Plus de 100 000 contaminations par jour ? L’épidémie finie dans quelques mois ?

Je m’étais promis d’attendre début octobre pour faire le point sur l’épidémie de Covid mais au vu de la fébrilité régnante, du régime aux médias, l’urgence impose de fournir une vision claire des tendances se dégageant en utilisant les chiffres publiés par Santé publique France.
1) Tests, cas et contamination
L’épidémie de Covid-19 a causé une sidération telle que les spécialistes ont introduit des paramètres inédits, qu’on ne retrouve dans aucun suivi épidémique. Deux chiffres sont utilisés, hélas ils ne permettent pas de suivre l’épidémie. Lorsque les sondes pitot ont donné de fausses informations, le Paris Rio s’est crashé au beau milieu de l’Atlantique. Le Covid-19 est observé depuis deux angles de vue. Le premier est tangible, c’est celui que l’on obtient en suivant les entrées en hospitalisation, en réanimation, et des décès. Le second angle de vue donne une appréciation fausse de la situation. Il ne repose pas sur des réalités cliniques mais sur des tests pratiqués à peu près n’importe comment. Les résultats des tests sont fiables (ne polémiquons pas sur les faux positifs et négatifs, cela n’a pas d’importance pour la suite). En revanche, c’est l’interprétation qui est fantaisiste pour ne pas dire fausse.
Taux d’incidence. Les préfets se basent non pas sur les chiffres cliniques, tous en vert du reste, que sur cet indice très surveillé car il place un département en vert, orange ou rouge. Cet indice est le taux d’incidence. Définition sur Data.gouv.fr : « Le taux d'incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population ». Avec une précision, le nombre de cas est comptabilisé sur une semaine.
Prenons un département peuplé par 1 M habitants. Vous faites 10 000 tests et vous trouvez 300 cas positifs. Le taux d’incidence sera égal à 100 000 × (300/1M) et vous trouvez comme taux d’incidence 30. Le département est en orange. Si cette même semaine 20 000 tests avaient été réalisés, le taux d’incidence aurait été de 60 et donc le département placé en rouge. Avec 3 000 tests, taux d’incidence de 9 et donc vert. On constate que les décisions préfectorales ne reposent pas sur un chiffre indiquant la circulation réelle du virus, autrement dit le nombre de contaminations. Le taux d’incidence indique la circulation détectée par les tests. Si le taux réel d’incidence virale avait été pris en compte, tous les départements auraient été en rouge depuis le mois de juillet et maintenant nous serions en noir, couleur qui n’existe pas, car quand noir c’est noir, il n’y a plus d’espoir. Ce taux d’incidence est d’autant plus absurde que ce 17 septembre, l’Aveyron est passé en zone rouge alors que le département ne comptait que 2 patients en réanimation.
Le nombre de nouveaux cas. Pendant la vague d’épidémie, les médias annonçaient chaque jour le nombre de décès, parfois dépassant les mille. Pendant la seconde phase ce sont les nouveaux cas qui sont annoncés. Oui mais des cas de quoi ? Ce sont juste des tests dont le signal après amplification par PCR indique une présence virale, pouvant du reste varier dans des proportions considérable, facteur mille voire plus. Ces cas ne reflètent pas la progression de la maladie. Ils indiquent qu’un patient a été infecté par le passé, ou bien qu’il est infecté mais asymptomatique, ou alors qu’il ne développe qu’un banal rhume, ou enfin qu’il risque d’être atteint par la forme avancée du Covid. Ces cas ne reflètent pas la progression du virus. Le seul chiffre utile c’est le taux de positivité, mais aucun média n’en fait état.
