Il peut aussi sembler suspect que George Bush maintint les autorités américaines dans une recherche allégée d’Oussama Ben Laden, le principal suspect derrière le 11 septembre. Le Général Richard Myers déclara aussi que la guerre en Afghanistan ne concernait pas la recherche de Ben Laden. [8] Un ancien agent de la CIA, Gary Berntsen, déclara en outre que l’administration Bush laissa Ben Laden s’évader quand il fut acculé dans une poche des montagnes de Tora Bora en Afghanistan en 2001. [9] Il est aussi connu que les renseignements américains eurent parfaite connaissance de l’endroit où était Ben Laden dès juillet 2001 quand il fut soigné pour l’état de ses reins dans un hôpital américain de Dubaï aux Emirats Arabes Unis. [10] Quelques mois plus tard, en septembre, il reçut aussi des soins dans un hôpital militaire de Peshawar au Pakistan, sous la surveillance du renseignement pakistanais. [11]

L’existence des circonstances et des témoignages qui contredisent les aspects de l’histoire officielle mena quelques personnes et groupes à rechercher des explications alternatives sur ce qui arriva le 9/11. Une véritable jungle des théories sur ce qui se produisit vraiment aux USA il y a cinq ans prit naissance. Des théories déployées dans plusieurs directions se relièrent ensemble. Une comparaison des différents avis est présentée dans le livre New Pearl Harbor - Questions inquiétantes au sujet de l’Administration Bush et le 9/11 (2004), par David Ray Griffin, Professeur de Théologie à Claremont en Californie. Il présente un prémisse clef dans le livre : La responsabilité des attaques du 9/11 peut largement être attribuée à d’anciens membres néo-conservateurs du groupe d’experts (think tank) Projet pour un Nouveau Siècle Américain (PNAC), devenus maintenant acteurs principaux de l’administration Bush. Dans le document « Reconstruire les Défenses de l’Amérique : Stratégies, Forces et Ressources pour un Nouveau Siècle Américain » (2000), [12] écrit par des membres du PNAC, ceci est déclaré : « Le processus de transformation, même s’il apporte des changements révolutionnaires, est susceptible d’être long, en absence d’un événement catastrophique catalyseur comme un nouveau Pearl Harbour ».

Le titre du livre de Griffin se réfère aux déclarations du PNAC sur la transformation de l’Amérique militaire nécessitant « un nouveau Pearl Harbour ». Griffin regarde cette citation à la lumière du principe judiciaire du cui bono ? [dans quel intérêt ?] et conclut que le 9/11 était précisément le catalyseur dont l’administration Bush avait besoin. Pour Griffin, il est donc probable que les USA ont orchestré un incident de ce genre pour justifier l’invasion de l’Irak et de l’Afghanistan, comme la réduction des libertés civiles aux USA par l’introduction du Patriot Act. Qu’ils ont choisi d’envahir des pays du Moyen-Orient en considérant cela comme une simple extension de la coopération que les USA avaient déjà avec l’élite du pouvoir d’Arabie Saoudite, des renseignements pakistanais (ISI), du régime taliban, et des régimes d’Asie Centrale. Et pour Griffin, l’ordre du jour au Moyen-Orient et en Asie Centrale est tout à fait évident : C’est au sujet du contrôle de la production et du transport pétrolier par l’intermédiaire des pipelines et des camions-citernes. Griffin ne pointe aucun personnage spécifique responsable de l’organisation des attaques du 9/11. Il déclare seulement qu’il y a différents avis sur cette question.