@pemile

Je suis bienveillant. Je vais vous éviter de faire un nouveau tour de bocal.

... « Dans la recherche d’un nouveau virus, à l’aide de la PCR, le choix des amorces est une étape critique, car il conditionne les séquences virales qui pourront être détectées ou amplifiées. Dans le cas d’un virus inconnu, on ne connaît pas sa séquence exacte. Les amorces ne peuvent donc pas être directement conçues pour cibler une séquence précise.

Vous suivez jusque là pemile ? 

Les chercheurs font l’ hypothèse que le virus appartient à une famille virale connue (par exemple, les coronavirus, les influenza virus, ou les flavivirus). Ils ciblent alors des »régions hautement conservées«  dans les génomes de cette famille, comme des gènes essentiels. Mais cela dépend fortement des connaissances préexistantes, ce qui peut biaiser la recherche. 

Les amorces peuvent cibler des séquences définies par les chercheurs sur la base d’hypothèses (comme la proximité avec d’autres virus). L’amorce est conçue pour correspondre à une séquence spécifique dans le génome de virus déjà connus. Lorsqu’un nouveau virus est soupçonné d’appartenir à une famille connue, »les chercheurs se basent sur des séquences communes et conservées parmi les membres de cette famille« pour créer des amorces capables d’identifier ces séquences dans un échantillon. 

La PCR dépend entièrement des choix de séquences pour les amorces. Si un virus a une séquence significativement différente ou une mutation dans les régions cibles, il ne sera pas détecté. Le succès repose sur la similitude entre le nouveau virus et ceux déjà connus. Les amorces conçues sur la base de séquences conservées ne permettent pas d’identifier des virus totalement nouveaux et sans parenté claire (d’où les multiples »variants« ).

Lors de la recherche d’un nouveau virus, les amorces utilisées reproduisent une séquence spécifique (ou des variantes dégénérées) déjà connue dans des virus apparentés. Cela signifie que l’approche cherche explicitement des séquences similaires et, par conséquent, ne peut détecter que ce qu’elle a été conçue pour trouver.
L’approche basée sur l’utilisation d’une séquence du génome d’un virus précédemment identifié repose effectivement sur une hypothèse fondamentale. Cette hypothèse est que les virus appartenant à une même famille partagent des caractéristiques génétiques ou des régions conservées.
La méthode suppose que les virus inconnus partagent des séquences communes avec ceux déjà identifiés. Si cette hypothèse est fausse, un virus très divergent ou nouveau peut passer inaperçu.
En cherchant uniquement des séquences similaires à celles déjà connues, la PCR ne peut pas détecter des agents pathogènes totalement nouveaux ou éloignés des virus connus. Cette limitation est un biais d’exclusion  : ce qui n’est pas recherché ne sera pas trouvé.

Dire que »les gènes essentiels sont conservés« revient effectivement à constater, a posteriori, que les amorces sont conçues à partir de ce qui a déjà été identifié, et que l’on retrouve ces séquences dans des virus apparentés parce que c’est précisément ce qu’on cherche à prouver.
C’est une lapalissade méthodologique  : la conservation n’est prouvée que dans la mesure où on cherche précisément à la détecter, excluant ce qui pourrait être différent ou divergent.
Le fait que »les gènes essentiels sont conservés" découle directement du choix méthodologique de cibler ces régions connues, rendant cette affirmation presque inévitable et autoréférentielle.

La virologie est une tautologie !