Peut-on interpréter une PCR SARS-CoV-2 ?
Le 11 septembre 2020, la Direction générale de la santé a demandé à la Société Française de Microbiologie d’émettre un avis concernant l’interprétation de la valeur de Ct (estimation de la charge virale) obtenue en cas de PCR SARS-CoV-2 positive. La motivation de cette saisine est double :
- la détection d’ARN viral par RT-PCR ne signifie pas forcément qu’il y a des particules virales infectieuses dans les échantillons biologiques
- aucune recommandation n'a été émise quant à l'interprétation des valeurs de Ct et des résultats faiblement positifs.
La distinction entre les situations à fort ou faible risque infectieux est importante pour orienter les décisions gouvernementales quant aux mesures à prendre à une échelle régionale ou nationale. Il faut donc pour cela des recommandations à l'intention des biologistes médicaux. C'est donc l'objet de l'avis de la Société Française de Microbiologie en date du 25 septembre 2020 qui incite en conclusion à rendre un résultat soit comme positif, soit comme positif faible, ou soit comme négatif. Cependant, un mois après la publication de cet avis, la distinction entre positifs forts et positifs faibles n’est toujours pas faite dans les indicateurs COVID publiés par l'observatoire Géodes de Santé publique France.
Pourquoi solliciter la Société Française de Microbiologie si l'avis de cette dernière n'est pas suivi ?
Comment ne pas s'interroger sur la pertinence de telle ou telle mesure gouvernementale (en particulier un couvre feu ou un confinement) qui s'appuie, non pas sur un indicateur fiable comme le taux de mortalité, mais sur des résultats PCR dont on ne peut actuellement évaluer la fiabilité ?
Quand Santé publique France va-t-elle mettre à disposition un indicateur qui différencie une PCR positive forte d'une PCR positive faible ?
Dr Thierry Medynski
31 réactions à cet article
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Effectivement la RT PCR — si elle est positive — dit simplement qu’il y a des traces du matériel génétique viral dans l’échantillon analysé. Ce qui ne veut effectivement pas dire que ce sont des particules virales, donc du’n échantillon possiblement infectieux, mais simplement des traces du matériel génétique.
Avantage de la RT PCR : assez peu de faux positifs (surtout si on double le test) mais pas mal de faux négatifs, en particulier du à l’étape de transformation de l’ARN en ADN, indispensable à l’amplification, sensible comme la PCR à la pureté de l’échantillon. Pas mal de choses peuvent inhiber les enzymes RT et polymérase même dans des échantillons purifiés....
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@YvesD.
Plus on fait de cycles, plus on risque des mutations aléatoires. C’est statistique.
En plus cela ne saurait être de la polymerase virale qui est utilisée. Et le système de vérification de duplication est inexistant comme in vivo.
Bruno Canard explique le processus à l’IHU de Marseille :
https://youtu.be/DjZR3TUW87I
Donc les mutants qu’on trouve seraient fabriqués par l’instrument !
Mais ça, c’est moi qui le dit... -
@izarn
passionnant et complexe ; merci -
@vesjem, YvesD, izarn
de toutes façon, le NWO qui est à la manœuvre derrière tout ça, s’en fout éperdument : le NWO n’est que l’aboutissement logique de la société de spectacle dans laquelle les gens ne font plus de différence entre le virtuel et le réel, entre le vrai et le faux.
Si l’Autorité leur dit que les masques leur sauvent la vie, ils croient ; que le confinement arrête l’épidémie,ils croient ; que les vaccins les immunisent ils croient ; que les tests sont fiables, ils croient. -
Comment ne pas s’interroger sur la pertinence de telle ou telle mesure gouvernementale (en particulier un couvre feu ou un confinement) qui s’appuie, non pas sur un indicateur fiable comme le taux de mortalité, mais sur des résultats PCR dont on ne peut actuellement évaluer la fiabilité ? : et si le véritable objectif est d’avoir un nombre de « cas » le plus élevé possible pour justifier des mesures injustifiées¹ ?
Dire « la France a 10 000 cas » a moins d’effet que dire « la France a 50 000 cas », multiplié même par 2 par le Pr Delflaissy : pourquoi on ne donne jamais à ma connaissance le Ct utilisé ?
¹:on a franchi une étape supplémentaire dans la démagogie avec l’obligation des masques pour les élèves de CP.
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@leypanou
Erreur, profonde erreur, vous n’êtes pas au fait du nouvel élément de langage : on ne parle plus de « cas », mais de « contaminés » ! ! !
Ne sentez-vous pas au fond de vos tripes la différence de l’effet anxiogène de ce mot "contamination ? Non ? Alors tout comme moi, vous êtes disposés pour la case conspirationniste... ...sans passer par la case départ mais par celle de l’amende avec d’ici quelques temps la prison comme destination...
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Il s agit d un système de mesure qui n a AUCUN étalonnage. Un test PCR ne sert donc à RIEN puisque son résultat ne peut être interprété. C est comme mesurer une longueur avec un élastique.
C est uniquement un argument politique à destination des neuneux.
