Patrick Gaudray

Cher Bernard,

Je ne suis pas certain que nous puissions nous entendre complètement sur le sens de "déclin" des sciences du vivant. Je parle ici plus d’un déclin dans la considération que leur témoigne le pouvoir (les pouvoirs). Mais, c’est vrai que l’accumulation de structures diverses et parfois antagonistes vient souvent brider la recherche.

Je vois que vous n’êtes pas plus optimiste que moi sur la capacité de résistance des scientifiques aux assauts de démolliseurs. Pour moi, cela ne veut pas dire baisser les bras. Les combats les plus beaux ne sont-ils pas les plus désespérés ?

Il faudra que nous reparlions un jour de ce que vous appelez "biologie théorique". Je ne crois personnellement pas qu’elle s’oppose à la biologie expérimentale, même si la coexistence entre elles n’est pas toujours pacifique.

C’est souvent vrai qu’un chercheur sait ce qu’il vaut. Cela ne l’empêche pas de devoir - et même vouloir être évalué par ses pairs. L’évaluation, la vraie, n’est pas castratrice, elle se doit d’être positive et fouillée. Foin des évaluations par lettres (A+, A, B, C, ...). Des progrès énormes sont à faire dans ce domaine pour rendre l’évaluation vraiment utile.
Pour répondre à votre question, je ne pense pas qu’on puisse revendiquer une place dans un système qu’on rejette par ailleurs. Mais être dans des univers un peu différents n’empêche pas le dialogue, ... La preuve !

Ayant un petit avis sur la question, je sais également que ce n’est pas le seul aspect problématique, et je pensais bien qu’un développement serait possible au cours de la discussion née des commentaires.

Donc, merci de soulever la question.

Si on demande de plus en plus souvent aux chercheurs qui présentent leurs résultats dans des conférences internationales s’ils sont liés à une entreprise pharmaceutique (conflit d’intérêt), on le demande certainement moins souvent (ou, du moins, moins ouvertement) aux "big pharmas" si elles sont liées aux politiques, et si elles ne pèsent pas trop sur la définition des politiques scientifiques. Bien sûr, il ne s’agit pas de faire des procès d’intention ni de voir que de la noirceur partout. Mais, dans ce domaine comme dans d’autres, l’angélisme n’est pas de mise.
Pousser les chercheurs à créer leur propre entreprise est considéré par beaucoup comme un bien, une nécessité. C’est perçu comme la bonne manière de "valoriser" le travail de ces chercheurs et de leur offrir une reconnaissance (sonnante et trébuchante) au travail souvent remarquable qu’ils font. Pour autant, la pièce a deux faces. La seconde est qu’ils en viennent à jouer dans une cour de récréation qui n’est pas la leur, et qu’ils se soumettent à bien d’autres impératifs que ceux de la Science. Combien d’échecs dans le domaine biomédical ?? En tout cas, trop pour moi.

Les utilisateurs, demandez-vous ? Je ne suis pas certain qu’ils soient considérés autrement qu’en tant que consommateurs.
Alors, oui, la recherche au service de l’homme, çà me dit. Mais au service de l’Homme, avec un grand H et pas sous la seule acception économique. Mon engagement personnel au service de l’homme est de défendre avec la dernière énergie la recherche fondamentale, celle qui ouvrira les portes de demain, pas celle qui peut rapporter obligatoirement des euros à quelque compagnie que ce soit aujourd’hui. J’ai la faiblesse de croire, j’allais dire d’espérer qu’une humanité existera encore lorsque les compagnies pharmaceutiques d’aujourd’hui auront disparu pour n’avoir pas compris que la santé humaine (de tous les hommes) a plus de valeur que leur capital et que leur première tâche est d’apaiser les souffrances de ceux qui sont malades plutôt que de soigner les dividendes de leurs actionnaires.

Au cas où vous n’auriez pas encore remarqué, je suis un grand rêveur !!!

Désolé, mais un copier-coller m’ai fait écrire le contraire de ce que je pense : "Ainsi, très clairement, Haussler se place dans la mouvance de la génomique fonctionnelle moderne, celle qui pense qu’on est loin d’avoir élucidé le génome, et que le temps serait venu de passer à autre chose." devrait se lire :
"Ainsi, très clairement, Haussler se place dans la mouvance de la génomique fonctionnelle moderne, celle qui pense qu’on est loin d’avoir élucidé le génome, et que le temps n’est pas encore venu de passer à autre chose".
Désolé

Bien intéressant, le papier de Zimmer dans le NY Times.
Merci de nous le faire partager.
Mais, dans le fond, que dit-il qui ne soit pas présent dans le vécu quotidien de tout chercheur, particulièrement généticien, raisonnablement cortexé ?

