Legestr glaz

@Legestr glaz

Séquençage, pour pemile, ar meilh ruz. 

Lorsque des chercheurs comparent des fragments de génomes obtenus à un « répertoire » de génomes déjà identifiés, l’approche repose sur l’hypothèse que les génomes dans ces bases de données sont représentatifs et complets. Cela suppose qu’on ait des références fiables et exhaustives des familles de virus pour pouvoir faire des comparaisons adéquates. Ces génomes sont eux-mêmes basés sur des fragments et sont parfois des assemblages d’informations provenant de plusieurs sources.
La sélection de ces séquences de référence dans les bases de données, en fonction des similitudes cliniques ou épidémiologiques implique une forme de « biais d’interprétation ». La recherche repose sur des « hypothèses préexistantes », ce qui oriente la sélection des séquences vers celles qui semblent les plus probables, sans nécessairement être la réponse la plus rigoureuse. Cela amène à des conclusions qui ne sont pas entièrement fondées sur des données empiriques, mais sur des inférences basées sur des attentes préalables.
Le fait de ne pas avoir un génome viral complet isolé directement à partir d’un échantillon et de se baser uniquement sur des fragments, amplifiés par PCR et comparés à des génomes existants, soulève des questions sur la solidité des bases de cette identification. L’isolement et la purification d’un virus complet, suivi de son séquençage de bout en bout, est considéré comme la manière la plus rigoureuse d’identifier un pathogène. Sans cela, les résultats peuvent être vus comme dépendant de modèles et de comparaisons qui ne sont pas nécessairement concluants ou totalement fiables.

Cela soulève la question des biais méthodologiques et de l’incertitude scientifique. La recherche se trouve confrontée à des limitations liées à la nature fragmentaire des informations disponibles. En cherchant à identifier un « nouveau virus », la méthode repose largement sur l’extrapolation de données antérieures et sur la comparaison avec des séquences existantes, ce qui comporte un risque de biais de confirmation.
Les méthodes utilisées sont limitées et dépendent fortement d’inférences basées sur des connaissances préalables. Ces limitations doivent être reconnues comme telles dans les discussions scientifiques.

La virologie est une tautologie ! 

@pemile
 Vous n’avez toujours pas compris ? Je ne peux rien pour vous.

@pemile

Il me semble que j’ai un peu mieux compris que vous. Parce qu’à la vérité, vous n’avez toujours rien dit. Vous demandez des explications mais vous n’avez pas l’air de comprendre. C’est sans doute votre mémoire de poisson rouge.

C’est sans doute parce que vous avez écrit ceci : « Tu comprends que l’amorce est une très courte séquence pour marquer le début et la fin de la séquence à amplifier et que ça peut au contraire permettre de détecter des mutations sur la séquence visée  ? » que vous avez fait le tour de la question ? Ce que vous écrivez signifie simplement qu’il y aura échec de l’amplification par la PCR. Une mutation spécifique dans la séquence peut rendre l’amorce inefficace pour se fixer, entraînant un échec d’amplification.
Si une mutation est présente dans la séquence cible, cela pourrait interférer avec l’hybridation de l’amorce et empêcher l’amplification. Cependant, l’échec de l’amplification peut aussi être simplement dû à un choix inadéquat de l’amorce, ce qui n’est pas nécessairement lié à une mutation dans la séquence cible. L’échec de l’amplification peut résulter soit d’une mutation dans la séquence cible (qui perturbe l’hybridation de l’amorce), soit d’un problème dans la conception de l’amorce elle-même (qui ne correspond pas à la séquence cible).

Les deux sont des causes possibles pour l’échec de l’amplification, et il est important de différencier les deux dans l’analyse des résultats. Les amorces utilisées en PCR sont conçues à partir de séquences d’ADN ou d’ARN provenant d’un génome de référence. Ces séquences de référence sont obtenues à partir d’analyses antérieures.

La virologie est une tautologie ! 

@Legestr glaz

L’amorce est un élément essentiel de la technique de PCR . Il s’agit d’un court segment d’ADN ou d’ARN simple brin, généralement entre 18 et 30 nucléotides de long, conçu pour être complémentaire à une séquence cible sur l’ADN que l’on souhaite amplifier. Les amorces doivent être « spécifiques » à la séquence cible pour éviter l’amplification non spécifique. 
Dans le cas d’un virus inconnu, on ne connaît pas sa séquence exacte. Les amorces ne peuvent donc pas être directement conçues pour cibler une séquence précise. Les bases de données comme GenBank, GISAID ou EMBL sont utilisées pour « explorer les génomes connus de virus similaires ». Si un nouveau virus est soupçonné d’appartenir à une famille connue, on extrait des régions communes des membres de cette famille. 

La virologie est une tautologie ! 

@pemile
 Un peu plus que le poisson rouge que vous êtes. Ce n’est pas avec 2 lignes et un émoticône que vous allez être crédible ! 

Vous ne voyez pas que je me moque de la pauvreté de votre réflexion ?