% en Chine, à Bangalore, voire plus dans certains pays. Ce chiffre n’était pas aussi élevé pendant la première phase sous réserve qu’il ait été correctement évalué. Ce pourcentage indique la forme bénigne semble devenir dominante. Et produire dans des délais assez courts une immunité collective
Le taux de positivité permet d’évaluer avec un biais non négligeable le nombre de contaminations par jour. La mi-septembre, nous en étions à plus de 100 000 d’après mes estimations. Pour fin octobre, un chiffre de 250 000 n’est pas exagéré, voire plus. Le nombre de décès journaliers doit être ramené aux contaminations avec un décalage de trois semaines, voire quatre. Une estimation de 100 000 cas journaliers en semaine 38 correspond à quelque 70 décès quotidiens enregistré sur le bulletin de SPF pour la semaine 31. Ce qui fait une létalité estimée inférieure à 0.1 %. Autrement dit, pour 10 000 contaminations il y a 7 décès.
Le virus ne contamine pas toute la population. Une partie y est réfractaire. J’estime la part de marché du virus à 60 % (50 % selon le virologue marseillais J.-M. Claverie, communication personnelle). Je considère aussi les variables géographiques. Le virus ne circule peu dans les zones rurales. En nous basant sur 50 millions d’urbains, le « marché viral » représente 30 millions de « clients ». On admet que l’immunité collective est atteinte autour de 70%, ce qui nécessite 20 millions de contaminés. Depuis juin, un million de cas ont été enregistrés, ce qui fait quelque 10 millions de gens ayant eu le virus (voir annexe 1). En retirant les infectés de la première vague, Il reste moins de 10 millions de Français. Ce qui laisse espérer une immunité collective d’ici deux mois, en admettant que cette immunité soit acquise, avec les anticorps et surtout les cellules T.
7) Le trompe-l’œil découlant des réanimations
Le Covid-19 nous place face à un paradoxe car bien qu’entré dans une phase d’intensité grippale en terme d’épidémie, il met sous tension le système de soins. Il n’y a pas de paradoxe si l’on comprend que dans une épidémie de grippe, les réanimations sont moins pratiquées que lors du Covid-19. Il n’y a pas plus de malades, mais une proportion plus élevée de patients nécessitant une réanimation, thérapie employée à grande échelle dans les hôpitaux pour soigner le Covid. Et c’est bien le fond du problème sanitaire. L’épidémie de grippe durant l’hiver 2018-19 fut considérée comme plutôt sévère et fut de courte durée (S2 à S10). 1900 réanimations ont été comptabilisées parmi lesquels figuraient 17% de patients sans facteurs de risque. 1900 réanimations, c’est quelque 12 fois moins que pour la vague de Covid en avril 2020. Actuellement, le seuil des 5000 réanimations est en vue. Et c’est préoccupant sans pour autant justifier un alarmisme et sonner le tocsin.
8) L’incidence virale est la clé pour un scénario favorable
a) La létalité. Il y a bien une reprise de l’épidémie mais on ne peut pas encore la comparer avec la vague de mars. La seule question, c’est la hauteur du plateau ou du pic et le moment où la descente va s’amorcer. Aucun modèle épidémiologique n’est en mesure de calculer des deux paramètres car si la positivité des tests est connue, l’incidence réelle est inconnue mais elle scelle notre destin. Trois scénarii sont possibles. Une plus grosse vague, Une réplique de la seconde vague mais plus durable, ou une épidémie de « classe grippale ». Le premier scénario est envisagé et d’ailleurs il affole les observateurs. On a vu passer un chiffre de 15 000 lits occupés en janvier. Faisons le point avec ce tableau :
15/08 ; 3-4 % ; 480 réa ; 25 décès
05/09 ; 5-6% ; 1100 réa ; 50 décès
21/09 ; 7-8 % ; 1500 réa ; 100 décès 200 000 cas/j ?
