Taux de positivité et immunité collective
De façon un peu étrange le taux de positivité à la Covid 19 est peu commenté, alors que cet indicateur est très important, et nous montre qu'une part importante de la population a et a été infectée.
En préambule à cet article il convient de faire un rappel ; une épidémie cesse ou devient bénigne pour un nombre limité de raisons qui sont les suivantes :
- Soit on trouve un traitement,
- Soit on trouve un vaccin,
- Soit le virus mute ou disparaît,
- Soit la population atteint « l’immunité collective ».
A ce stade de la pandémie de la Covid aucun traitement n’a réellement démontré son efficacité, un vaccin reste hypothétique à court terme, et les évolutions du virus sont aléatoires. Quant à l’immunité collective si on en a beaucoup parlé elle ne fait plus la une. Pourtant le tableau actuel de l’épidémie devrait inciter à s’y intéresser de nouveau même si certains travaux posent la question d'une immunité de groupe possible avec le Sars CoV-2.
En effet dans l’avalanche quotidienne de chiffres autour de la Covid, il y a un chiffre qui est très peu commenté et qui pourtant devrait nous interpeller. Il s’agit du taux de positivité. Ce taux est défini ainsi : Nombre de personnes testées positives en RT-PCR SARS-CoV-2 divisé par le nombre de personnes testées, sur les 7 derniers jours consolidés. Il indique donc le pourcentage de personnes qui sont porteuses du virus au moment du test, et sont donc contaminées.
Au 4 octobre 2020 il était de 8,2% et ce pour 12 565 cas positifs, ce qui veut dire que l’on a testé plus de 153 000 personnes. Avec un nombre de tests aussi élevé (en semaine 39, plus de 924 000 personnes avaient été testées !) la structure de l’échantillon testé devient très proche de celle de la population française*, et ce d’autant plus que les tests étant gratuits tout le monde peut se faire tester. Cela veut donc dire qu’au 4 octobre 2020 8,2% de la population française – ou en tout cas un chiffre proche – était porteuse du virus. Ce chiffre est très élevé car cela correspond à près de 5,5M de personnes !
Ces personnes qui sont testées positives, logiquement, ne vont pas se tester à nouveau et les nouvelles personnes testées dans les prochains jours seront donc bien différentes, ce seront de nouveaux cas. Au bout d’un certain temps, par exemple le 31 octobre, toutes les nouvelles personnes testées positives feront partie d’une nouvelle cohorte de personnes positives, car on ne reste pas positif indéfiniment, et aucune personne qui aurait été testée positive le 4 octobre ne le serait encore ; ce qui est déterminant ici c’est la durée pendant laquelle on est positif à un test PCR. Il est très difficile* de trouver des chiffres convergents sur le sujet mais on peut estimer que la période de « positivité » aux tests PCR dure 15 jours environ.
Donc si le taux de positivité reste à 8,2% tout au long du mois d’octobre on pourra estimer que plus de 16% de la population aura été contaminée pendant ce seul mois !
Là où cela devient vraiment intéressant c’est que depuis le début de l’épidémie de très nombreuses personnes ont, elles aussi, été contaminées. En utilisant rétrospectivement le taux de positivité on pourrait déduire à chaque moment la proportion de la population contaminée.
Faisons l'exercice depuis début juin avec les hypothèses suivantes (qui sont assez proches de la réalité d'après les chiffres que j'ai pu retrouver, notamment avec une augmentation sensible du taux à partir du mois d’août) :
- taux de positivité en juin 1%, soit 2% de la population positive sur le mois (30 jours divisé par 2, soit 2 cycles de 15 jours, multipliés par 1%)
- taux de positivité en juillet 1%, soit 2% de la population positive sur le mois (30 jours divisé par 2, soit 2 cycles de 15 jours, multipliés par 1%)
- taux de positivité en août 2%, soit 4% de la population positive sur le mois (30 jours divisé par 2, soit 2 cycles de 15 jours, multipliés par 2%)
- taux de positivité en septembre 4%, soit 8% de la population positive sur le mois (30 jours divisé par 3, soit 2 cycles de 15 jours multipliés par 4%)
- première quinzaine d'octobre 8% de positifs, soit 8% de la population.
On arrive au total à plus de 24% de la population depuis juin ! ce qui serait une excellente nouvelle car cela voudrait dire qu’une part beaucoup plus grande de la population a été contaminée par rapport à ce qu’on pensait. Et si on extrapolait à la période de février/mars/avril on serait encore plus haut (une modélisation de l’Institut Pasteur indiquait environ 5% de la population infectée fin avril), plutôt autour de 30%.
D’ailleurs si on reprend le chiffre de l’Institut Pasteur avec 5% de la population infectée à fin avril on a eu près de 30 000 morts et l’obligation de confiner, et avec entre 20 et 25% de la population contaminée en plus depuis cette date nous avons des chiffres très inférieurs et sans confinement, ce qui serait là aussi une très bonne nouvelle. Cela tendrait à soutenir l’hypothèse d’un virus moins virulent ou de facteurs d’immunité bien plus forts qu’on ne le pensait.
En conclusion on peut penser qu’une part importante de la population a été infectée avec une accélération depuis août ; ceci explique les chiffres en augmentation (hospitalisations, réanimations) mais sans commune mesure avec la période de mars/avril. Si cela se confirmait l’immunité collective ne serait plus alors un objectif inatteignable, et il serait envisageable sans un coût humain insupportable.
* On peut contester cette hypothèse sur un jour ou deux mais par sur la durée. Si on a testé 1 million de personnes en une semaine et que le taux de positivité est de X% il est très proche du taux dans la population générale.
**C’est une donnée critique pour estimer le nombre de cycles pour compter les nouvelles cohortes ; si la durée de positivité aux tests PCR était plus longue on aurait moins de cycles et donc moins de personnes contaminées dans mes calculs.
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