La thèse des deux types de contamination : l’épidémie semble sous contrôle et il faut revoir la question des masques

 La situation épidémique actuelle impose de revoir les explications scientifiques. Une nouvelle hypothèse se dessine ; les deux contaminations. Cette hypothèse explique le décalage entre la circulation du virus et le nombre réanimations ; elle permet aussi de changer la stratégie de lutte contre cette épidémie en visant l’immunité collective. Les éléments fournis dans cette étude n’ont pas de valeur conclusive. Ils sont livrés afin qu’un débat scientifique puisse être mené par les virologues, immunologistes et épidémiologistes.

 1) Les scientifiques ont été forcés de reconnaître que le Covid-19 leur avait échappé et qu’il subsistait des angles morts. Récemment, l’épidémiologiste helvétique Antoine Flahault a reconnu qu’il ne pouvait expliquer pourquoi avec une contamination massive des jeunes, il n’y avait pas de recrudescence des cas avancés ou aggravés de Covid-19. Ce phénomène est constaté dans plusieurs pays. Les chiffres bas des admissions, réanimations et décès, confirme cet énigmatique développement de l’épidémie. Une explication pourrait se dessiner avec quelques hypothèses scientifiques alternatives. C’est ce que me propose de présenter en quelques lignes en précisant que si ces hypothèses se confirment, alors la gestion de l’épidémie se situe à un tournant. Peut-être en aurons-nous fini plus tôt que prévu.

 L’hypothèse proposée est étonnamment simple. La science a oublié un paramètre épidémiologique dont l’importance pourrait être décisive. C’est la notion de charge virale reçue. La vague épidémique de mars 2020 fut marquée par un nombre élevé de cas aggravés alors que cas bénins ou asymptomatiques furent aussi observés. La science a cherché en vain l’explication des différences cliniques de grande ampleur faisant que les uns semblent passer au travers alors que d’autres finissent en réanimation. Se pourrait-il que la dose virale reçue par un patient influe sur le devenir de l’infection ? C’est possible. En ce cas, il faudrait distinguer deux types de contagions, l’une dite « épidémiante », avec une charge virale importante, provoquant souvent une pathologie avancée, avec une offensive du virus capable de mettre en difficulté les défenses immunitaires, puis d’aggraver la situation en affolant le système et en déclenchant les attaques inflammatoires de l’organisme. Mais une seconde contagion, avec une charge virale modérée voire minime, pourrait alors être définie comme immunisante. Autrement dit, une faible charge virale produirait un effet de vaccination spontanée, naturelle, endémique. Il existerait alors deux types de dose infectieuse, l’une qui produit la maladie et l’épidémie, l’autre qui génère une immunité en fonctionnant comme une sorte de vaccin naturel. Ce qui amène à forger deux concepts, la contagion épidémiante et la contagion immunisante.

 Cette hypothèse est-elle plausible ? Il faudrait alors admettre que la plupart des patients au stade avancé lors de la vague épidémique de mars ont eu une contamination épidémiante, en restant en contact rapproché avec des infectés et surtout des malades. Ce qui fut le cas lors du rassemblement évangélique à Mulhouse. Selon les témoins, beaucoup de gens rassemblés pendant ces jours de prière toussaient. Il est plausible qu’un patient à la forme aggravée puisse transmettre une charge virale plus élevée. C’est d’ailleurs ce qui a été relevé lors de l’épidémie de SRAS en 2003 dont la particularité est que seuls les malades pouvaient contaminer, ce qui a permis de contenir la pandémie en isolant les cas clinique. Cette pandémie a été résolue sans utiliser des tests PCR. Par ailleurs, le rôle de la dose contagieuse sur la pandémie grippale de 1918 a été suggéré dans une étude ainsi résumée « Il est largement admis que le changement du taux de létalité entre les vagues au cours de la pandémie de grippe de 1918 était dû à un changement génétique du virus. Dans les modèles animaux, la dose infectieuse du virus grippal A est associée à la sévérité de la maladie ce qui nous conduit à proposer une nouvelle hypothèse. Nous proposons que l’augmentation du taux de létalité puisse être expliquée par la dynamique de la maladie et par une réponse dose-dépendante médiatisée par le nombre de contacts simultanés qu’une personne sensible a avec des personnes infectieuses. » (A. Paulo, 2010). Cet article fait allusion à des modèles animaux utilisés pour établir un lien entre dose contagieuse et cours de la maladie. Ce lien n’a pas beaucoup été étudié mais l’on peut quand même trouver des publications signifiantes sur ce sujet.