07/10 ; 13-14% ; 2500 réa ; 170 décès 300 000 cas/j ?
15/10 ; 16-18% ; 3600 à 4000 réa ; 300 décès 350 000 cas/j ?
Ce tableau indique la positivité des tests, puis le nombre de réanimations en cours et les décès quotidiens à l’hôpital en prenant un décalage raisonnable de deux semaines. Peut-être aurait-il fallu prendre trois semaines de décalage. On note une proportionnalité entre ces chiffres avec un léger souci sur une modification de la pratique du testing en septembre. Il est possible que la positivité se stabilise autour de 20 %. Ce qui ferait monter les réanimations à 5000 et les décès à 350/j. Et ce, d’ici 15 jours.
Le calcul de létalité et le sort de l’épidémie se joue sur le nombre exact de contaminations. En semaine 43, quelque 1000 décès ont été enregistrés. En semaine 41, 140 000 cas ont été enregistrés, ce qui fait une létalité de 0.7 %. En revanche, si l’on se base sur une estimation de contaminations dix fois supérieure, alors la létalité tombe, à 0.07 %. Dans le premier cas de figure, nous passons en niveau 2 sur l’échelle PSI et dans le second, nous sommes en niveau 1, celui d’une grippe. Je refais le calcul en chiffre cumulés, le million de cas enregistrés depuis juillet 2020 correspond à quelques 6000 décès, ce qui confirme une létalité autour de 0.6 % mais si en revanche le nombre total de contaminations est de 10 millions, alors la létalité est de 0.06 % et ça change tout.
b) Scénario pour le mois de novembre. Les réanimations et les décès suivent avec un décalage de deux à trois semaines la positivité. Le confinement risque d’interférer avec le décompte des cas. On ne va s’occuper que de la cinétique des réanimations. La positivité est sans doute arrivée à un plateau mais le confinement va interférer avec les contaminations. La cinétique du Covid est calquée sur celle d’une grippe. A un moment, le nombre de contaminations atteint un pic puis diminue. La nouvelle vague a commencé il y a six semaines, elle devrait s’achever d’ici quatre à six semaines, avant Noël. Cette éventualité repose sur les estimations de contaminations. Si mes chiffres sont exacts, alors le pic sera bientôt passé et les contaminations vont diminuer. Nous serons en phase descendante. Si le pic des contaminations réelles est arrivé fin d’octobre, cela se verra dans les données cliniques à la mi-novembre. Avec bien évidemment un contraste et un décalage selon les départements considérés. La décélération se produit déjà dans quelques régions, mais cela va se voir d’ici peu.
c) Les courbes (voir plus bas). Je vous propose de visualiser la figure de la pandémie grippale de 1918. Ce qui apparaît comme seconde vague sur le schéma (novembre 1918) correspond à notre vague de mars. La réplique de mars 2019 est de moindre ampleur ; elle correspond à notre nouvelle vague de l’automne 2020. Le schéma qu’il faut prendre en compte est celui que j’ai tracé qui indique la cinétique des réanimations et la prédiction avec deux projections, celle établie par Macron qui annonça 9000 réanimations à la mi-novembre et la mienne qui mise sur 5000 réanimations et une décélération prochaine. La prévision Macron est indiquée en (1), la mienne en (2). Nous verrons qui avait anticipé le 17 novembre. Pour ce qui est décès, le chiffre estimé dans mon scénario est élevé mais ne dépasse pas les grippes sévères. Depuis début septembre, il y a eu 6000 décès, il ne devrait pas y en avoir plus de 7000 d’ici décembre. La plupart avec des signes de comorbidité. Et le virus devrait nous lâcher, si l’immunité collective est atteinte, ce que prévoit mon scénario, et que cette immunité est durable, ce que devront établir les scientifiques. (voir les deux schémas ci-dessous, les vagues de 1918, puis les projections de réanimations pour le Covid jusqu'au 17 novembre)
Annexe 1. Notes sur la méthode d’estimation des cas