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Le test PCR français peut-il se révéler positif si quelqu’un a eu récemment un simple rhume ?
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@gouzier
Je ne sais même pas si ces tests sont en mesure de faire la distinction entre un virus grippal saisonnier et un coronavirus !
La lecture de l’article qui suit laisse quand même « perplexe » ?
https://www.doctissimo.fr/sante/epidemie/coronavirus-chinois/grippe-coronavirus-comment-differencier
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@Legestr glaz
Quand on sait que le patron medical de « doctissimo » s’appelle
gerald Kierzek ,nul besoin d’aller plus loin... !! -
@gouzier
Oui bien sur !
Un pro chinois a dit que la validité du test se situait entre 70% et 50%
A ce niveau c’est du pile face !
Donc, ne vous faites pas tester pour rien !
Sinon vous serez privé de médocs ! -
La valeur du nombre de CT influe certes sur le résultat.
Mais si on prend un CT arbitrairement moyen (idem pour la valeur du R0 à 8 jours) cela permet de suivre l’évolution de la pandémie, toute choses égales par ailleurs. Donc ce paramètre reste utile et judicieux.
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@pierrot
’’ si on prend un CT arbitrairement moyen (idem pour la valeur du R0 à 8 jours) cela permet de suivre l’évolution de la pandémie,’’
C’est avec des idées aussi idiotes que vous faisiez de la recherche en labo ?
Ils sont tous comme ça, vos collègues ?
En outre, un CT arbitrairement moyen ça veut rien dire. -
@Francis
Tu as obtenu ton doctorat ?
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@pierrot « La valeur du nombre de CT influe certes sur le résultat. »
Oui, et tout le monde pense que vouloir trouver un CT assez faible pour utiliser les PCR comme mesure de charge virale est illusoire.
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@pemile,
arrêtez de dire des sornettes. La question de l’utilisation de ces tests est au delà de vos petites mais envahissantes brèves de comptoir.
Vous ne faites que du vent, de l’obscurité et du brouillard.
Vous seriez incapables de faire un article correct sur le sujet qui donnerait à vos adversaire l’occasion de faire preuve de fair play. -
@Philippe Huysmans « À 35 ça n’a pratiquement plus de sens, et au-delà, ça devient juste ridicule. »
Et ta pizza qui serait positive avec un CT de 40, un retour du labo ?
Quant à ton article sur l’absence de deuxième vague en Belgique, t’es bien un sacré Bruce de Bruges
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@Francis « arrêtez de dire des sornettes. »
Renseigne toi et revient nous faire un cour sur la fiabilité de la mesure de la charge virale par une PCR ?Et au passage, où aurais tu réagi aux nombreux charlots qui ici affirment qu’avec un CT de 40 une pizza serait positive ?
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@pemile
Heu ...faut être balaise pour surfer une vague de péniche...
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@pierrot
Vous faites des conclusions sur du bruit de fond. C est à dire sur ce qui n est pas mesurable par le procédé.
« ex falso sequitur quodlibet » (du faux on déduit ce que l on veut)
connu depuis l antiquité, signifie en logique que la proposition :
Faux -> P
est vraie quelque soit P. -
@pemile
J’ai rarement vu (pour en pas dire jamais) une q RT PCR negative à 35 cycles devenir positive à 40 !
Je ne dis pas que c’est impossible, mais même si tel est le cas, ce sera l’indication d’une concentration en sequences cibles (virales ou autre) très faible... -
@foufouille
C’est vous qui faites de la discussion de comptoir de café (à ce sujet, vous êtes très fort vu qu’ils sont fermés !)
Les tests servent (en tout cas devraient) servir non pour établir des RO sortis d’un chapeau de magicien tant les variables utilisées sont comiques (nombre de tests effectués influence le RO à la hausse par exemple, démographie ne tenant pas compte d’une forte affluence touristique ou de la venue dans les secondes résidences), mais a déterminer la maladie qu’à une personne qui montre des signes qui pourraient être interprétés comme relevant du covid !
Vous semblez oublier que derrière toutes ces statistiques, il y a des gens et que si tous les salariés que paie actuellement l’État étaient utilisés pour SOIGNER les malades (leur apprendre les gestes basiques pour retourner un patient régulièrement, leur mettre le niveau d’oxygène nécessaire, etc... ...bref réagir comme si nous étions en guerre, puisque c’est Macron qui le dit) et bien il y aurait moins de morts.
Que le gouvernement arrêtes de faire des stats et mette l’argent dans les soins aux patients, au lieu de fermer des lits d’hôpitaux comme il a continué de le faire de mars à aujourd’hui et monter, si nécessaire, des hôpitaux de campagne (et pas mettre près de quinze jour pour le faire comme l’armée à Strasbourg ; faut pas être blessé dans les premiers quinze jours d’un conflit quand on est soldat français), ou encore réquisitionner les cliques qui lors du dernier confinement l’ont sollicité car elles étaient quasi au chômage.
’Yenna marre de tous ces donneurs de leçons...