Le nombre de nouveaux cas journaliers a atteint les quelque 9 000 pendant la semaine 36 du 31 août au 6 septembre. Le bulletin de Santé Publique France a donné les chiffres cumulés pour cette période : « Au niveau national, en semaine 36, 902 815 personnes ont été testées pour le SARS-COV-2 par RT-PCR. Parmi ces personnes, 47 294 étaient positives. ». Le résultat vient de tomber pour la semaine suivante : « En semaine 37, 997 488 personnes ont été testées et le test s’est avéré positif pour le SARS-CoV-2 pour 53 384 personnes. Le nombre de personnes positives pour le SARS-CoV-2 a augmenté en S37 par rapport à la semaine précédente (48 901 en S36, +9%) ». La comparaison des deux semaines montre que le taux de positivité est stable, à la décimale près, 5.4%. Elle montre aussi que l’augmentation des cas, 9%, repose uniquement sur l’augmentation des tests effectués et non pas sur la prévalence réelle du virus.
Si l’on avait testé quelque 50 millions de Français, en écartant les nourrissons, les très jeunes et les plus vieux, on aurait trouvé quelque 3 millions de tests positifs sur la semaine. Ce chiffre doit être corrigé car il y a deux biais. D’abord la surévaluation liée à une sureprésentation des patients symptomatiques et des cas contact. Ensuite une sous-évaluation liée aux asymptomatiques dont la charge virale est trop faible pour être détectée. Il faudrait connaître le profil des personnes détectées positives. Sont-elles des symptomatiques, cas contacts ou sans signe particulier ? Le biais statistique est difficile à corriger et je n’ai pas trouvé d’études sur ce thème. Je m’en tiens donc à une estimation de 2 à 3 millions de cas positifs.
Il faut maintenant déduire le nombre de contaminations. Un paramètre entre en jeu, c’est la durée, non pas de contagiosité, mais de positivité. Un patient détecté positif peut avoir été contaminé il y a trois jours ou alors il y a dix jours. Il a été observé que les tests PCR peuvent rester positifs 20 jours après les symptômes, voire plus ; mais en ce cas, les patients ayant développé un Covid confirmé par les tests, ou asymptomatiques, ne reviennent pas forcément se faire tester à nouveau, ils ne figurent plus dans les statistiques. Par ailleurs, on ignore quelle est la durée de positivité pour les asymptomatiques si ce n’est qu’elle oscille entre quelques jours et 5 semaines. On nage dans une incertitude avérée mais maîtrisable. Je suggère de prendre une estimation de 15 jours conduisant à estimer le nombre de contaminations à 2 - 3 millions par quinzaine et donc 5 millions par mois. Et ce, avec le taux de positivité des semaines 36 et 37, c’est-à-dire près de 5%.
2) Les données cliniques
a) Les chiffres des entrées en réanimation donnent une idée de l’augmentation des cas graves. Une augmentation des décès a été observée mais elle n’a rien d’affolant. Le décompte hebdomadaire des morts suit avec un décalage le décompte des réanimations. Les deux semaines précédentes ont vu passer le nombre de réanimation de 464 (03/09) à 800 (17/09). La tendance est presque linéaire. Pour les entrées en réanimation, une très modeste accélération se dessine mais rien d’exponentiel. Il faut noter une disparité dans les départements. Le 17 septembre, les Bouches-du-Rhône totalisent 101 réanimations, soit près de 13 % du total national pour 3 % de la population (2M h). Le Rhône totalise 57 réanimations pour une population équivalente. Le département du Nord, plus peuplé que les précédents, totalise 21 réanimations ce qui fait un taux d’occupation des lits autour de 10%. La Seine-Saint-Denis (1.5M h) totalise 51 réanimations, L’Outre-Mer autant, avec Paris et les Hauts-de-Seine. La Gironde, sixième département par peuplement, affiche 24 réanimations, ce qui n’a pas empêché le préfet de prendre des mesures impactant la vie locale, annulation de fêtes, expo, manifestations diverses, brocantes, foires. Cela semble aberrant, tout comme le passage de l’Aveyron en zone rouge alors que 2 patients sont en réanimation et que le taux de positivité est plus bas que la moyenne. Au final, les cinq départements les plus peuplés plus l’Outre-Mer contribuent pour moitié aux réanimations en cours. Si bien que 80 départements de la France métropolitaine ne totalisent que quelque 350 réanimations en cours, soit en moyenne 4 par département (Dernière info, le chiffre des réanimations annoncé le 18 septembre est de 820, à comparer aux 800 du 16 septembre).