Le fait qu’on ait trouvé des gènes dont les altérations sont très clairement responsables de maladies génétique n’est pas remis en cause. Le fait qu’on ne sache pas grand-chose et que, ainsi que l’écrivait le physicien Charles Nordman en 1919 : « la science est comme une clairière dans la forêt de l’inconnu. Plus elle élargit cette clairière plus elle nous met en rapport avec l’inconnu », ne fait que nous amener à percevoir tout ce qui nous reste à découvrir.

En ce qui concerne le livre d’André Pichot (Histoire de la notion de gène), je souscris à l’analyse qu’en a faite Antoine Danchin pour "la Recherche", lorsqu’il écrit qu’il " propose une histoire qui tient plutôt du réquisitoire et où le jugement de valeur sans fondement tient lieu d’examen rigoureux des faits".
La notion de gène a été effectivement établie avant qu’Avery, McLeod et McCarthy démontrent en 1941 (eh oui, j’aime bien les vieilles histoires qui nous rappellent que nos connaissances d’aujourd’hui ne datent pas d’hier) que l’ADN était "le" support physique de l’hérédité. On a appris depuis qu’il n’était pas le seul support de l’Hérédité, avec un grand "H". Peu importe. Qu’il existe une hérédité épigénétique, celle qui prend en compte la transmission des conditions d’expression des gènes, n’évacue pas l’hérédité génétique qui s’occupe de la transmission des gènes dans un environnement donné. Danchin le dit bien mieux que moi en parlant du "concept de programme sans lequel le jeu de l’hérédité est incompréhensible : ce qui est transmis de façon génétique est non l’organisme lui-même (c’était la théorie de la préformation), mais un ensemble de règles de construction. Ces règles déploient leurs effets concrètement dans un environnement donné ; et ces effets changent lorsque l’environnement change, c’est là tout l’intérêt d’un programme. C’est ainsi qu’en déplaçant un gène on peut faire développer une patte à la place d’une antenne chez la mouche drosophile !".

Ayant participé avec 49 autres collègues, il y a quelques années, à une enquête dont le thème était "pour vous, qu’est-ce qu’un gène", je me souviens avoir surtout insisté sur ce qu’il n’était pas. En fait, plus on en sait sur la transmission de l’information génétique et sur la structure des génomes (et des épigénomes), plus on est tenté, s’il faut le définir, à revenir à une notion purement génétique, et donc purement formelle du gène : il s’agit d’un fragment d’information génétique qui détermine un caractère héréditaire. Dans ce cas, peu importent les épissages multiples, par exemple.

"Selon S. Prohaska, la plupart de ses confrères reviennent sur une définition devenue un peu trop classique et qui par paresse intellectuelle, a été conservée. Celle du gène défini comme une unité de séquence d’ADN censé coder pour une protéine ..." : ceci est faux. Ou alors Madame Prohaska choisit bien mal ses collègues. Aucun des miens ne parle en ces termes. L’hyper simplification "un gène = une protéine" est abandonnée depuis fort longtemps. Pour moi qui ai vu, au début de ma carrière en 1977 arriver la notion de gènes en morceau, on parle d’épissage, je peux témoigner que s’il s’est agi d’une véritable révolution, les scientifiques, les vrais, ont d’emblée intégré le nouveau concept : c’était facile car il y avait des preuves scientifiques Un certain nombre de choses que vous présentez, ou que vous avez présenté dans un récent article, ne répondent pas à ce critère. Il est donc normal que les scientifiques y soient réticents.

La notion de gènes s’inscrirait de fait dans ce que vous appelez le "paradigme atomiste moderne hérité du 19ème siècle" si, justement, elle n’avait pas évolué, si elle n’avait pas débouché sur la génomique fonctionnelle, les réseaux de gènes, la régulation épigénétique, la plasticité du génome, et les premières approches de la complexité du vivant. Il faut bien commencer par le plus simple. C’est, d’ailleurs la vraie grande idée du moine Gregor Mendel, idée qu’il a eu dans un contexte scientifique où les "chercheurs" pensaient que pour comprendre l’hérédité dans sa complexité, il fallait comparer les individus les plus dissemblables possible. Lui a proposé de comparer les plus semblables, dont on pouvait espérer qu’ils ne diffèrent que par un –ou un petit nombre de caractères. Sans cela, pas de loi de l’hérédité abordable en 1860.

Qu’appelez-vous le "schisme entre phénotype et génotype, un schisme qui date de 1910 et qui n’a pas été solutionné" ? Personnellement, je l’ignore. Je peux admettre un lien complexe, et même, dans certains cas, une inconnue, mais un schisme, je ne vois pas …
 
Je veux bien admettre que, pour certains, les mélodies des Beach Boys aient vieillies (moi, j’aime bien aujourd’hui encore !). Mais ce que nous a appris l’opéron lactose, et même, plus ancien encore, le phénomène de diauxie qui fit le sujet de la thèse de Jacques Monod en 1941 est toujours actuel, même si personne ne considère quoi que ce soit comme "définitif".

