Quand Santé publique France va-t-elle mettre à disposition un indicateur qui différencie une PCR positive forte d’une PCR positive faible ?

C’est pas pour demain ! et donc les résultats seulement qualitatifs des tests RT-PCR sont non significatifs et inexploitables en terme de diagnostic clinique, en clair ils ne servent à rien ou presque du moins pour tous les cas asymptomatiques.

Avis du 25 septembre 2020 de la Société Française de Microbiologie (SFM) relatif à l’interprétation de la valeur de Ct (estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage Version 1 _ 25/09/2020

Date de la saisine :11 septembre 2020
Demandeur : Direction Générale de la Santé (DGS) Jérôme SALOMON
Bernadette WORMS
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1. Demande Par saisine de la DGS en date du 11 septembre 2020, le Directeur Général (Pr Jérôme SALOMON) et la conseillère médicale Dr Bernadette WORMS (cellule de gestion de crise sanitaire) de la DGS ont demandé à la SFM en lien avec le Centre National de Référence (CNR) des Virus respiratoires d’émettre un avis concernant l’interprétation de la valeur de Ct (cycle threshold, estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques respiratoires réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage.
(……)
5. Méthodologie et réponses du groupe d’expert
(…) En revanche, en raison de son caractère seulement semi-quantitatif et des variations inter-techniques, le groupe d’experts ne pense pas qu’il soit recommandé de faire figurer systématiquement cette valeur sur les comptes-rendus de résultats. Le biologiste médical reste à même de décider si cette valeur doit être diffusée aux prescripteurs en fonction des besoins et expertises. Le groupe d’experts rappelle également que pour certaines techniques de RT-PCR, le rendu est uniquement qualitatif ou exprimé en valeurs numériques non corrélables aux valeurs de Ct usuelles (tests non RT-PCR, tests multiplex …)
(…)
Le biologiste médical peut donc, après évaluation locale ou à l’aide de l’abaque des valeurs de Ct obtenue comparativement à la technique du CNR IP4 (cf. annexe), établir la catégorie d’excrétion virale. Il est recommandé de suivre pour les trousses commerciales les règles d’interprétation données par le fournisseur si elles sont disponibles. En plus de ces règles, et selon le nombre de cibles virales positives et la valeur du Ct de la cible la plus sensible, le biologiste peut rendre un résultat qualitatif comme suit :

-Si toutes cibles détectées (1/1, 2/2 ou 3/3) avec Ct de la cible la plus sensible ≤ 33,rendre « Positif »

-Si 2 cibles sur 3 avec Ct de la cible la plus sensible ≤ 33, rendre « Positif »

- Si 2 cibles sur 3 avec Ct de la cible la plus sensible > 33, rendre « Positif faible »

- Si toutes cibles détectées (1/1, 2/2 ou 3/3) avec Ct > 33, rendre « Positif faible »

- Si uniquement 1 cible détectée sur 1 avec Ct > 33, rendre « Positif faible »

- Si uniquement 1 cible détectée sur 2 ou 3 avec Ct 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale modérée voire très faible
(…)

Ainsi, la valeur de Ct de la cible la plus sensible de la technique utilisée (comparée à la technique de référence IP4 peut être interprétée concernant l’importance de l’excrétion virale comme suit (cf. algorithme infra) :

-Si la valeur de Ct est ≤ 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale significative

- Si la valeur de Ct est > 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale modérée voire très faible
(…)
https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/09/Avis-SFM-valeur-Ct-excre%CC%81tion-virale-_-Version-Finale-25092020.pdf

https://www.sfm-microbiologie.org/covid-19-fiches-et-documents-sfm/