 2a) Une équipe canadienne a établi un lien entre la dose virale reçue et le développement des réponses immunitaires de l’hôte, innée ou acquise : « Nos résultats ont démontré que la dose infectieuse initiale affecte significativement l’expression génique des cytokines antivirales (IFN-β) et inflammatoires (TNF-α, IL-6, IL-1β) et des enzymes impliquées dans le stress oxydant au début de la réponse à la grippe. Cette réponse était en corrélation avec un recrutement significativement accru de cellules immunitaires innées dans les poumons des souris infectées. Nous avons montré que cette réponse modifie également l’accumulation ultérieure de cellules T CD8 (+) spécifiques de la grippe IFN-γ (+) CD44 (hi) CD62L (lo) activées dans les poumons de souris infectées par une augmentation de l'expression du gène de la chimiokine gouvernant le recrutement des cellules T » (I. Marois, 2012). Il y a bien un lien entre la charge virale reçue et le développement de la réponse immune qui être salutaire ou alors être submerger et causer des dégâts important sur les tissus pulmonaires. On tendance à l’oublier mais le virus grippal peut lui aussi causer un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRAS). Ce lien est explicité dans la conclusion de l’étude : « Collectivement, nos données montrent pour la première fois et en détail que la dose infectieuse initiale de grippe détermine le développement de plusieurs aspects de l'immunité antivirale. »

 2b) Publiée dans Nature en 2010, une revue très détaillée explicite le développement extrêmement complexe de la réponse immunitaire antivirale dont l’issue est diverse, dépendant d’un nombre élevé de facteurs, pas seulement liés à l’état du système immunitaire de l’hôte. La quantité de dose contagieuse détermine souvent le sort de la réponse. Qui peut aller d’une infection indétectable à des lésions tissulaires fatales : « Comme on peut facilement le montrer dans les systèmes expérimentaux, la dose et la voie du virus transmis peuvent influencer de façon marquée le résultat d'une infection virale. Des doses minimales peuvent être contrôlées de manière subclinique par des défenses innées et peuvent être insuffisantes pour induire des réponses immunitaires adaptatives. Des doses massives peuvent submerger les défenses immunitaires et provoquer une maladie grave et une mort rapide, dans certains cas par les effets cytotoxiques directs des composants viraux. Les doses entre ces extrêmes peuvent avoir un résultat variable allant d'une infection indétectable à des lésions endommageant les tissus. Cette question a fait l'objet d'une étude formelle étonnamment limitée sur les infections virales, mais c'est une pratique courante pour ceux qui étudient la pathogenèse virale de choisir des doses d'infection optimales pour évaluer leurs concepts. » (B. Rouse, 2010)

 Cet article est important. Il explique que des doses modérées de virus puissent induire des infections indétectables par les observations cliniques. Ce sont ces énigmatiques infections asymptomatiques, qui ont été largement observées en effectuant des tests massifs sur le SARS-CoV-2. Les conclusions publiées dans cette revue détaillée concernent plusieurs types de virus, la plupart cytopathiques, comme celui de la grippe. Ces conclusions sur la dose contagieuses sont certainement valables pour les coronavirus. Il ne reste plus qu’à réaliser ce type d’investigation sur l’infection produisant le Covid-19.

 Un article récent a également fait état d’un lien entre la quantité de la dose contagieuse et l’issue heureuse ou fatale de la personne contaminée par la grippe. Ces quelques lignes montrent de plus les similitudes entre les infections grippales et le Covid-19 : « La plupart des personnes exposées à un nouveau virus grippal ne remarquent aucun symptôme. Une petite minorité développe une maladie grave. Une partie de cette variation extrêmement large de la sensibilité s'explique par la taille de l’inoculum initial ou par les antécédents d’exposition à la grippe de l’individu ; certains s'expliquent par des facteurs génériques de l’hôte, comme la fragilité, qui diminuent la résilience suite à une altération systémique. Certains facteurs démographiques (grossesse, obésité et âge avancé) semblent conférer une sensibilité plus spécifique aux maladies graves suite à une infection par des virus grippaux. » (Clohisey, 2019)