"La conception mutationnelle du gène, héritée du temps des chromosomes et des loci, est abandonnée (Pichot, p. 146)" : décidément, sacré Pichot ! Je ne sais pas de quoi il parle, pardon, de quoi vous parlez. Un principe de démarche scientifique est d’intégrer ce qui a été à la recherche de ce qui sera.Ainsi l’aventure du génome est loin d’être terminée, et je ne peux pas être d’accord avec vous pour placer l’apogée de la génétique la fin des années 1990 : elle se poursuit, et le plus intéressant est encore à venir. En fait, je crois qu’un de vos problèmes est de croire les âneries débitées par certains VRP de la vulgarisation scientifique qui essaient de nous faire croire qu’on sait tout avant que ce soit vrai. Je me souviens, dans une vie antérieure au cours de laquelle j’étais génomiste et cartographe du génome humain, on a essayé de nous faire croire que la carte du génome était connue parce qu’un article (français, d’ailleurs) en avait fait une compilation. On en aurait ri si les bailleurs de fonds de ladite recherche ne s’étaient pas servi de cette approximation scientifique pour supprimer tout financement à la cartographie du génome. Eh bien, à cette époque, si l’on avait dû se fier aux cartes existantes, on n’aurait jamais trouvé son chemin dans ce damné génome. Ainsi, les scientifiques ne sont pas les derniers à souffrir du non-respect du temps nécessaire à établir des résultats scientifiquement valables et fiables. Certes, je sais que je vais passer pour un généticien de papa, mais sans doute en suis-je un. Dommage que Sarkozy menace de me maintenir en activité jusqu’à 70 ans !

Arrivons-en maintenant à ces questions sémantiques qui concernent l’ensemble des séquences d’ADN dont on ne sait pas ENCORE à quoi elles servent. On a parlé d’ADN égoïste, d’ADN poubelle (junk DNA), peu importe, une fois encore ! Il s’agit là d’arguties dont le ridicule déclencherait l’hilarité s’il ne prêtait pas le dos à toutes les critiques, dont la vôtre, qui me paraissent fort peu fondées. En fait, la pensée de David Haussler, membre du consortium ENCODE, a été en partie trahie par les citations que le NYT a sorties de leur contexte, et plus encore par la traduction que vous en faites. En bon scientifique, Haussler parle de ce qu’il connaît Ce qu’il connaît, c’est l’évolution des génomes et surtout la conservation de séquences ente espèces. Non bloqué par le soi-disant dogme selon lequel seuls les gènes, tels qu’il étaient identifiés, étaient importants, et donc conservés au cours de l’évolution, il a, avec d’autre, étudié la conservation de séquences non-géniques. Il a eu la grande surprise ("It absolutely knocked me off my chair", dit David Haussler) de trouver des régions de très grande homologie dans l’ADN dit poubelle. Son raisonnement est, à partir de cette observation, de dire que ces morceaux d’ADN dont on ne sait à quoi ils servent, sont soumis à une très forte pression de sélection ET QUE, par conséquent, quelle qu’en soit la fonction, elle est clairement très importante. Il en tire la conclusion que les scientifiques doivent revoir leurs idées sur l’ADN poubelle. Il ajoute (traduction personnelle) : "Je pense que d’autres morceaux d’ADN poubelle se révéleront ne pas être "poubelle". Je crois que ce n’est que la partie émergée de l’iceberg, et que nous allons assister à de nombreuses autres découvertes du même ordre". Ainsi, très clairement, Haussler se place dans la mouvance de la génomique fonctionnelle moderne, celle qui pense qu’on est loin d’avoir élucidé le génome, et que le temps serait venu de passer à autre chose.

Je dois avouer que la subtilité heuristique de Carl Zimmer m’avait échappé. Il cite juste Tom Gingeras qui revient sur la seule définition - puisqu’il en faut une - du gène qui soit aujourd’hui admissible, et que j’indiquais en tête de ce commentaire. Celle-ci avait été donnée, il y a maintenant plusieurs années dans un journal de langue française (je dois avouer que j’ai oublié s’il s’agissait de la Recherche ou des cahiers spéciaux de Pour la Science), après enquête auprès de 50 généticiens français.
Le même thème avait été abordé en 2006 par Helen Pearson, dans la revue Nature ("What is a gene ?").