b) Je vais essayer de tirer quelques enseignements. A première vue, l’augmentation des chiffres cliniques semble corrélée à la croissance du taux de positivité ; le contraire eut été étonnant. Cette observation vaut pour l’évolution dans le temps. Par ailleurs, pour les départements, le nombre de réanimation augmente avec le taux de positivité mais sans relation de proportionnalité. Les Bouches-du-Rhône qui frôlent les 10% de positivité, soit deux fois la moyenne nationale, ont plus de quatre fois de réanimations (rapporté à population). Le suivi de la positivité est utile pour apprécier la croissance de la circulation virale. De la semaine 22 à la semaine 30, ce taux est resté très bas, entre 1 et 2%, calme plat, soit une période courant de la mi-mai à la fin juillet. Entre fin juillet et début septembre (S31 à S36), la positivité augmente presque linéairement, pour atteindre peu plus de 5%. S37 est au même taux que S36.
L’observation des diagrammes fournis par SPF permet d’estimer entre deux et trois semaines le décalage entre la positivité des tests et les réanimations. Et un peu plus pour les décès. Le 19 septembre nous sommes en S38. Voici les chiffres pour les semaines précédentes. S33, positivité 3.1%, S34, positivité 3.8 %, S35 positivité 4.3 % ; puis 5.4 % les semaines suivantes. Entre S36 et S38, les réanimations en cours passent de 464 à 800. La positivité passe de 3.8 à 5.4. On en déduit que les réanimations augmentent plus rapidement que la positivité. Ce phénomène est modéré néanmoins. Il a plusieurs explications que je ne détaille pas. On observe la même chose pour les décès dont le nombre reste lui aussi modéré.
3) Prospective et anticipations, vers une immunité collective ?
Les calculs vont être rapides. Comment va évoluer la situation clinique ? Le nombre de réanimation est le chiffre à suivre. En date du 17 septembre, 800 réanimations contre 464 il y a deux semaines. Dans deux semaines, le premier octobre, nous saurons si la tendance est linéaire, auquel cas le chiffre sera de quelque 1140 réanimations, soit ce qui fut observé le 4 juin (avec une différence de taille, la courbe était descendante). Si c’est plus, c’est qu’il y a une accélération et inversement une décélération si c’est moins. La positivité des tests devrait semble-t-il décélérer, mais dépasser les 6% à l’échelle nationale. Et pour les réanimations, Dans l’hypothèse d’une quasi-linéarité, nous en serions à 1800 au premier octobre. Ce qui reste en deçà des 2500 au moment du déconfinement (avec une tendance descendante). Mais il se peut qu’une décélération visible se produise. Il devrait y avoir un plateau qui sera d’autant plus salutaire qu’il arrivera tôt et qu’il n’atteindra pas des seuils inquiétants. Une stabilisation entre 1000 et 2000 réanimations est tout à fait envisageable. Wait and see. Et un plateau en octobre.
Il reste à envisager l’immunité collective. Si le chiffre de 5 millions de contaminations par mois est plausible, d’ici 6 mois, nous devrions en être à 30 millions, avec une courbe de positivité en forme de cloche mais très aplatie. Il faut y ajouter la somme des contaminations de février à août, sans doute 10 millions. L’immunité devrait être atteinte. Avec un nombre de décès en seconde phase bien inférieur aux 12 000 de la grippe. Prochain point début octobre.
En l'état atuel de la situation, il n'y a pas lieu de renforcer les mesures imposées aux populations et il faut songer à donner un nouveau souffle à la société en allégeant le dispositif. A voir
Evolution quotidienne des chiffres
https://www.cascoronavirus.fr/
Bulletins hebdomadaires de Santé publique France
https://www.santepubliquefrance.fr/dossiers/coronavirus-covid-19
Définition du taux d’incidence
https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/taux-dincidence-de-lepidemie-de-covid-19/
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