 2c) La relation entre dose contagieuse et réponse immunitaire est une question d’une importance cruciale. Elle est étudiée par les recherches immunologiques et virologiques et détermine aussi la réponse des systèmes de santé face à une épidémie. Des chercheurs en biologie théorique ont étudié à partir de modèles mathématiques les effets de la quantité virale reçue sur l’intensité et le cours de la réponse immunitaire : « La dose d’inoculum, c’est-à-dire le nombre d’agents pathogènes au début d’une infection, affecte souvent des aspects clés de la dynamique des pathogènes et de la réponse immunitaire. Ces derniers déterminent à leur tour les conséquences cliniques telles que la morbidité et la mortalité. Malgré la reconnaissance générale que la dose d’inoculum est une composante importante des résultats de l’infection, nous ne comprenons pas actuellement son impact en détail. Cette étude vise à commencer à combler cette lacune en analysant les modèles de dynamique de la charge virale dépendants de l’inoculum dans les infections aiguës. En utilisant les données expérimentales pour l’adénovirus et le virus de la bronchite infectieuse, nous constatons que la dynamique du virus dépend de la dose d’inoculum. » (Li, 2014)

 3) L’évolution de l’épidémie suivie par l’agence de santé française appuie semble-t-il l’hypothèse des deux types de contagions. Le sort des infectés dépendrait alors de quantité de dose de SARS-CoV-2 reçue par les patients contaminés. La vague de mars à mai 2020 a été certainement causée par des contaminations massives avec des doses élevées et fut suivie d’un nombre très élevé d’admissions en hôpital et réanimations. En revanche, depuis le déconfinement, nous serions dans une phase épidémiante modérée, autrement dit une phase dans laquelle la contamination épidémiante a été contenue alors que le virus continue à circuler, produisant une contamination immunisante. Si l’hypothèse deux contaminations est exacte, alors la circulation du virus est déconnectée des cas cliniques et le nombre de cas positifs ne donne pas une indication sur l’intensité de l’épidémie en tant que pathologie respiratoire plus ou moins aiguë. Le paramètre le plus important, c’est le rapport entre les admissions – réanimations et le nombre de personnes infectées par le virus sur l’ensemble du territoire. Les deux premiers chiffres sont accessibles alors que le troisième est difficile à établir. Car il repose sur les tests effectués dans des conditions contingentes. Des biais très important sont à prévoir. D’abord le caractère non représentatif des populations testées. On peut penser que les gens restant chez eux, ne circulant que très peu, se protégeant avec application, n’iront pas se faire tester. Si bien que le pourcentage de positifs doit être revu à la baisse, sans doute minoré par un facteur 2. En plus, les centres de test sont situés dans les zones urbaines, densifiées, ce qui donne également un chiffre surestimé par rapport au nombre total de positifs à l’échelle du territoire. Quel facteur pour minorer ? Peut-être encore 2.

 Passons maintenant au calcul. Quelque 300 décès ont été recensés entre mi-juillet et mi-août. On a observé une stabilisation du nombre d’admissions à l’hôpital. Depuis le 27 juillet, le nombre de patients en réanimation, inférieur à 500 depuis les semaines précédentes, est passé sous la barre des 400, se stabilisant autour de 380. Les 300 décès incluent comptabilise les décès hors de l’hôpital, notamment dans les Ehpad. Le rapport entre cas cliniques et prévalence du virus doit être recherché. Il impose un décalage sept jours pour le chiffre d’incidence du virus. Autrement dit, un panel de gens signalés porteurs du virus le 10 août aura une incidence sur les admissions le 17 août et quelques jours après pour les réanimations. Le taux de positivité aux tests PCR est nivelé sur une semaine. Il indique le nombre de cas positifs rapporté au nombre de tests effectués sur sept jours. Le dernier mois (en prenant en compte le décalage) a vu ce taux fluctuer autour de quelque 1.5 %. Récemment il avait franchi les 2 % à l’échelle nationale et semble atteindre les 3%. Ce chiffre donne une idée du taux de prévalence et diffère largement du taux d’incidence donné par Santé publique France, calculé comme la proportion de cas détectés sur semaine rapporté à 100 000 habitants. L’incidence dépend du nombre de tests effectués dans un département, une région, un pays. Si dans un département où le virus circule vous avez une incidence évaluée à 20, en supposant que les autorités aient effectués trois fois plus de tests la semaine passée, vous auriez eu une incidence de 60 et le département serait passé en zone rouge. L’incidence est un chiffre dépourvu de rigueur scientifique. En date du 19 août, Avec 2.5 % de positivité, l’Ain a une incidence de 13. Avec une positivité à peine plus élevée, 3.1, Toulouse a une incidence approchant les 40. Les autorités se sont affolées alors qu’il n’y a que 4 réanimations en cours et que le taux d’occupation des lits est inférieur à 3 (moyenne nationale, 7).

