@Legestr glaz

Séquençage, pour pemile, ar meilh ruz. 

Lorsque des chercheurs comparent des fragments de génomes obtenus à un « répertoire » de génomes déjà identifiés, l’approche repose sur l’hypothèse que les génomes dans ces bases de données sont représentatifs et complets. Cela suppose qu’on ait des références fiables et exhaustives des familles de virus pour pouvoir faire des comparaisons adéquates. Ces génomes sont eux-mêmes basés sur des fragments et sont parfois des assemblages d’informations provenant de plusieurs sources.
La sélection de ces séquences de référence dans les bases de données, en fonction des similitudes cliniques ou épidémiologiques implique une forme de « biais d’interprétation ». La recherche repose sur des « hypothèses préexistantes », ce qui oriente la sélection des séquences vers celles qui semblent les plus probables, sans nécessairement être la réponse la plus rigoureuse. Cela amène à des conclusions qui ne sont pas entièrement fondées sur des données empiriques, mais sur des inférences basées sur des attentes préalables.
Le fait de ne pas avoir un génome viral complet isolé directement à partir d’un échantillon et de se baser uniquement sur des fragments, amplifiés par PCR et comparés à des génomes existants, soulève des questions sur la solidité des bases de cette identification. L’isolement et la purification d’un virus complet, suivi de son séquençage de bout en bout, est considéré comme la manière la plus rigoureuse d’identifier un pathogène. Sans cela, les résultats peuvent être vus comme dépendant de modèles et de comparaisons qui ne sont pas nécessairement concluants ou totalement fiables.

Cela soulève la question des biais méthodologiques et de l’incertitude scientifique. La recherche se trouve confrontée à des limitations liées à la nature fragmentaire des informations disponibles. En cherchant à identifier un « nouveau virus », la méthode repose largement sur l’extrapolation de données antérieures et sur la comparaison avec des séquences existantes, ce qui comporte un risque de biais de confirmation.
Les méthodes utilisées sont limitées et dépendent fortement d’inférences basées sur des connaissances préalables. Ces limitations doivent être reconnues comme telles dans les discussions scientifiques.

La virologie est une tautologie !