"C’est dire si les Américains sont au top" : encore une affirmation dont on aimerait connaître le fondement. Même si la puissance bulldozeresque des Américains en bioinformatique des génomes est avérée, il n’est, par contre, pas certain qu’elle les mène aussi loin que vous pouvez le penser. Cette discipline reste ouverte, et essentiellement ouverte à l’imagination et à la créativité, deux chose dont la pénurie de moyens de la recherche française n’a pas encore réussi à nous priver totalement. De grandes surprises nous attendent encore dans l’étude des génomes, et bienheureux celui qui peut dire aujourd’hui d’où elles viendront.

Enfin, un point sur lequel je peux être totalement d’accord avec vous : C’est fascinant !!!

Cher Bernard,

Dois-je avouer que je suis un peu déçu par ce texte qui, à mon avis, peine à dépasser le stade de la provocation (que vous revendiquez souvent).
Il me déçoit à deux niveaux principaux :

1°) Vous évoquez une conférence bordelaise à laquelle vous avez assisté, je pense, mais qui reste inconnue à la grande majorité de vos lecteurs. Pourtant, vous leur assénez des jugements sur ce qui s’y est, d’après vous, passé, sans nous donner une quelconque relation plus ou moins objective de ce qui s’y est dit. Je veux bien croire qu’un rassemblement d’évolutionnistes puisse aisément dériver vers une attaque frontale du créationnisme qui commence à sérieusement polluer le paysage. Qu’on l’appelle par son nom ou par celui d’"intelligent design" dont le qualificatif intelligent veut faire croire que la notion elle-même l’est (intelligente), on le retrouve chez George W comme Benoît XVI, et on peut se plonger avec délice dans les magnifiques photos d’un luxueux ouvrage très illustré, intitulé Atlas de la création, élaboré en Turquie, et diffusé il y a peu dans les universités. Le fait que vous affirmiez que la "menace" créationniste n’existe pas en France me paraît relever du wishfull thinking. Je ne crois pas que la non traduction d’un livre puisse justifier à soi seul le fait que vous qualifiiez les évolutionnistes d’église. Là, la provoc va un peu loin, reconnaissez-le !

2°) Vous affirmez un certain nombre de choses comme des vérités sans nous donner un quelconque argument scientifique. Ainsi, le darwinisme est en bout de course. Je ne suis certes pas un spécialiste de l’évolution, mais je n’ai pas du tout la même perception que vous sur le sujet. Le darwinisme est une idéologie : même remarque. Vous comprendrez également que je ne puisse pas accepter vos jugements hâtifs et à l’emporte-pièce sur les scientifiques : le fait qu’ils ne pensent pas forcément comme vous ne veut pas dire qu’ils ne pensent pas.
Que vous n’aimiez pas que les scientifique s’intéressent aux mécanismes du vivant vous concerne, mais cela n’entame en rien leur légitimité à le faire.
Que des mutations apparaissant au hasard (fait scientifique prouvé dans un cadre expérimental donné par Luria et Delbrück, il y a longtemps déjà) vous dérange, je peux le concevoir. Cela me gène aussi. Mais, il y a le fait scientifique, la preuve apportée dans des conditions expérimentales rigoureuse, tout ce avec – ou contre quoi je ferraille depuis 35 ans. Et tout ceci n’empêche pas de réfléchir dans, et en dehors du cadre de la Science. On peut admettre des faits sans accepter les dogmes que certains voudraient en tirer.
Mais puisque vous voulez en "finir avec cette fausse conception du vivant" qu’est le darwinisme, il vous faudra, pour le faire, donner autre chose que des affirmations (j’adhère, personnellement à cette sentence, d’André Gide, je crois, qui dit "je suis un être de dialogue et non point d’affirmation").
Si vous étiez plus en prise sur ce qui se passe en biologie (même en génomique !), dans les laboratoires où les blouses blanches n’ont rien de soutanes (à titre d’infos, je vous précise que je n’ai jamais rencontré quiconque nu sous sa blouse blanche), vous sauriez que la science biologique fait tout pour maintenir grand ouvert le livre des questions. Une fois encore, que certaines de ces questions ne vous plaisent pas, qu’elle vous ennuient ou vous gènent, qu’elles ne correspondent pas à votre cadre de pensée (eh oui, vous en avez un !), c’est votre problème et cela n’empêchera pas, je l’espère, la caravane de la science d’avancer.

Je ne connais pas beaucoup de biologistes, voire aucun, qui prétende "accéder à l’essence de la vie" grâce à son activité de recherche.

Et, pour ceux que Charles Darwin intéresse, je me permets de faire un peu de pub pour un scientifique (très ouvert, rassurez-vous Bernard) qui vient de commettre un ouvrage de qualité. Il s’agit du livre de Jean Claude Ameisen "Dans la lumière et les Ombres - Darwin et le bouleversement du monde" chez Fayard.