 Une prévalence de 1.5 signifie environ un million de porteurs du virus l’échelle des 67 millions d’habitants. Si je corrige avec les deux facteurs de biais, on arrive à une prévalence absolue de quelque 250 000 Français. Et comme la durée de positivité est d’environ 15 jours, cela donne pour un mois quelque 500 000 Français ayant connu le virus. Pendant cette même période, il y a eu quelque 400 admissions en réanimation. Ce qui fait un taux inférieur à un pour mille. En comptant les décès à l’hôpital, la létalité virale serait inférieure à 0.05 %. On se rapproche d’une grippe (à noter que le calcul pour la grippe est donné en fonction de la recension des cas cliniques, fournie ici en France, la remonté du réseau Sentinelle, alors que le virus grippal est lui aussi, parfois non symptomatique et immunisant, ce qui fait que la létalité virale réelle pour la grippe est inférieure à celle annoncée)

 Si l’on regarde bien la courbe de positivité, on voit bien que la courbe des admissions et réanimations suit une direction. En date du 19 août, le taux de positivité approche les 3%. D’ici une à deux semaines, le nombre de réanimations devrait logiquement doubler par rapport à la période couvrant le mois de juillet et début août. Nous devrions atteindre les 800. Si ce n’est pas le cas, alors l’hypothèse de la contagion immunisante sera appuyée. C’est début septembre que les choses vont devenir décisives pour savoir où nous allons.

 Remarquons que cette faible létalité virale du SARS-CoV-2 concerne la phase actuelle de l’épidémie, qui dure depuis quelque deux mois. La létalité fut largement supérieure pendant le pic épidémique. La différence s’expliquerait parce que les contagions actuelles sont en majorité immunisantes et en minorité épidémiantes. Autrement dit, les cas d’infection augmentent mais pas le nombre de malades. Ce phénomène a été « flairé » par le professeur Raoult constatant que le profil des malades a changé. En réalité, ce n’est pas le profil des malades qui a changé mais le nombre de malades dans les stades avancées et surtout aggravés. L’explication, au risque de me répéter, repose sur la diminution des contagions épidémiantes liée à des doses virales élevées. Cette explication étant bien évidemment à confirmer. Les épidémiologistes ont les outils pour le faire. Pour l’instant les données confirment l’avis de Didier Raoult, le Covid-19 est une grippe sévère. Elle ne l’a pas été pendant la première vague. Elle l’est devenue parce que des mesures drastiques ont permis de limiter les contagions épidémiantes et que maintenant, les contagions à l’air libre sont devenues en majorité immunisantes.

 4) La stratégie de lutte contre l’épidémie pourrait être infléchie, voire modifiée, si l’on admet que nous sommes maintenant dans une phase de circulation virale appuyée mais modeste assortie de contaminations qui sont en très grande majorité immunisantes. La stratégie viserait alors à contenir l’épidémie et non pas la circulation du virus en jouant sur une immunité collective accessible en une année. Et ce, en admettant que le Covid-19 avancé arrive le plus souvent avec une dose de contamination élevée et que le plus souvent, cette dose se transmet lors d’un contact durable avec une personne en stade avancée, avec toux et fièvre. Les personnes malades doivent alors s’isoler. Une mesure de bon sens. Les gens savent bien qu’avec une grippe, ils doivent rester chez eux et ne pas être au contact des proches. Le suivi des tests et le décompte des cas ont une utilité limitée pour gérer l’épidémie. D’abord parce qu’il faudrait tester des dizaines de millions de Français en une semaine et refaire les tests régulièrement chaque quinzaine. Vous imaginez la logistique et la désorganisation du pays, les immenses files d’attente, les heures perdues pour un résultat somme toute sans grand intérêt. Aucune épidémie transmise par les voies respiratoires n’a été suivie en détectant le virus. L’épidémiologie trouve ses bases empiriques dans les données cliniques et statistiques, autrement dit en surveillant la maladie et non pas l’agent qui la cause. Il est tout à fait possible de contenir la maladie en jouant sur la médecine de ville et la prescription de tests pour les cas suspects.

