Pour certains, la spéculation sur l’identité de ces responsables entoure des agences de renseignement telles que la NSA, le FBI, et la CIA. D’autres croient que c’est la Maison Blanche. Un troisième groupe croit que différents personnages comme Dick Cheney, Paul Wolfowitz, Jed Bush, George Tenet, et Donald Rumsfeld, sont les vrais architectes des attaques. Alternativement, d’autres combinaisons possibles de malfaiteurs et organismes ont pu travailler ensemble. Dans son écrit, « Quel est votre niveau ‘HOP’ ? [HOP désigne les quatre catégories décrites ci-dessous] » [13] Nicholas Levis classe les opinions sur les attaques en quatre catégories principales :
- L’histoire officielle : Oussama Ben Laden est le responsable, du détournement des avions par dix-neuf fondamentalistes musulmans, la Maison Blanche n’ayant reçu aucun avertissement.

- La théorie de l’incompétence : Accepte l’histoire officielle mais blâme la Maison Blanche, le FBI, la CIA, la NSA, et les autres, pour ne pas avoir suivi les nombreux avertissements. C’est la ligne prise, avec une énorme affaire de dissimulation et de changements de direction, dans le rapport de la Commission du 9/11.

- LIHOP (« Laissons les Arriver au But » ) : Il y a un certain nombre de variations sur celle-ci. Il y est principalement sujet de la manière dont les factions des autorités américaines et le secteur privé se rendaient compte des plans des pirates de l’air mais n’ont rien fait pour les arrêter, puisque le 9/11 était en conformité avec les objectifs politiques.

- MIHOP (« Les Faire Arriver au But ») : Les autorités US ou les forces privées ont projeté et ont effectué les attaques. Pour les sceptiques, le dénominateur commun est leur croyance qu’au moins un des éléments de la présentation officielle du 9/11 est inexact. Pour ceux qui versent dans l’hypothèse radicale MIHOP, un prémisse principal est que les tours jumelles — comprenant le bâtiment 7 - s’effondrèrent par démolition contrôlée avec des explosifs : Que c’était un travail intérieur. La partie des interprétations techniques de cette déclaration fut directement réfutée dans un rapport d’approximativement 10.000 pages écrites par le National Institute of Standards and Technology (NIST), qui prétendit que ce fut le carburant des avions de lignes qui perturba la structure des tours et que cela les fit par la suite s’effondrer. [14] Le NIST ne peut pas donner d’explication satisfaisante sur pourquoi le troisième bâtiment, le WTC 7, s’est effondré sans avoir été heurté par un avion. [15] Steven E. Jones, Professeur de physique à Brigham Young University dans l’Utah, rejette les déclarations du NIST au sujet des tours jumelles. Il dit, par exemple, comment des témoins oculaires ont observé que l’acier de chacun des trois gratte-ciel avait fondu (dans certains cas, l’acier fut trouvé rougeoyant jusqu’à trois semaines après l’attaque) et avait été tordu d’une manière qui peut avoir été provoqué seulement par ce qu’il décrit comme des « charges de découpe » installées au préalable. Selon Jones, ces charges se composaient de thermite, HMX, ou RDX, des substances explosives utilisées seulement dans les démolitions contrôlées. Un autre point important pour Jones est que les feux dans les bâtiments et le carburant des avions de ligne (la température maximale pour le carburant d’avion est de 1000 degrés de Celsius) n’ont pas produit de chaleur suffisante pour fondre l’acier — qui exigerait des températures entre 1550-1990 degrés Celsius — pendant l’heure ou l’heure et demi qui a mené à l’effondrement des tours jumelles. [16] Les déclarations de Jones sont soutenues par les données de l’ingénieur Jim Hoffman. Après l’analyse de vidéos et de photos des événements, Hoffman conclut que chacun des trois bâtiments est tombé presque symétriquement, à une vitesse proche de la chute libre, et directement en bas sur leurs propres fondations. Selon Hoffman, la vitesse de l’effondrement, la pulvérisation du béton en poudre « laiteuse », et la présence de nuages de poussière horizontaux observés à côté du WTC 7, sont associées à l’utilisation d’explosifs placés à l’avance dans les bâtiments. [17]

Beaucoup ne croient plus l’explication officielle et sont convaincus que l’effondrement des tours était un travail intérieur — soit que les autorités « ont laissé faire » soit qu’elles « l’ont fait ». Beaucoup ayant placé leur confiance dans d’autres hypothèses ont joint leur force sous la protection de l’organisation 9/11Truth [18] — une organisation ad hoc formée pour exister jusqu’à ce que la dernière question sans réponse au sujet du 9/11 obtienne sa réponse. 9/11Truth a rassemblé un groupe représentatif de la société ; des membres avec différentes allégeances politiques dirigent les mêmes organismes et groupes de pression. Cette coopération est principalement centrée sur des réunions, des démonstrations, la production des films documentaires, des forum Internet, des publications en ligne, et des conférences. Au Royaume-Uni, une branche locale de 9/11Truth appelée JulySeventhTruth [19] a été montée. Elle est nommée ainsi parce qu’elle cherche à rassembler ce qui est arrivé lors les attaques terroristes à Londres le 7 juillet 2005.