Le bulletin hebdomadaire de SPF indique qu’en semaine 41, un million de personnes ont été testées pour la première fois. Quelque 120 000 ont été détectées positives. C’est simple, positivité 12 %. Et si on avait testé tous les Français, enfin, disons 50 millions, en excluant les très jeunes et les très âgés, on aurait eu comme résultat 6 millions de cas positifs. Le chiffre n’est visiblement pas réaliste. Il faut corriger les biais. D’abord, le fait que parmi les personnes testées, la proportion de cas contacts et de symptomatiques est plus élevée. Puis le fait que les personnes testées habitent les zones urbaines. Il n’y a aucune méthode de calcul disponible pour estimer la circulation virale car c’est la première fois que cette situation se présente, avec un usage de tests TR-PCR à très grande échelle. Un biais raisonnable compris entre 50 et 66 % conduirait vers 2 à 3 millions de contaminations pour cette semaine, soit entre 150 000 et 200 000 « cas » réels par jour. Prenons un autre calcul. Un million de Français ont été testés avec 120 000 cas en une semaine. Admettons que l’on teste une population urbaine, active, présents au travail, dans les écoles, les facs, les transports en commun, les bureaux. Disons 10 à 20 M de personnes. On tombe sur un nombre de contaminations compris entre 1.2 et 2.4 M.
Annexe 2. Observations sur la proportion très élevée de porteurs asymptomatiques du virus grippal.
« La proportion d'infections sérologiquement confirmées qui sont asymptomatiques est une variable souvent négligée, qui est une composante importante de la gravité. Notre constatation selon laquelle seulement 23% (IC à 95% 13–34) des infections sont symptomatiques est plus faible qu'on ne le suppose parfois, mais concorde avec les conclusions d'autres études sur la grippe saisonnière. La mesure de la proportion d'infections sérologiquement confirmées qui sont asymptomatiques devrait être une priorité pour toute infection émergente à potentiel pandémique. Cela fournit un indice supplémentaire de gravité complétant les données au niveau de la population sur les admissions à l'hôpital et les décès. Notre étude était limitée par notre incapacité à identifier l'excrétion du virus lors d'une infection asymptomatique, car cela aurait nécessité des prélèvements nasaux fréquents et réguliers tout au long du suivi. La comparaison des profils de symptômes dans les cas communautaires d'une infection émergente avec ceux notés avec d'autres virus peut également fournir des informations importantes sur la gravité, en complément des données au niveau de la population sur le nombre d'admissions à l'hôpital et de décès. »
« Malgré sa nature modérée, la pandémie de 2009 a causé d'énormes inquiétudes, dépenses et perturbations au niveau international. Nous devons nous préparer à réagir aux pandémies aussi bien légères que graves. Pour ce faire, nous avons besoin d'évaluations plus précises de la gravité, y compris des études communautaires pour guider les mesures de contrôle au début d'une pandémie et éclairer une réponse proportionnée »
Hayward, A.C. ; Comparative community burden and severity of seasonal and pandemic influenza : results of the Flu Watch cohort study ; The Lancet, Respiratory Diseases, 2, 445-454 (2014) https://doi.org/10.1016/S2213-2600(14)70034-7
Références utiles
https://en.wikipedia.org/wiki/Pandemic_severity_index
https://en.wikipedia.org/wiki/Pandemic_Severity_Assessment_Framework
https://www.itfseafarers.org/en/health/covid-19
Mes analyses sur le Covid
La possibilité d’une épidémie atténuée fondée sur un décalage épidémiologique
https://www.agoravox.fr/actualites/technologies/article/un-virus-sars-cov-2-et-deux-226793
L’explication de l’atténuation qui prolonge la précédente observation
https://www.agoravox.fr/actualites/technologies/article/covid-19-et-covirhume-la-virologie-227456
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