 Le port obligatoire du masque en milieu ouvert ne deviendrait plus nécessaire. Cette mesure pourrait même favoriser l’immunité collective si l’on admet qu’une circulation du virus à très faible concentration participe à une contagion immunisante. Même chose pour les entreprises et les grandes surfaces closes. En revanche, il est impératif que les personnes dites à risques soient protégées. En portant le masque, en évitant de fréquenter les lieux bondés, ce qu’elles font déjà du reste. Enfin, le masque dans les transports reste justifié en raison des conditions de promiscuité. 

 L’immunité collective doit être discutée par les scientifiques, surtout s’il n’y a pas qu’une seule immunité acquise en devenant malade. Les affections non symptomatiques sont aussi immunisantes et seraient accompagnée par une sorte de vaccination spontanée obtenue avec une faible dose contaminante. La doctrine devrait donc être modifiée. Il est consternant de voir que l’OMS est sur la même longueur d’onde que les experts français et autres, perturbés et obnubilés par la contamination des jeunes pouvant transmettre la maladie aux anciens. Les jeunes transmettent surtout une immunité collective et ne sont pas une menace, contrairement à ce qu’annoncent les sachants de l’OMS. Rappelons néanmoins que dans des milieux de promiscuité comme les transports en commun, le port du masque n’est pas inutile et que pour le personnel de santé amené à fréquenter les « gros contaminants », le masque est indispensable !

 5) Et bien sûr, la question des vaccins prend un tournant inédit si l’hypothèse de la contagion immunisante et de l’épidémie contenue est exacte. D’une part, l’immunisation collective est envisageable par la contagion collective avec néanmoins un contrôle sérieux de l’épidémie visant à isoler les patients atteints du Covid avancé ou sévère. D’autre part, le cours de l’épidémie dans la phase actuelle ne place plus le Covid-19 comme une pathologie dangereuse pour la santé publique. S’il s’avère que la létalité virale tombe en dessous de 0.1 %, l’épidémie dans sa nouvelle phase n’a plus rien de comparable avec la vague du printemps 2015. Les vaccins risquent d’être inutiles, pour autant qu’ils puissent être efficaces, ce dont on est en droit de douter. Il ne devrait pas y avoir de seconde vague.

 En conclusion, on notera le changement de physionomie de l’épidémie avec le constat d’un nombre limité de malades et décès rapportés à la circulation du virus. La thèse des deux contaminations en donne une explication. Ensuite, d’autres recherches doivent être menées. Pourquoi une charge virale élevée conduit-elle à la maladie ? Est-ce dû à une attaque en deux phases du virus, menée avec une communication entre virions ? Les virions d’un patient au stade avancé sont-ils plus agressifs, après avoir « appris » lors de l’infection virale ou alors en étant modifié, essentiellement par glycosylation des protéines de surface et notamment Spike ? Enfin, une interrogation plus pragmatique ; combien de temps dure l’immunité ? Nous le saurons mais bien plus tard.

Références scientifiques

 Clohisey, S. and Baillie, J.K. Host susceptibility to severe influenza A virus infection. Crit Care 23, 303 (2019) ; https://doi.org/10.1186/s13054-019-2566-7

Li Y. and Handeil A. Modeling inoculum dose dependent patterns of acute virus infections ; Journal of Theoretical Biology, Volume 347, Pages 63-73 (2014)

https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2014.01.008

Marois I., Cloutier A., Garneau E., Richter M.V. Initial infectious dose dictates the innate, adaptive, and memory responses to influenza in the respiratory tract  ; J Leukoc Biol ; 92 (1) : 107-21 (2012).

https://doi.org/10.1189/jlb.1011490

Paulo A.C. et al. Influenza Infectious Dose May Explain the High Mortality of the Second and Third Wave of 1918–1919 Influenza Pandemic ; PLoS ONE, 5(7) : e11655. (2010)

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011655

Rouse B.T. and Sehrawat S. Immunity and immunopathology to viruses : what decides the outcome ? ; Nat Rev Immunol. ; 10(7) : 514–526 (2010)

https://dx.doi.org/10.1038%2Fnri2802

Les chiffres de l’épidémie en temps réel ici

https://www.cascoronavirus.fr/

Pour suivre l’épidémie depuis les débuts

https://www.linternaute.com/actualite/guide-vie-quotidienne/2489651-covid-19-en-france-derniers-chiffres-courbes-cartes-toute-l-evolution-du-coronavirus/