C’est pas nous qui manquons d’empathie, mais eux... -
Liberté d’expression du Dr Pascal Sacré : Licencier un réanimateur en pleine crise sanitaire pour délit d’écriture !-
@phan
çà prouve tout simplement que l’objectif n’est pas de soigner les gens mais faire avancer l’agenda : si les gens réalisent que 90% de leurs « cas » sont bidons, çà risque de mal se passer.
J’ai aussi regardé la 2ème vidéo avec America Frontline Doctors : en France, c’est même Sanofi qui met du bâton dans les roues d’après ce que j’ai compris.
Qu’est ce qu’ils proposent aux gens en début de maladie ? Et ils s’étonnent après de la saturation des services de réanimation ? -
En fait les scientifiques face a cette pandémie sont comme Don Quichotte devant son moulin a vent ....
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À la longue on comprend qu’un test PCR est au mieux qualitatif. Il n’est pas question qu’il mesure une charge virale.
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@JMBerniolles
Mais il peut servir à déterminer la contagiosité de celui qui est positif au test. C’est pour cette raison que les allemands par exemple limitent le nombre de CT à 25, pour détecter les personnes qui sont réellement à isoler. Et ma foi, il ont mieux réussi que nous ! -
Quand Santé publique France va-t-elle mettre à disposition un indicateur qui différencie une PCR positive forte d’une PCR positive faible ?
C’est pas pour demain ! et donc les résultats seulement qualitatifs des tests RT-PCR sont non significatifs et inexploitables en terme de diagnostic clinique, en clair ils ne servent à rien ou presque du moins pour tous les cas asymptomatiques.
Avis du 25 septembre 2020 de la Société Française de Microbiologie (SFM) relatif à l’interprétation de la valeur de Ct (estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage Version 1 _ 25/09/2020
Date de la saisine :11 septembre 2020
Demandeur : Direction Générale de la Santé (DGS) Jérôme SALOMON
Bernadette WORMS
…
1. Demande Par saisine de la DGS en date du 11 septembre 2020, le Directeur Général (Pr Jérôme SALOMON) et la conseillère médicale Dr Bernadette WORMS (cellule de gestion de crise sanitaire) de la DGS ont demandé à la SFM en lien avec le Centre National de Référence (CNR) des Virus respiratoires d’émettre un avis concernant l’interprétation de la valeur de Ct (cycle threshold, estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques respiratoires réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage.
(……)
5. Méthodologie et réponses du groupe d’expert
(…) En revanche, en raison de son caractère seulement semi-quantitatif et des variations inter-techniques, le groupe d’experts ne pense pas qu’il soit recommandé de faire figurer systématiquement cette valeur sur les comptes-rendus de résultats. Le biologiste médical reste à même de décider si cette valeur doit être diffusée aux prescripteurs en fonction des besoins et expertises. Le groupe d’experts rappelle également que pour certaines techniques de RT-PCR, le rendu est uniquement qualitatif ou exprimé en valeurs numériques non corrélables aux valeurs de Ct usuelles (tests non RT-PCR, tests multiplex …)
(…)
Le biologiste médical peut donc, après évaluation locale ou à l’aide de l’abaque des valeurs de Ct obtenue comparativement à la technique du CNR IP4 (cf. annexe), établir la catégorie d’excrétion virale. Il est recommandé de suivre pour les trousses commerciales les règles d’interprétation données par le fournisseur si elles sont disponibles. En plus de ces règles, et selon le nombre de cibles virales positives et la valeur du Ct de la cible la plus sensible, le biologiste peut rendre un résultat qualitatif comme suit :-Si toutes cibles détectées (1/1, 2/2 ou 3/3) avec Ct de la cible la plus sensible ≤ 33,rendre « Positif »
-Si 2 cibles sur 3 avec Ct de la cible la plus sensible ≤ 33, rendre « Positif »
- Si 2 cibles sur 3 avec Ct de la cible la plus sensible > 33, rendre « Positif faible »
- Si toutes cibles détectées (1/1, 2/2 ou 3/3) avec Ct > 33, rendre « Positif faible »
- Si uniquement 1 cible détectée sur 1 avec Ct > 33, rendre « Positif faible »
- Si uniquement 1 cible détectée sur 2 ou 3 avec Ct 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale modérée voire très faible
(…)Ainsi, la valeur de Ct de la cible la plus sensible de la technique utilisée (comparée à la technique de référence IP4 peut être interprétée concernant l’importance de l’excrétion virale comme suit (cf. algorithme infra) :
-Si la valeur de Ct est ≤ 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale significative
- Si la valeur de Ct est > 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale modérée voire très faible
(…)
https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/09/Avis-SFM-valeur-Ct-excre%CC%81tion-virale-_-Version-Finale-25092020.pdfhttps://www.sfm-microbiologie.org/covid-19-fiches-et-documents-sfm/
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La PCR avec un CT de 60 donne 100% de positifs !!!
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@Dr Destouches
faux évidemment.
Retourner à la fac de médecine. -
@Dr Destouches
même avec une pizza.
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